Mes pensées vont à toutes les personnes touchées par les événements de cette semaine. Malheureusement, étant donné que mon audience est mondiale, c'est une occasion que je pourrais sans doute saisir à chaque fois. Or, cette semaine, on dirait que certains font tout pour rendre la semaine difficile.
J'ai vécu une expérience inhabituelle hier. J'ai trouvé LinkedIn utile. Je connais des gens. doMais je n'ai jamais vraiment accroché à ce site depuis ses débuts, quand il fouillait votre carnet d'adresses pour envoyer des e-mails du type « Connectez-vous avec moi sur LinkedIn ». De temps en temps, je me dis que je devrais faire un effort, alors je réessaie. Cette fois-ci, je me suis inscrit pour suivre les nouveaux in silico page Plantesainsi que de nombreux jardins botaniques.
Les bogues urgents ont été identifiés cette semaine. Il en reste d'autres, mais je peux les traiter plus lentement. Cela signifie que je peux commencer à travailler sur de nouveaux projets cette semaine, ce qui devrait être intéressant. J'aimerais contacter les auteurs de quelques articles pour obtenir leurs commentaires.
J'espère aussi prendre le week-end prochain. Février a été un mois de semaines de 7 jours, ce qui n'est pas tenable. Idéalement, je suivrai l'actualité tout au long de la semaine afin de vous envoyer un autre e-mail regroupant les journaux et les articles que vous partagez. Mastodonte et Bluesky Chargement terminé vendredi soir, prêt à partir lundi. À la prochaine !
Alun (webmaster@botany.one)
Sur Botany One
Quand les fleurs se taisent
Comment les cactus inodores utilisent l'écholocation pour la pollinisation
Roxana Khoshravesh
La flore en bref : un voyage au cœur de la vie microscopique des plantes
Un outil ancien, d'une précision nouvelle, révèle la vie intérieure spectaculaire des plantes
Promenade d'Olivia
Les deux énigmes de cette semaine sont Jardin Sudoku et Chasse aux plantes : 9 modèles qui ne le sont pas Arabidopsis.
Et la semaine dernière Semaine en botanique, avec des insectes et des cycas.
Actualités et Opinions
Sur le Salon International de l'Agriculture, Laurent Buisson, directeur général d'AgroParisTech et Philippe Mauguin, président-directeur général d'INRAE ont signé le renouvellement d'une convention-cadre avec la volonté commune de structurer et d'amplifier leur coopération scientifique, pédagogique et partenariale. Les deux établissements consolident ainsi une alliance historique dans des domaines stratégiques tels que la sécurité alimentaire, la transition agroécologique, la gestion durable des ressources et l'innovation au service des territoires.
AgroParisTech et l’INRAE renforcent leur partenariat au service des transitions agricoles, alimentaires et environnementales..
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Dans un courriel, un chercheur en intelligence artificielle a suggéré qu'il est « difficile d'être brillant si l'on se préoccupe de son apparence ou des raisons pour lesquelles une autre femme vous déteste ».
Le 19thUn récepteur d'autophagie nouvellement identifié chez les hépatiques recycle les organites sans membrane et dirige l'alpha-synucléine, protéine liée à la maladie de Parkinson, vers la dégradation dans les neurones humains. Cette découverte a été faite par des chercheurs en biologie végétale de l'OeAW dans le cadre d'une nouvelle étude.
Rejoignez le botaniste Richard Bate pour un voyage captivant au cœur des orchidées sauvages d'Irlande. En 2024, Richard a fait la une des journaux en redécouvrant l'orchidée fantôme (Epipogium aphyllum) sur un site tenu secret en Angleterre.
BSBIPour la deuxième fois, nous offrirons aux étudiants noirs de premier cycle d'universités de tout le Royaume-Uni la possibilité d'effectuer un stage de recherche dans une université ou un institut de recherche britannique de leur choix.
Noir en sciences végétalesCette initiative intervient dans un contexte d'efforts visant à développer les revues nationales.
Des détectives scientifiques partagent leurs conseils de bon sens pour débusquer les articles suspects.
NatureNé au Royaume-Uni, Miltos a étudié la biologie à Athènes, en Grèce, avant d'obtenir son doctorat à l'Université d'Oxford. Il a mené des recherches postdoctorales à Oxford, bénéficiant de plusieurs bourses de recherche, et a effectué des séjours de recherche à Berkeley. Il a ensuite créé son laboratoire à Oxford, où il est devenu professeur. Depuis 2013, il est directeur de l'Institut Max Planck de recherche sur l'amélioration des plantes à Cologne.
