Encore une semaine sans réseaux sociaux. Pour me changer les idées, j'ai travaillé sur un projet que vous pourrez découvrir en février. Dans ce cadre, j'ai exploré la flore d'Australie-Occidentale sur iNaturalist.

Si je devais visiter l'Australie, la côte ouest et la forêt tropicale des environs seraient en tête de ma liste des endroits à découvrir. Voir toutes ces photos n'a fait qu'attiser mon envie. Les plantes sont magnifiques sur iNaturalist, mais on a l'impression qu'il y a une sorte de concours photo informel. Les photos que j'ai vues semblent beaucoup plus artistique que ils ont besoin êtreIl me faut neuf photos pour ce projet et j'en ai déjà dix-huit, il y en aura donc au moins le double.

Cette semaine, l'histoire incroyable d'IA est celle d'un botaniste allemand qui a testé Chat GPT. Il doit se réjouir du malheur des autres. Son article ne figurait pas dans ma liste de publications à retenir, ce qui m'a surpris, car il affiche un score Altmetric de 1530 après seulement trois jours. Je l'ai tout de même ajouté.

J'ai un déplacement imprévu à l'hôpital cette semaine. Sauf en cas d'hospitalisation prolongée, je vous enverrai un autre courriel contenant les articles et les reportages que vous partagez. Mastodonte et Bluesky À la même heure la semaine prochaine. À la prochaine, prenez soin de vous.

Alun (webmaster@botany.one)

Sur Botany One

Les gardiens du figuier : comment les esprits de Bornéo protègent un arbre clé de voûte
Dans les forêts de Bornéo, la peur des esprits a accompli ce que beaucoup de lois ne peuvent pas : transformer la mosaïque de terres agricoles en sanctuaires sûrs pour les plus grands arbres de la jungle.

Des jungles de béton aux tapis vivants : comment la mousse sur le béton bioréceptif peut transformer nos villes
Quand vous imaginez une ville du futur, visualisez-vous encore une « jungle de béton » ? Une étude inédite montre comment le béton peut devenir un support vivant pour les mousses.

Tout est permis quand on vit dans une fissure
De nouvelles recherches montrent que les plantes qui prospèrent sur les parkings réussissent non seulement parce qu'elles sont robustes, mais aussi parce qu'elles disséminent leur pollen et leurs graines de multiples façons.

Comment les plantes savent-elles quand elles sont trop près les unes des autres ?
Les plants de sorgho peuvent détecter les plantes voisines grâce aux substances chimiques présentes dans l'eau du sol, ce qui ralentit leur croissance et explique pourquoi planter des cultures trop proches les unes des autres n'augmente pas toujours les rendements.

…et celui de la semaine dernière Semaine en botanique Avec du café, des drogues, une mort efficace et bien plus encore.

Actualités et Opinions

Les arbres nous relient à nos ancêtres. Quand les arbres témoignent Explore le lien puissant (Exclusif)
« Nous n’avons pas à nous contenter de vivre avec les souvenirs de nos ancêtres », écrit l’auteure Beronda L. Montgomery. « Nous pouvons faire l’expérience physique des mêmes arbres qu’eux. »

La science américaine après un an de Trump
Une série de graphiques révèle comment l'administration Trump a cherché à imposer des coupes historiques dans les domaines de la science et de la recherche.

Découvrez les chercheurs bénévoles à l'origine de TAIR12 : Yasin Kaya, Institut Max Planck de recherche sur l'amélioration des plantes
Au cours des deux dernières années, TAIR a pris l'initiative d'organiser un effort communautaire pour réannoter le Arabidopsis thaliana génome. Le résultat est TAIR12, bientôt disponible sur l'European Nucleotide Archive (ENA). Ce projet n'a été possible que grâce au travail de près de 100 bénévoles travaillant dans des laboratoires du monde entier, qui ont généreusement offert leur temps et leur expertise.

Un nouveau départ : la collection de plantes rares de Macquarie passe au numérique
Une nouvelle subvention du programme Atlas of Living Australia permettra de numériser 16 000 spécimens de plantes à l’université Macquarie, comblant ainsi des lacunes importantes dans les données nationales sur la biodiversité et rendant les registres d’espèces rares accessibles aux chercheurs du monde entier.

