Qui aura la chance de faire de l'analyse 'omique' ?

L'un des domaines les plus en vogue en biologie actuellement est celui des « omiques ». Ce terme générique désigne un ensemble de technologies à haut débit permettant aux chercheurs d'étudier les systèmes biologiques à grande échelle, et il est probablement présent dans au moins la moitié des articles que je consulte chaque semaine. La génomique séquence l'ADN, la transcriptomique identifie les gènes actifs, la protéomique répertorie les protéines et la métabolomique analyse les petites molécules présentes dans les cellules. Ce terme englobe même l'ionomique. l'étude de la composition chimique des plantesIl s'agit d'un ensemble d'outils qui transforment notre compréhension de nombreux phénomènes, des symbioses mycorhiziennes aux réponses des cultures au stress. Mais ces technologies sont coûteuses et leur accès est inégal.

La mise en œuvre d'une chaîne de traitement génomique exige non seulement du matériel de séquençage, mais aussi une expertise en bioinformatique, une infrastructure informatique et, souvent, l'accès à des bases de données de référence bien fournies. Pour les chercheurs travaillant dans des institutions ou des pays où ces ressources sont limitées, des pans entiers de la recherche peuvent se trouver de facto bloqués. Cela influence non seulement les parcours professionnels individuels, mais aussi les questions posées et les écosystèmes étudiés. C'est un problème, certes, mais quelle est son ampleur ?

Une équipe internationale va mener l'enquête. Elle interroge des chercheurs du monde entier sur leur accès aux outils « omiques ». Leur enquête, élaborée suite à un atelier organisé à la [nom de l'organisation manquante], vise à répondre à ces questions. 45e Symposium des nouveaux phytologistes au BrésilCe projet vise à recenser les lacunes d'accès aux données et à identifier les solutions possibles. Aucune expertise en sciences omiques n'est requise pour participer. L'objectif est justement de donner la parole aux chercheurs qui n'y ont pas accès.

Déborah NarhL'un des scientifiques à la tête de ce projet a déclaré que l'idée de mener une enquête auprès des chercheurs avait germé lors du symposium :

Lors de la deuxième journée de l'atelier pré-conférence de New Phytologist, intitulé « Application de la multi-omique aux interactions plantes-champignons », qui s'est tenu à l'Université de Campinas, au Brésil, les 24 et 25 juin 2024, les participants étaient invités à élaborer le concept d'un article de la rubrique « Ressources communautaires » de New Phytologist. Ces articles devaient présenter un aperçu méthodologique d'un sujet « d'une utilité et d'un intérêt majeurs pour la communauté des sciences végétales ». Au cours des discussions, il est apparu clairement que la plupart des participants s'inquiétaient de leur accès limité aux technologies omiques et de l'impact que cela a ou pourrait avoir sur leurs résultats de recherche. D'autres ont indiqué ne pas avoir réfléchi aux disparités dans l'allocation des ressources pour la recherche en omique. La question de savoir « Quelle science est acceptable en l'absence de ces ressources ? » a également été soulevée. Cette question a été formulée comme un sujet de recherche potentiel pour des séances de brainstorming plus approfondies, et une grande partie des participants à l'atelier se sont portés volontaires pour former un groupe afin d'y répondre.

Il est important d'aborder cette question si nous voulons que tous les talents participent à la science, car Jason Hoeksema at l'Université du Mississippi précise:

Les progrès des technologies omiques ont accéléré la recherche, mais ils risquent également d'accentuer les inégalités d'accès à la recherche à l'échelle mondiale. Cette enquête vise à déterminer si, et dans quelle mesure, l'accès aux technologies émergentes influence la communauté scientifique internationale et/ou les résultats de la recherche. Les résultats permettront ainsi d'identifier les zones prioritaires et les zones vulnérables en matière d'accès, ainsi que des solutions potentielles, afin d'éclairer les politiques académiques et sociétales et de favoriser un accès équitable aux technologies omiques.

Si vous souhaitez participer, voici le courriel d'invitation aux contributeurs :

Chers collègues,

Je m'appelle Jason Hoeksema et je suis professeur au département de biologie de l'université du Mississippi.

Je vous écris afin de savoir si vous et les autres membres de votre groupe ou institution seriez disposés à participer à une étude de recherche. Cette étude vise à comprendre si, et dans quelle mesure, l'accès aux technologies « omiques » émergentes influence la communauté scientifique mondiale et/ou les résultats de la recherche. Nos analyses permettront ainsi d'identifier les zones d'accès privilégiées, les zones vulnérables et les solutions potentielles, ce qui éclairera les politiques académiques et sociétales en vue d'améliorer l'accès équitable aux technologies « omiques ».

La traduction est disponible en 13 langues, dont les plus couramment utilisées en sciences. Certaines traductions proposées n'ont pas été vérifiées par des locuteurs natifs.

Nous accepterons les réponses jusqu'au 1er mars 2026. Veuillez vous assurer de remplir et de soumettre le questionnaire (en utilisant la flèche au bas de la dernière page) avant la date limite.

L'équipe de recherche à l'origine de cette enquête comprend des chercheurs à différents stades de leur carrière et originaires de différents pays du monde entier, qui ont participé à un atelier lors du 45e Symposium des nouveaux phytologistes qui s'est tenu au Brésil en juin 2024, ainsi que d'autres scientifiques qui ont assisté au symposium et/ou ont été invités à collaborer.

Votre participation est entièrement volontaire et vos réponses resteront strictement confidentielles et anonymes. Aucune expertise ni expérience en technologies omiques n'est requise pour participer à cette enquête. Celle-ci vous prendra environ 15 à 20 minutes et se déroule en ligne via Qualtrics.

En poursuivant, vous confirmez avoir compris l'objectif de cette étude et consentez à y participer. Cette étude a été examinée et jugée exemptée d'examen par le Comité d'éthique de la recherche (CER) de l'Université du Mississippi.

Merci d'avoir pris le temps de participer à ce sondage. Vos réponses sont précieuses pour cette recherche et vos commentaires sincères sont très appréciés.

Si vous avez des questions concernant l'étude, n'hésitez pas à me contacter.

Pour participer à cette étude, veuillez cliquer sur ce lien : https://uofmississippi.qualtrics.com/jfe/form/SV_0OO2XdqgPb84uyi

Veuillez transférer ou partager ce courriel avec tout groupe ou individu susceptible d'être intéressé à le remplir.

Merci d'avoir pris le temps de nous aider dans cette recherche.

Jason Hoeksema