Cette réduction d'effectifs intervient après la suppression de 152 emplois dans plusieurs agences, qui ont fusionné pour créer le Bioeconomy Science Institute.
RnzCommençons cet article par une question : qu’y a-t-il de pire que d’être touché par une flèche ? Réponse : être touché par une flèche à pointe empoisonnée.
La Biodiversity Heritage Library entamant officiellement son nouveau chapitre après sa transition hors de la Smithsonian Institution, nous sommes ravis d'annoncer que le Field Museum of Natural History, l'un des partenaires les plus anciens et les plus respectés de la BHL, hébergera les serveurs et l'infrastructure technique principale de la BHL.
Bibliothèque du patrimoine de la biodiversitéCette semaine en botanique
Il y a 5 ans : Comment une plante oubliée des forêts tropicales du Mexique a révolutionné la vie des femmes aussi en espagnol
Il y a 10 ans : Microtechniques de bigging-up [végétaux]
Il y a 15 ans : Avis sur Darwin passés en revue
Articles scientifiques
"Les racines des plantes libèrent une grande variété de métabolites dans la rhizosphère, influençant les communautés microbiennes et leurs fonctions. Si la métagénomique a permis d'approfondir notre compréhension de ces communautés, la physiologie de leurs membres dans l'environnement de la plante hôte reste encore mal connue. L'analyse du transcriptome par séquençage d'ARN est une approche courante pour en apprendre davantage, mais son utilisation s'avère complexe en raison de la faible biomasse bactérienne et des interférences de l'ARN végétal. Pour pallier ces difficultés, nous avons développé une méthode de séquençage par insertion de bibliothèques de promoteurs à code-barres aléatoire (RB-PI-seq) combinée à une ingénierie génomique assistée par recombinase indépendante du châssis (CRAGE). »
"Des études sur les oiseaux, les insectes et les bactéries suggèrent que la coopération a des conséquences majeures sur des caractéristiques fondamentales du vivant, telles que l'étendue des niches écologiques, la variation génétique au sein des espèces et les taux de diversification des espèces. Cependant, le rôle de la coopération dans ces changements reste largement hypothétique, faute de données et de cadre théorique général. Nous synthétisons les progrès réalisés et soulignons les principales lacunes de notre compréhension, qui constituent des pistes de recherche pour l'avenir. »
"Les corps de traitement (corps P) sont des granules ribonucléoprotéiques conservés, essentiels au métabolisme de l'ARN chez les eucaryotes. Bien que les mécanismes sous-jacents à leur assemblage soient bien compris, les voies régulant leur renouvellement sélectif restent mal connues. Dans cette étude, nous avons identifié les protéines de décapping conservées EDC4 (Enhancer of mRNA decapping 4) et DCP1 (decapping protein 1) comme une paire de récepteurs d'autophagie sélective, responsables du renouvellement des corps P chez la plante modèle Marchantia polymorpha. »
"Des méthodes de génotypage pratiques et économiques, ainsi que des flux de travail bioinformatiques simplifiés, sont essentiels pour les études génétiques et la sélection végétale. La baisse du coût de la construction des banques de séquençage, le multiplexage des échantillons et l'avènement du séquençage à bas débit ont permis de réduire les coûts et de réaliser des expériences génétiques et génomiques à grande échelle. Nous présentons ici un pipeline simple de séquençage à bas débit et de bioinformatique, adapté à diverses applications de génotypage. »
"En écologie, les questions de causalité sont omniprésentes. Pourtant, la littérature décrivant les approches systématiques pour y répondre est vaste et fragmentée, s'articulant autour de différentes traditions (par exemple, la randomisation, la modélisation par équations structurelles, la cartographie croisée convergente). Dans notre perspective, nous établissons des liens entre les hypothèses causales, les tâches, les cadres théoriques et les méthodes de ces traditions, offrant ainsi une synthèse des concepts et des avancées méthodologiques pour la détection et la quantification des relations causales dans les systèmes écologiques. »
"Les revues scientifiques s'appuient sur l'évaluation par les pairs pour identifier les travaux de recherche les plus publiables. Or, trouver des évaluateurs compétents et disposés à examiner les manuscrits est devenu une tâche de plus en plus ardue, menaçant potentiellement la pérennité de l'évaluation par les pairs en tant qu'institution. Que peut-on ou que doit-on faire pour la préserver ? Nous développons ici des modèles mathématiques afin de révéler les interactions complexes entre les motivations des auteurs, des évaluateurs et des lecteurs dans leur quête des meilleures recherches. »
