j'ai visité Le visage de BiFOR Expérience de cette semaine. Il s'agit d'une petite forêt avec des tours qui libèrent du dioxyde de carbone autour des arbres, de sorte que la concentration locale est supérieure de 150 ppm à la normale. Cela signifie qu'il n'est pas nécessaire d'attendre la fin du siècle pour observer la réaction des arbres à des niveaux plus élevés de dioxyde de carbone. Je pense qu'il me sera utile de comprendre comment les données sont générées pour certains articles publiés dans BiFOR.

J'ai notamment pu observer des jacinthes des bois. Normalement, la floraison des jacinthes des bois se poursuit vers le nord du Royaume-Uni, mais grâce au dioxyde de carbone supplémentaire, je les ai vues ici avant qu'elles ne soient plus au sud.

Je ne sais pas si j'aurai quelque chose à écrire immédiatement sur BiFOR cette semaine, mais il y aura un autre e-mail des articles que vous partagez sur Mastodonte, Bluesky, et Twitter. En attendant la prochaine fois, prenez soin de vous.

Alun (webmaster@botany.one)

Sur Botany One

Les colibris en ville : comment la vie urbaine façonne leur rôle de pollinisateurs
Une étude récente montre que les villes transforment le comportement des colibris, favorisant les interactions généralistes avec les plantes et modifiant la structure des réseaux plantes-pollinisateurs.

Adriana Corrales : Les plantes ne sont pas seules
Botany One interviewe le Dr Adriana Corrales, une chercheuse fascinée par les relations complexes entre les plantes et les champignons.

Actualités et Opinions

Les associations mycorhiziennes des arbres régulent les relations entre les communautés végétales et microbiennes et les stocks de carbone organique du sol à l'échelle locale dans une forêt tempérée
Zhang et al. ont profité d'une parcelle de dynamique forestière de 25 ha dans une forêt tempérée vieille de 300 ans pour déterminer les contributions relatives des plantes, de leurs associations mycorhiziennes et des communautés de décomposeurs aux stocks de SOC, tout en tenant compte de l'influence bien établie des conditions environnementales locales sur les stocks de SOC.

La purge « climatique » de Trump a supprimé un nouvel outil de gestion des risques météorologiques extrêmes. Nous l'avons recréé.
Le Guardian a recréé un outil de recherche sur les risques climatiques futurs développé par la Fema, mais ensuite supprimé.

L'ASPB appelle au soutien du NPGS
L'ASPB et 93 autres organisations ont récemment adressé une lettre aux responsables du ministère de l'Agriculture des États-Unis (USDA) pour soutenir le National Plant Germplasm System (NPGS), un programme géré par le Service de recherche agricole (ARS) de l'USDA et axé sur la conservation et la diffusion des ressources phytogénétiques. Le NGPS conserve une collection diversifiée de matériel génétique végétal, notamment de cultures, de fruits, de légumes, de cultures industrielles, etc.

Gigante : Révéler ce qui tue les plus grands arbres du monde
Enquêter sur quand, où et pourquoi les arbres tropicaux géants meurent, pour mieux gérer les forêts et le budget carbone mondial.

Les esprits les plus brillants d'Amérique s'en iront
L'Amérique risque de perdre une génération de scientifiques. Face aux coupes sombres opérées par l'administration Trump dans le financement fédéral de la recherche, les opportunités d'emploi pour les jeunes scientifiques sont supprimées, les postes postdoctoraux supprimés et les bourses supprimées, les laboratoires peinant à financer de nouveaux chercheurs. Alors que d'innombrables projets scientifiques sont à l'arrêt, les chercheurs les plus touchés sont ceux qui débutent leur carrière.

Les « freakosystems » de cette île hawaïenne sont un avertissement du futur
Des écosystèmes inédits sont créés accidentellement par l'homme. Ils offrent un aperçu saisissant de la nature de demain.

La diversité sombre révèle l'appauvrissement mondial de la végétation naturelle 
Une étude de la nature montre que le potentiel d’occurrence des espèces végétales est significativement plus élevé.

La coupe à blanc des forêts diminue le carbone organique du sol pendant des décennies
Selon une étude majeure menée dans les pays nordiques et au Canada, la teneur en carbone du sol diminue pendant une période pouvant aller jusqu’à 30 ans après une coupe à blanc dans les zones forestières.