Les trois étapes du développement d'un manuscrit – et pourquoi elles sont importantes pour vous en tant que mentor
Quand les gens découvrent que Bethann Garramon Merkle et j'ai écrit un livre intitulé Enseignement et mentorat des rédacteurs scientifiques : une approche fondée sur des données probantesOn nous demande souvent : « Quel est votre meilleur conseil ? »

Le déclin de l'enseignement botanique compromet la réponse aux mesures climatiques et à la sécurité alimentaire.
Une nouvelle étude internationale révèle ce qui motive les gens à étudier la biologie végétale, une discipline essentielle pour former la main-d'œuvre de demain. lutter contre la perte de biodiversité, les changements climatiques et les problèmes de sécurité alimentaire.

L’effondrement de la biodiversité menace la sécurité du Royaume-Uni, avertissent les chefs du renseignement
La destruction des écosystèmes aggravera les pénuries alimentaires, les troubles et les migrations massives, dont les effets se font déjà sentir.

La communauté des postdoctorants en sciences végétales
Inspiré par le fantastique Futur Slack PILe Slack des postdoctorants en botanique est un lieu d'échange pour les postdoctorants en botanique, un espace pour discuter, explorer et s'entraider afin de préparer leur future carrière, tant dans le milieu universitaire que dans l'industrie.

Questions-réponses | « Sans recherche, nous ne pouvons pas espérer un avenir où les êtres humains et la planète prospèrent. »
La botaniste de renom Sandra Knapp à propos de sa nomination en tant que première directrice de la recherche du NHM.

Quand deux années de travail universitaire s'évaporent en un seul clic ($)
Après avoir désactivé l'option « consentement aux données » de ChatGPT, Marcel Bucher a perdu tout son travail, notamment ses demandes de subvention, ses supports pédagogiques et ses ébauches de publications. Voici la suite des événements.
Une partie de l'article est réservée aux abonnés de Nature, mais vous pouvez également le lire sur [lien manquant]. futurisme or io9.

Nouvel outil pédagogique : « Analyse génomique des collections botaniques »
Nous sommes heureux d'annoncer la parution du dernier ouvrage de la série « Outils pédagogiques en biologie végétale », intitulé « Analyse génomique des collections botaniques : opportunités et défis », par Martina Deglialberti, Chiara Paleni, Federico Fainelli, Carla Lambertini et Silvia Manrique.

Cette semaine en botanique

Il y a 5 ans : C'est quelle plante ? Tester des applications d'identification automatisée des plantes

Il y a 10 ans : Faire face aux aliments riches en phénols

Il y a 15 ans : Schémas d'allocation des ressources chez une espèce dioïque

Articles scientifiques

Croissance ou non : NRT1.1B comme double récepteur de l’ABA et du nitrate (GRATUIT)
Ce commentaire met en lumière des recherches démontrant que NRT1.1B agit comme un double récepteur pour les nitrates et l'acide abscissique, permettant aux plantes d'équilibrer leur croissance et leurs réponses au stress. En intégrant les signaux nutritionnels et hormonaux, ce mécanisme explique comment les plantes décident de poursuivre ou d'interrompre leur croissance face aux variations des conditions environnementales.

L'éthylène module la mécanique de la paroi cellulaire pour les réponses racinaires à la compaction (GRATUIT)
Les contraintes exercées sur les sols affectent les rendements agricoles et constituent un défi majeur pour l'agriculture mondiale. Le compactage du sol induit une réduction de la longueur et de l'expansion radiale des racines, sous l'effet de l'éthylène, une hormone végétale. Nous montrons ici comment l'éthylène contrôle la biosynthèse de la paroi cellulaire pour favoriser l'expansion radiale des racines. Zhang et al. démontrent comment le stress lié au compactage du sol, via l'éthylène, régule positivement… Facteur de réponse à l'auxine 1 dans le cortex racinaire, qui réprime les gènes de la cellulose synthase (CESA).