"L'hypoxie affecte significativement le métabolisme et la croissance des plantes en perturbant la respiration mitochondriale, et la détection de l'oxygène joue un rôle essentiel dans la régulation des réponses aux conditions de faible teneur en oxygène. Les plantes détectent l'oxygène via la voie de dégradation de l'azote, impliquant les cystéine oxydases végétales (PCO) qui oxydent les facteurs de réponse à l'éthylène du groupe VII (ERF-VII), entraînant leur dégradation en conditions normoxiques. En conditions hypoxiques, l'activité des PCO diminue, stabilisant les protéines ERF-VII et activant la transcription des gènes de réponse à l'hypoxie (HRG) pour s'adapter à la limitation en oxygène. Des recherches récentes mettent en évidence des facteurs supplémentaires, tels que le complexe MBR1/MED25, la phosphorylation d'ERF-VII et l'intégration des signaux énergétiques et d'oxygène via la voie TOR (cible de la rapamycine), qui permettent un ajustement précis de la réponse hypoxique. Lors de la réoxygénation, les PCO rétablissent leur activité et dégradent l'ERF-VII, mais cette dégradation est retardée, probablement en raison des espèces réactives de l'oxygène (ROS) inhibant la fonction des PCO. »
"Dans cette étude, nous utilisons la marche polymorphe (Marchantia polymorpha) comme bryophyte modèle pour examiner l'absorption et le transport du phosphate. Nous montrons que les rhizoïdes expriment fortement plusieurs gènes de transporteurs de phosphate et absorbent activement ce dernier. »
"Le processus de publication traditionnel retarde la diffusion des nouvelles recherches, souvent de plusieurs mois, voire de plusieurs années. Les serveurs de prépublication dissocient la diffusion des articles de recherche de leur évaluation et de leur certification par les revues, permettant ainsi aux chercheurs de partager leurs travaux immédiatement, de recevoir des commentaires d'un public beaucoup plus large et de fournir des preuves de leur productivité bien avant la publication officielle. Lancé en 2013 en tant que service communautaire à but non lucratif, le serveur bioRxiv a introduit la pratique de la prépublication dans les sciences de la vie et a récemment publié son 64 000e manuscrit. »
"Nous montrons ici que l'activation constitutive de l'immunité supprime la signalisation des cytokinines et que la complémentation des niveaux de cytokinine chez les mutants d'auto-immunité d'Arabidopsis réduit le compromis de croissance dû à l'activation de la défense par des changements dans l'activité méristématique, ce qui entraîne une augmentation du rendement et de la résistance aux pathogènes des modes de vie biotrophes et nécrotrophes. »
"L'architecture du système racinaire influence l'absorption d'eau et de minéraux et joue un rôle important dans l'adaptation des plantes aux variations de disponibilité des nutriments. De petits peptides de signalisation et leurs récepteurs modulent les caractéristiques racinaires liées à l'absorption des macronutriments. Dans cette étude, des analyses d'association pangénomiques ont été réalisées à partir d'images 2D d'accessions de Medicago truncatula cultivées sur plaques d'agar afin d'évaluer l'impact du traitement par le peptide GOLVEN10 (GLV10) sur trois caractéristiques racinaires : la tortuosité racinaire, l'angle de ramification des racines latérales et l'angle de consigne de la gravité (ACG). Après traitement par GLV10, les racines des accessions sauvages de M. truncatula Jemalong A17 et R108 ont présenté une tortuosité accrue de la racine primaire, un angle de ramification des racines latérales plus important et un ACG réduit. Nous avons identifié 88 polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) significatifs associés à ces caractéristiques chez les plantes traitées par GLV10, différents des 163 SNP identifiés chez les plantes non traitées. »
Dans les publications de l'AoBC
- Les graines et les jeunes plants ligneux ne réagissent pas aux kairomones des herbivores. 🆓
- La strigolactone améliore la tolérance à l'aluminium chez le riz (Oryza sativa L.) en modulant la production d'oxyde nitrique et la séquestration de l'aluminium dans la paroi cellulaire 🆓
- La présence d'un péricarpe rouge, caractéristique commune au riz adventice, contribue à la tolérance au gel des graines et à leur capacité à hiverner dans le sol. 🆓
- Impacts du changement climatique sur le millet fonio : écologie de la germination des semences et modélisation de l’adéquation d’une céréale indigène d’Afrique de l’Ouest 🆓
- Les réponses spécifiques des plantes envahissantes au parasitisme sont modifiées par le réchauffement climatique. 🆓
Carrières
Le laboratoire Kamoun du Sainsbury Laboratory (TSL) recherche un chercheur postdoctoral ou un assistant de recherche très motivé pour rejoindre son équipe. Ce poste porte sur la biologie des récepteurs immunitaires végétaux et l'application de ces connaissances à la résistance des cultures aux maladies, avec un intérêt particulier pour les protéines NLR (protéines à répétitions riches en leucine et à liaison aux nucléotides) et leurs interactions avec les effecteurs de virulence des pathogènes.