Une lettre ouverte aux étudiants diplômés et autres procrastinateurs : il est temps d'écrire ($)
Permettez-moi de commencer par une dure vérité. En tant que scientifiques, l'écriture est notre activité principale. On pourrait même dire que c'est la seule chose qui compte. C'est l'activité singulière à laquelle vous participez, en tant que jeune scientifique, qui augmentera votre salaire. Vous vous êtes peut-être senti protégé de cette vérité pendant un temps, mais cette situation est intenable à long terme.
Lire gratuitement via ReadCube : https://rdcu.be/egy4Q

Articles scientifiques

Une kinase tandem du blé active un NLR pour déclencher l'immunité ($)
L'immunité des plantes repose en grande partie sur les protéines intracellulaires à répétition riche en leucine (NLR) se liant aux nucléotides, qui peuvent agir comme récepteurs ou comme transducteurs de signaux pour faciliter la résistance aux maladies. Chez le blé et l'orge, une autre classe de gènes, les kinases tandem, contribue également à la résistance aux maladies. Chen et al. ont découvert un effecteur pathogène qui déclenche l'action de la kinase tandem Sr62 du blé. Ils démontrent que cet effecteur interagit avec le domaine kinase actif de Sr62, permettant à un domaine pseudokinase d'activer la NLR correspondante.

La dérégulation de la voie de signalisation du jasmonate entraîne une altération de l'interaction du microbiote végétal et des réponses des plantes au stress (GRATUIT)
La plante modèle Arabidopsis thaliana abrite diverses communautés microbiennes, collectivement appelées microbiote. Ce microbiote végétal est généralement structuré taxonomiquement. Certains de ses membres peuvent favoriser la santé des plantes, notamment leur croissance et leur tolérance au stress. Cependant, un déséquilibre microbien peut également entraîner des effets délétères, un phénomène appelé dysbiose, initialement défini dans le domaine du microbiome intestinal. Afin de dévoiler le mécanisme de régulation permettant de maintenir l'interaction homéostatique des plantes avec le microbiote, Lu et al. ont réalisé un criblage à l'aide de communautés bactériennes synthétiques définies. Ils ont identifié un mutant d'Arabidopsis présentant des profils microbiens altérés, une augmentation globale de la charge microbienne et des anomalies de croissance liées au microbiote.

Les effecteurs conservés soutiennent la virulence des Pseudomonas isolés de l'hépatique dans les plantes divergentes (GRATUIT)
Les espèces de Pseudomonas phytopathogènes s'attaquent naturellement à un large éventail de plantes à fleurs. Bien que des recherches récentes démontrent que des isolats appartenant au complexe d'espèces P. syringae colonisent divers hôtes, la mesure dans laquelle ces bactéries infectent naturellement des plantes non à fleurs comme l'hépatique modèle Marchantia polymorpha reste incertaine. Robinson et al. identifient des associations naturelles entre Pseudomonas viridiflava et l'hépatique Marchantia polymorpha.

Quantification de la biologie végétale avec des biocapteurs fluorescents ($)
La biologie végétale connaît une révolution omique spatiale, mais ces approches se limitent à des instantanés de l'état d'une plante. Les biocapteurs fluorescents directs, génétiquement codés, complètent ces approches omiques, offrant aux chercheurs des outils pour évaluer les molécules énergétiques, métaboliques et de signalisation à de multiples échelles, de la dynamique subcellulaire rapide aux schémas organiques des plantes vivantes. Cette revue se concentre sur la manière dont les biocapteurs éclairent la biologie végétale à ces échelles et sur les découvertes majeures auxquelles ils ont contribué.

L'appauvrissement global de la végétation naturelle révélé par la diversité sombre (GRATUIT)
Pärtel et al. montrent que la diversité végétale locale est globalement inversement corrélée au niveau d'activité anthropique dans la région environnante. L'appauvrissement de la végétation naturelle n'était manifeste que lorsqu'on considérait la complétude de la communauté : la proportion de toutes les espèces adaptées à la région présentes sur un site donné.