Un système de marquage des protéines de liaison à proximité de séquence basé sur CRISPR pour le balayage des protéines régulatrices en amont ($)
La régulation transcriptionnelle implique des interactions protéine-ADN complexes et dynamiques, qui modifient l'état de la chromatine et, par conséquent, régulent l'expression des gènes. Chez les plantes, les technologies actuelles peinent à capturer efficacement les protéines se liant à l'ADN de manière dynamique, notamment les facteurs de transcription. En exploitant la capacité de liaison de la Cas9 inactivée à des fragments d'ADN spécifiques et le pouvoir de marquage de la protéine TurboID pour les protéines adjacentes, Zhang a développé un système de marquage de protéines de liaison à proximité de séquences basé sur CRISPR (CSPL) pour détecter les protéines se liant aux promoteurs.
Lire gratuitement via ReadCube : https://rdcu.be/e0F5j

Des raisons d’être optimiste : les réseaux d’interaction entre rédacteurs et relecteurs révèlent des résultats positifs liés à une plus grande diversité au sein des comités de rédaction (GRATUIT)
À partir de données recueillies en 2004, 2014 et 2024, Nuñez et al. ont construit des réseaux tripartites reliant les rédacteurs en chef, les rédacteurs adjoints et les relecteurs, et ont quantifié les proportions hommes-femmes, la diversité géographique et la modularité du réseau. Ils ont également utilisé des modèles linéaires mixtes généralisés pour déterminer si les rédacteurs adjoints invitaient de préférence des relecteurs du même sexe ou originaires de la même région, et si ces tendances évoluaient au fil du temps.

Changements de paradigme dans la couleur des fleurs : une introduction (GRATUIT)
La couleur des fleurs joue un rôle central dans la pollinisation, constituant l'un des principaux critères d'attraction des pollinisateurs. La relation étroite entre les phénotypes de couleur des fleurs et la pollinisation a fait l'objet de nombreuses études, et nous continuons d'explorer les subtilités du rôle de la couleur des fleurs dans les relations plantes-pollinisateurs.

Adaptations évolutives à la régulation hormonale du développement des tissus vasculaires ($)
Les tissus vasculaires sont une caractéristique des plantes terrestres, permettant le transport à longue distance et le soutien structurel. Bien que l'interaction entre l'auxine et la cytokinine au cours du développement vasculaire soit bien caractérisée chez quelques plantes modèles, le degré de conservation de ces réseaux de régulation dans d'autres lignées reste incertain. Contrairement aux plantes vasculaires étudiées jusqu'à présent, chez lesquelles une interaction entre ces deux phytohormones est observée lors du développement des tissus vasculaires, Xiao et al. démontrent que chez le lycophyte Selaginella moellendorffii elle utilise une stratégie unique de séparation des tâches, l'auxine et la cytokinine contrôlant respectivement la prolifération et la différenciation cellulaires.

Les articles en biomédecine et sciences de la vie rédigés par des chercheuses sont soumis à un processus d'évaluation plus long (GRATUIT)
En analysant tous les articles indexés dans la base de données PubMed (plus de 36.5 millions d'articles publiés dans plus de 36 000 revues biomédicales et de sciences de la vie), Alvarez-Ponce et al. montrent que le temps médian passé à l'examen est de 7.4 % à 14.6 % plus long pour les articles écrits par des femmes que pour ceux écrits par des hommes, et que les différences restent significatives après avoir pris en compte plusieurs facteurs.

Les fossiles de Prototaxites sont structurellement et chimiquement distincts des champignons éteints et actuels (GRATUIT)
Loron et al. étudient l'affinité de Prototaxites en comparant son organisation et sa composition moléculaire à celles des champignons. Ils rapportent que les fossiles de Prototaxites taiti Les champignons provenant du chert de Rhynie, vieux de 407 millions d'années, présentaient une composition chimique distincte de celle des champignons contemporains et une structure différente de celle de tous les champignons connus. Cette découverte remet en question l'affinité fongique de Prototaxitessuggérant plutôt que cet organisme énigmatique appartiendrait plutôt à une lignée eucaryote entièrement éteinte.