Le laboratoire SainsburyNous souhaitons renforcer le portefeuille de recherche et les activités d'enseignement du département dans le domaine plus vaste de la biologie moléculaire et de la génétique végétale. Toutes les orientations de recherche relevant de la biologie moléculaire végétale sont les bienvenues.
Université d'AarhusNous recherchons un(e) candidat(e) postdoctorant(e) motivé(e), titulaire d'une licence en chimie, biochimie, biologie moléculaire ou biotechnologie, désireux(se) d'élucider les voies de biosynthèse complexes et les processus de transport des alcaloïdes bioactifs d'origine végétale, notamment ceux ayant des propriétés stimulantes ou pharmaceutiques. Une expérience pertinente inclut la synthèse de produits naturels, l'élucidation des voies métaboliques et/ou la découverte et la caractérisation de transporteurs.
Université de CopenhagueCe poste postdoctoral sera encadré par Aline Muyle et accueilli à l’Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier (ISEM), au sein du département CHANGE et de l’équipe Stratégies de Reproduction des Plantes (SRP). Notre équipe étudie l’évolution des systèmes de reproduction des plantes et utilise diverses approches, notamment la théorie, l’expérimentation, la bioinformatique et les statistiques.
Université de MontpellierRejoignez-nous au sein du nouvel Institut de biologie des cultures dirigé par Korbinian Schneeberger à l'Université Heinrich Heine (HHU) de Düsseldorf ! Nous recherchons un postdoctorant talentueux pour développer des outils informatiques de pointe pour l'analyse des données de séquençage à haut débit, encadrer la prochaine génération de scientifiques et contribuer à la recherche de pointe en génomique végétale.
Université Heinrich HeineL'équipe de sélection des cultures de maïs et d'oléagineux recherche un(e) scientifique de haut niveau, passionné(e) et visionnaire, spécialisé(e) en génétique quantitative et biostatistique (H/F/D), pour un poste permanent à temps plein au sein de l'équipe de découverte de caractères. Dans ce rôle clé, vous contribuerez à stimuler l'innovation dans la découverte de caractères et l'analyse génétique de certaines des cultures les plus importantes au monde. En étroite collaboration avec les sélectionneurs, les biostatisticiens, les spécialistes de la génétique des caractères, les équipes de développement de marqueurs et les experts en génomique moléculaire, vous développerez de nouveaux concepts analytiques et prototyperez des approches statistiques avancées afin de faciliter la prise de décisions de sélection fondées sur les données.
KWSLa personne retenue travaillera dans le cadre du projet financé par le FNS intitulé « Réponse à une forte densité végétale en climat plus chaud : fonction et régulation des facteurs d’interaction du phytochromes ». Ce projet combinera des analyses transcriptionnelles à l’échelle du génome et à haute résolution spatiale, la génétique moléculaire, la photobiologie végétale, la biochimie et la biologie cellulaire. Elle intégrera une équipe de recherche collaborative afin de répondre aux questions scientifiques fondamentales du projet. Elle aura également l’opportunité d’acquérir une expérience d’enseignement et d’encadrement en participant à des cours de licence et de master et en supervisant des projets de recherche étudiants.
Université de LausanneLe Département des sciences biologiques de l'Université de Toronto Scarborough (UTSC) sollicite des candidatures pour un poste à temps plein d'enseignant en biologie moléculaire et cellulaire. Le poste sera au rang de professeur adjoint (volet enseignement) et la date d'entrée en fonction prévue est le 1er juillet 2026.
Université de Toronto, Toronto, OntarioImage de couverture: jonquilles by silver_habergeon/iNaturalist CC-BY-NC
