La digitalisation, thème central de ce numéro spécial de Botany One, consiste à numériser les spécimens en les photographiant et en transcrivant les informations qu’ils contiennent. Elle évite l’envoi physique des échantillons et permet aux chercheurs du monde entier d’accéder rapidement à des millions de données numériséesOn la présente souvent comme l’étape finale permettant de rendre les connaissances sur la biodiversité accessibles à la recherche, à la conservation et à d’autres usages scientifiques. Mais, bien avant la digitalisation, les collections nécessitent déjà un important travail de conservation, une bonne documentation de terrain ainsi que des infrastructures adaptées pour presser, sécher, stocker et étiqueter les spécimens dans des conditions contrôlées. Alors, qu'elle est la partie la plus compliquée de ce processus ?

Tout commence par la collecte d’un spécimen, une aventure aussi intense qu’elle en a l’air. Chercher une plante sur le terrain peut donner l’impression d’être un véritableIndiana Jones: difficile, imprévisible, mais extrêmement gratifiant. Mais, pourquoi ce processus est-il si complexe ? Imaginez devoir retrouver vos clés… sauf qu’elles sont cachées quelque part dans le monde parmi des milliers d’autres presque identiques. Et une fois les bonnes clés trouvées, il faut encore les manipuler avec soin, les étiqueter correctement pour pouvoir les identifier plus tard, puis les conserver dans de bonnes conditions. Pas si simple, non ?

Pour mieux comprendre, nous sommes partis en mode Indiana Jones recueillir les témoignages de scientifiques à travers l’Amérique Latine sur la partie la plus difficile de la transformation d’un spécimen en donnée exploitable. Voici un résumé de leurs réponses, qui montrent à quel point ce processus est complexe et profondément humain.

Qu’est-ce qui rend la transformation d’un spécimen en donnée plus complexe qu’il n’y paraît ? 

Dr Jenifer C. Lopes, docteure spécialiste de la nomenclature du genre Vellozia (Velloziaceae) au Brésil, explique que l’un des aspects les plus difficiles consiste à documenter toutes les caractéristiques morphologiques : formes, couleurs et détails microscopiques nécessitant souvent des dissections.

Apprendre la taxonomie végétale et être capable d’identifier un spécimen est un long parcours. J’ai passé des années à étudier la taxonomie et la morphologie végétales pour pouvoir regarder une plante et connaître son nom.

Sur le terrain, l’un des grands défis est également de documenter correctement l’environnement autour du spécimen : type de végétation, conditions du sol, exposition au soleil ou interactions avec d’autres organismes comme les épiphytes et les pollinisateurs. Ces détails sont essentiels pour comprendre l’écologie et l’évolution des espèces, mais ils peuvent facilement être oubliés lors de la collecte.

Le Dr Thorsten Krömer, de l’herbier du Centre de Recherches Tropicales (CITRO), dont l’équipe étudie la distribution et l’état de conservation des plantes endémiques de Veracruz au Mexique, souligne que transformer un spécimen végétal en donnée numérisée est un processus long et semé d’obstacles.

Tout commence par le bon positionnement de la plante dans les feuilles de presse et l’enregistrement complet des données de terrain, puis vient l’identification correcte de l’espèce et la préparation de l’étiquette. Malheureusement, de nombreux spécimens restent stockés dans des boîtes pendant des années faute de personnel pour le montage, la transcription des étiquettes et la numérisation avant leur intégration dans les collections d’herbiers.

Krömer a souligné qu'il les projets de digitalisation reposent souvent sur le soutien précieux de bénévoles.

Les chercheurs travaillant sur la base de données PollenGEO ont également souligné la complexité du traitement des données lorsqu’il s’agit de grains de pollen. Ce projet du Smithsonian Tropical Research Institute (STRI) , au Panama, numérise l’une des plus grandes collections de pollen au monde avec plus de 18,000 XNUMX espèces végétales tropicales. Selon les chercheurs, la morphologie du pollen est extraordinairement diverse. Les descriptions traditionnelles ont généré une terminologie très vaste, mais de nombreux grains présentent des formes et structures qui remettent en question les classifications existantes. D’où l’importance cruciale des images de haute qualité, qui fournissent un enregistrement direct et durable de la morphologie. Pourtant, les images seules ne suffisent pas. Même au sein d’une même espèce, le pollen peut présenter plusieurs morphologies différentes, obligeant les chercheurs à prendre des décisions complexes pour standardiser et représenter cette variabilité dans les bases de données. 