L'exopolysaccharide EPS-I transforme les biofilms du pathogène du flétrissement de Ralstonia en fluides viscoélastiques pour une dissémination rapide dans la plante (GRATUIT)
Cope-Arguello et al. ont utilisé les principes de la physique de la matière molle pour élucider le rôle complexe d'un facteur de virulence majeur : l'exopolysaccharide EPS-I. Ce dernier transforme les biofilms de RSSC en fluides viscoélastiques, un comportement mécanique inédit pour les biofilms microbiens, qui sont presque toujours des solides viscoélastiques. Ils démontrent que le développement de biofilms fluides a constitué une innovation évolutive clé, permettant le succès pathogène de ces agents pathogènes agressifs responsables du flétrissement rapide des plantes.

La diversité des arbres évolue dans les forêts tropicales andines et amazoniennes en réponse aux changements globaux (GRATUIT)
Les changements climatiques et atmosphériques affectent le fonctionnement et la structure des forêts à l'échelle mondiale, mais leurs effets sur la diversité des forêts tropicales restent mal connus. Le défi scientifique est particulièrement important dans les Andes et en Amazonie, qui abritent les forêts les plus riches en biodiversité au monde. À partir de 406 parcelles permanentes couvrant quatre décennies de dynamique forestière intacte en plaine et en montagne, Fadrique et al. ont étudié l'évolution à long terme de la richesse spécifique et évalué l'influence du climat et d'autres variables. Leurs résultats montrent qu'à l'échelle continentale, la richesse spécifique semble stable, mais que cette stabilité masque d'importantes variations régionales.

Une boucle de rétroaction négative entre TERMINAL FLOWER1 et LEAFY protège l'indétermination de l'inflorescence ($)
Les inflorescences des plantes à fleurs adoptent des architectures diverses, programmées génétiquement et adaptées à l'environnement. En revanche, le maintien du stock de cellules souches au sein du méristème apical est insensible aux signaux environnementaux. Grâce à une combinaison de modélisation et d'expérimentation chez Arabidopsis, Huang met en évidence une boucle de rétroaction négative qui atténue les signaux environnementaux.

Dans les publications de l'AoBC

Carrières

Remarque : il s’agit d’articles qui ont été annoncés sur le Web. Ce ne sont pas des articles que je propose personnellement, et je ne peux pas non plus vous obtenir de visa pour travailler à l'étranger.

Membre non exécutif du conseil d'administration du programme NGI, Norwich
Nous cherchons à nommer un membre indépendant pour notre Infrastructures de nouvelle génération (NGI) Comité de programme possédant une solide expérience en gestion du changement, notamment en matière d'investissements majeurs dans les infrastructures et de transformation des activités visant à optimiser les résultats. Une expérience récente au sein d'un conseil d'administration (exécutif ou non) ou d'un comité, ainsi qu'une expérience réussie de leadership dans un environnement académique, de recherche ou commercial, seraient un atout.

Bourse de doctorat : Dynamique et développement de l'oxygène racinaire, Nottingham
L'étudiant participera à un projet multidisciplinaire visant à étudier les facteurs anatomiques, physiques et cellulaires qui façonnent l'environnement interne des racines. Ce projet explorera comment l'organisation racinaire et les conditions environnementales interagissent pour influencer la disponibilité en oxygène, et comment ces conditions internes varient dans l'espace et le temps.

Responsable du projet « Plantes prioritaires » pour le Pays de Galles
Le/la titulaire du poste planifiera et mènera un projet triennal comprenant la planification des inventaires, la formation des botanistes aux méthodologies d'inventaire, l'organisation de formations et d'événements d'inventaire, la coordination, le soutien et la réalisation des inventaires, ainsi que la gestion quotidienne du projet et la production de rapports pour les financeurs. Il/elle apportera également son soutien aux bénévoles au Pays de Galles en facilitant d'autres formations (par exemple, en identification des plantes et en gestion des données) et en encourageant la planification de la relève des bénévoles, le développement de leurs compétences et le renforcement de leurs capacités.

Chercheur postdoctoral (Groupe Carella), Norwich
Une opportunité passionnante s'offre à un chercheur postdoctoral pour rejoindre le groupe Carella au John Innes Centre, travaillant sur des recherches scientifiques de pointe dans le domaine de l'Evo-MPMI (interactions moléculaires évolutives plantes-microbes).

Découverte des interactions effecteur-NLR (financé par l'URF), Londres
Ce projet de doctorat, financé par une bourse de recherche universitaire de la Royal Society (URF), vise à élucider les interactions entre les effecteurs pathogènes et les récepteurs immunitaires NLR (récepteurs à répétitions riches en leucine et à domaine de liaison aux nucléotides) chez les plantes. Cette recherche offre aux candidats une perspective stimulante pour développer leurs compétences au sein d'un environnement de recherche multidisciplinaire, alliant approches computationnelles et validation expérimentale. Le candidat retenu aura l'opportunité d'utiliser des techniques de pointe, notamment des outils de prédiction structurale, des criblages à haut débit et la caractérisation biochimique des complexes protéiques. Ce travail se déroulera dans un environnement de recherche dynamique et stimulant, avec un accès à des installations de pointe et à un réseau de collaborateurs internationaux.

Bioingénierie des récepteurs immunitaires NLR végétaux (projet financé par l'ERC), Londres
Ce projet de doctorat, financé par une bourse de démarrage du Conseil européen de la recherche (ERC), porte sur la bio-ingénierie des récepteurs immunitaires NLR (récepteurs à répétitions riches en leucine et à domaine de liaison aux nucléotides) chez les plantes, afin d'améliorer la résistance des cultures aux maladies. Cette recherche offre aux candidats une perspective stimulante pour développer leurs compétences au sein d'un environnement de recherche multidisciplinaire, en utilisant des technologies de pointe intégrant la biochimie des protéines et la biologie synthétique. Le candidat retenu aura l'opportunité de travailler avec des techniques avancées telles que l'assemblage de Gibson et le clonage Golden Gate pour l'ingénierie des récepteurs, la caractérisation fonctionnelle à haut débit des récepteurs immunitaires bio-ingénierés et l'édition du génome par CRISPR. Ce travail se déroulera dans un environnement de recherche dynamique et stimulant, avec un accès à des installations de pointe et à un réseau de collaborateurs internationaux.

Assistant de numérisation, Dublin
Nous recherchons un(e) assistant(e) de recherche motivé(e) et passionné(e) pour épauler le/la coordinateur(trice) de la numérisation de l'herbier et accélérer ainsi les efforts de numérisation au sein de l'herbier du Trinity College de Dublin. Le/la candidat(e) aura également la possibilité de présenter un projet personnel sur lequel il/elle travaillera une journée par semaine, en complément des activités de numérisation régulières. Ce projet peut prendre diverses formes (par exemple : un groupe de plantes spécifique, un collectionneur, un lieu, des ouvrages, etc.). Les candidat(e)s retenu(e)s devront inclure des idées de projets dans leur candidature.

Directeur chez MPI EvolBio, Plön
La recherche doit être fortement axée sur la biologie évolutive au sens large et compléter les vastes intérêts de l'Institut, qui comprennent notamment les bases mécanistiques des processus écologiques et évolutifs, l'évolution des organismes multicellulaires, l'évolution des interactions intra- et interspécifiques, les problématiques éco-évolutives et les interactions entre développement et évolution. Les principaux critères de sélection pour un poste de direction sont l'excellence scientifique et académique ainsi qu'un programme de recherche novateur et ambitieux, plutôt que l'ancienneté ou le nombre de publications.

Projet postdoctoral : Modélisation mathématique multi-échelle et multiphysique de la morphogenèse végétale, Allemagne
Dans le cadre de ce projet, le/la candidat(e) devra explorer divers problèmes fondamentaux et appliqués de modélisation mathématique de la morphogenèse végétale, en s'appuyant sur ces approches. Selon ses préférences et ses aptitudes, ce travail pourra comporter davantage d'aspects numériques ou analytiques.

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in (m/w/d) für das Fachgebiet Geographie mit dem Forschungsschwerpunkt Dendrochronologie, Giessen
Die Stelle ist gemäß § 2 WissZeitVG et § 72 HessHG mit Gelegenheit zur eigenen wissenschaftlichen Qualifizierung befristet für die Dauer von 2 Jahren an der Professur für Klima-Umwelt-MenschBeziehungen, Institut für Geographie am Fachbereich Mathematik und Informatik, Physique, Géographie zu besetzen. Bei Vorliegen der tariflichen Voraussetzungen erfolgt die Vergütung nach Entgeltgruppe 13 TV-H.