Quelle est la situation la plus mémorable ou inattendue rencontrée lors de la collecte de spécimens ? 

La Dre Jenifer souligne le lien fort entre les spécimens et l’histoire :

Un jour, nous cherchions une plante à Rio de Janeiro en utilisant le livre du botaniste français Auguste Saint-Hilaire, qui avait collecté le spécimen type au XIXe siècle. Nous avons retrouvé l’un des sites qu’il avait visité. C’était une ferme, et la maison principale existait encore. J’ai été fascinée de voir comment cette plante nous avait conduits vers un lieu historique. Un spécimen est bien plus qu’une simple feuille d’herbier, il porte derrière lui les histoires et les efforts de nombreuses personnes.

Le Dr Thorsten raconte :

Sans aucun doute, la situation la plus mémorable est la découverte d’une nouvelle espèce, même si l’on s’en rend souvent compte plus tard, lors de l’identification, et non directement sur le terrain. Les rencontres inattendues avec la faune sauvage pendant les expéditions sont également des moments très marquants. Dans les forêts tropicales, nous avons observé des singes, des sangliers, des capybaras, des coatis, de nombreux oiseaux et même un jaguar.

En palynologieaussi, les surprises sont nombreuses :

Parfois, on trouve des plantes magnifiques avec des grains de pollen très simples, ou des plantes totalement différentes, comme les pissenlits, l’Espeletiaet les tournesols, dont le pollen se ressemble étonnamment.

Les spores de fougères représentent un autre défi, notamment les spores monolètes de l’ordre des PolypodialesAprès un traitement chimique appelé acétolyse, que permet la préservation du pollen, la couche externe des spores est souvent détruite, laissant des structures presque identiques. Pourtant, en les comparant à la littérature scientifique, les chercheurs découvrent une diversité morphologique impressionnante. Une preuve supplémentaire de l’importance de bien préserver les spécimens : de minuscules détails peuvent tout changer dans l’identification d’une espèce.

On se rend vite compte que transformer les plantes en données est bien plus qu’un simple processus technique : c’est une chaîne de travail mondiale et collaborative. Derrière chaque spécimen collecté se cachent de nombreuses personnes, une immense quantité de travail invisible et d’innombrables expériences humaines. Le voyage commence sur le terrain avec l’aide de guides locaux connaissant parfaitement les paysages, puis se poursuit avec la conservation minutieuse des spécimens, leur identification par des taxonomistes et enfin leur transformation en données digitalisées standardisées. Ainsi, ce processus réunit expertise de terrain, histoire, taxonomie, conservation et technologie.

Alors restez connectés pour le prochain article, où nous explorerons encore plus en détail ce parcours : comment une plante, un champignon ou même un grain de pollen devient-il digitalisé ?

LIRE LA SUITE:

Herbier – CITRO. (Université de Veracruz). Consulté le 14 mai 2026. Disponible à l'adresse : https://www.uv.mx/en/citro/herbarium/

King, B. (2025). Digitised pollen database for paleontology research, allergy medicine and more. Smithsonian Tropical Research Institute. Smithsonian Tropical Research Institute. Disponible à l'adresse : https://stri.si.edu/story/digital-pollen 

Klopper, R., Steyn, H., Baider, C., Bytebier, B., Dayaram, A., Florens, F., Rakotonirina, N., Raimondo, D., Sosef, M. et le Roux, M. (2025) Digitisation of herbarium specimens to the benefit of research: An African perspective focusing on South Africa and Western Indian Ocean Island states. PLANTS, PEOPLE, PLANET. Disponible sur : https://doi.org/10.1002/ppp3.70117. 

Lopes, J., Magri, R. et Prado, J. (2024) Unveiling the aftermath of conflict and herbarium specimens’ loss: Typifications of species described by Pohl within the Neotropical genus Vellozia. TAXON, 73(4), p. 1053-1061. Disponible à l'adresse : https://doi.org/10.1002/tax.13218.

Profil de l'auteur invité

Ana Valladarès : scientifique mexicaine spécialisée en biotechnologie, amélioration des plantes et analyse de données. Curieuse de tout, elle adore découvrir de nouvelles cultures, percer les secrets des plantes et dénicher des endroits uniques. Elle est actuellement basée à Madagascar.

Photo de couverture : Jennifer C. Lopes.

Traductions espagnoles et françaises par Ana Valladarès.