Poste de doctorat : compromis entre croissance et résilience chez les plantes, Groningen
Ce projet de doctorat analysera comment les différentes composantes de l'inactivité (division cellulaire, expansion cellulaire, dépôt de sucres dans les parois cellulaires, coûts de maintenance) sont régulées par la combinaison complexe de signaux liés aux ressources, à la croissance et au stress. À cette fin, le projet pourra exploiter les comportements contrastés des espèces modèles. Arabidopsis thaliana, qui est incapable de rester inactif lorsqu'il est inondé, avec le lien étroit Rorippa sylvestreCe projet explore la hiérarchie entre les signaux de ressources, de croissance et de stress qui contrôlent l'arrêt de la croissance, construit des réseaux de régulation à l'aide de technologies à l'échelle du génome et, enfin, teste et valide des hypothèses grâce aux technologies génétiques.

Doctorant en écologie et évolution, Stockholm
Ce projet de doctorat porte sur l'écologie et l'évolution des maladies des plantes et des organismes qui s'en nourrissent (les hyperparasites, parasites d'un parasite). Nous étudierons plus particulièrement les insectes et les champignons. Ce projet conviendrait donc à toute personne passionnée par les agents pathogènes des plantes, les insectes, l'écologie des réseaux trophiques, les interactions entre espèces et la dynamique éco-évolutive. Il n'est pas nécessaire que les candidats maîtrisent déjà tous ces domaines avant de commencer le doctorat, mais une forte motivation à les explorer est indispensable.

Doctorant en biologie des lichens, Stockholm
Un poste de doctorant est à pourvoir au sein du laboratoire de Gulnara Tagirdzhanova. Le projet porte sur la biologie de la symbiose lichénique. Les lichens, archétype de la symbiose fongique-algale, constituent une exception majeure à notre conception de l'individualité. Bien qu'ils ressemblent à un organisme unique, les lichens sont composés de multiples lignées de micro-organismes non apparentées : champignons, algues unicellulaires et bactéries. Isolés, ces organismes peuvent être considérés comme des micro-organismes. Au sein d'un lichen, cependant, les symbiotes coordonnent leur croissance, aboutissant à une organisation corporelle cohérente avec de multiples types de tissus et des structures conservées. Les mécanismes sous-jacents à ces interactions microbiennes restent encore largement méconnus.

Postdoctorat (2 ans) en génomique végétale avec spécialisation en éléments transposables, Umeå
Con-TEki étudie le rôle des éléments transposables (ET) comme moteurs d'innovation régulatrice chez les conifères (épicéa commun et pin sylvestre), en comparant les résultats avec ceux obtenus chez une angiosperme (peuplier faux-tremble). Le projet combine le profilage génomique, épigénomique et 3D de la chromatine (ATAC-Seq, easySHARE-Seq, ChIP-Seq, Micro-C/Hi-C, BS-Seq/EM-Seq), des analyses d'enhancers à haut débit (ATAC-STARR-seq) et des analyses comparatives, bayésiennes et d'apprentissage profond, avec une validation fonctionnelle chez l'épicéa par CRISPR-Cas9 et administration de nanoparticules.

Post-doctorat (3 ans) portant sur les communautés végétales de montagne et les processus écosystémiques dans le cadre d'une expérience menée à l'échelle mondiale, Umeå
Le/la chercheur(euse) postdoctoral(e), en collaboration avec les responsables du projet et les collaborateurs locaux, définira une série de mesures à réaliser sur les parcelles expérimentales WaRM réparties dans les huit pays. Ces mesures permettront de mieux comprendre comment les propriétés des communautés et des écosystèmes, ainsi que les liens entre les milieux aériens et souterrains, sont affectés par les trois facteurs et leurs interactions, et si ces impacts se manifestent de manière similaire ou différente dans les montagnes du monde entier. Le/la chercheur(euse) postdoctoral(e) coordonnera ces mesures et les prélèvements nécessaires sur les huit sites, et se rendra sur la plupart d'entre eux pour superviser ces activités. Il/elle dirigera également l'analyse des données recueillies et la rédaction d'articles destinés à des revues scientifiques de référence. Cette recherche bénéficiera d'un financement généreux grâce à une bourse de cinq ans du programme Wallenberg Scholars.