Pseudomonas syringae les sous-populations coopèrent en coordonnant la dynamique spatio-temporelle des sécrétions flagellaires et de type III pour faciliter l'infection des plantes (GRATUIT)
Les populations bactériennes isogéniques peuvent présenter une variation probabiliste intercellulaire en réponse aux infections. Cette hétérogénéité phénotypique peut affecter la virulence chez les animaux, mais son impact sur les agents pathogènes des plantes est inconnu. Auparavant, López-Pagán et al. ont montré que l'expression du système de sécrétion de type III (T3SS) du phytopathogène Pseudomonas syringae présente une variation phénotypique in planta. Ils utilisent ici la cytométrie de flux et la microscopie pour étudier l'expression flagellaire unicellulaire en relation avec l'expression du T3SS, montrant que les deux systèmes subissent une hétérogénéité phénotypique in vitro dans un milieu mimant l'apoplaste et au sein de microcolonies apoplastiques tout au long de la colonisation de Phaseolus vulgaris.

Les génomes de l'hépatique feuillue éclairent l'évolution de la symbiose éricoïde (GRATUIT)
Castanedo et al. ont séquencé les génomes nucléaires de deux hépatiques feuillées de la famille des Jungermanniales et reconstitué l'ErM en conditions de laboratoire. Ils ont démontré l'existence d'un état symbiotique régulé par les nutriments qui permet l'ErM et sous-tend la colonisation intracellulaire des tissus végétaux.

Un espace pour le temps. Exploration de la régulation temporelle du développement des plantes à différentes échelles spatiales (GRATUIT)
Les plantes subissent des changements constants au cours de leur cycle de vie, subissant des transitions de phase spectaculaires modifiant leur forme et régulant l'attribution et la progression du destin cellulaire. Le calendrier relatif des événements développementaux est étroitement contrôlé et implique l'intégration de signaux et d'acteurs environnementaux, spatiaux et liés à l'âge relatif. Si les transitions de phase des plantes ont été largement étudiées et que nombre de leurs régulateurs ont été décrits, la régulation temporelle à une échelle plus petite, celle des cellules, est moins connue. À partir d'exemples tirés de systèmes végétaux et animaux, Sasidharan et al. décrivent les changements dépendants du temps.

Métabolisme végétal non canonique ($)
Le métabolisme est essentiel à la croissance des plantes et est devenu un objectif majeur de l'amélioration des cultures, car il optimise l'utilisation des nutriments. L'ingénierie métabolique est également à la base de la production de produits végétaux à haute valeur ajoutée, tels que les produits pharmaceutiques, les biocarburants et les produits biochimiques industriels. Un problème inhérent à ces travaux d'ingénierie est la tendance à considérer le métabolisme comme une série de voies métaboliques distinctes : la glycolyse, le cycle de l'acide tricarboxylique, le cycle de Calvin-Benson, etc. Bien que ces voies canoniques puissent représenter un mode de flux dominant ou fréquent, des analyses systématiques du métabolisme par modélisation informatique ont mis en évidence la flexibilité inhérente du réseau métabolique à supporter des distributions de flux distinctes des voies canoniques. De récentes estimations expérimentales des flux du réseau métabolique, utilisant des approches de marquage au 13C, ont révélé de nombreux cas où des voies non canoniques se produisent dans différentes conditions et dans différents tissus. Sweetlove et al. mettent en évidence ces voies non canoniques, en résumant les preuves de leur occurrence et le contexte dans lequel elles opèrent.
Lire gratuitement via ReadCube : https://rdcu.be/egCbF

Un système gnotobiotique révèle des rôles effecteurs multifonctionnels dans la dynamique des agents pathogènes plantes-champignons (GRATUIT)
Les plantes abritent un microbiote diversifié qui influence les processus physiologiques et peut renforcer la résilience face aux agents pathogènes envahissants. Ces derniers, à leur tour, ont développé des protéines effectrices pour manipuler le microbiote de l'hôte en leur faveur. Cependant, la complexité des communautés microbiennes et de leurs interactions complique la recherche mécaniste sur les processus régissant l'assemblage et le fonctionnement du microbiote. Les systèmes gnotobiotiques sont des outils précieux pour étudier le microbiote végétal, car ils simplifient la tâche et permettent des expériences de reconstitution contrôlée du microbiote. Malgré leur utilité, aucun système gnotobiotique n'a été mis au point pour étudier le rôle des protéines effectrices antimicrobiennes dans les interactions entre les plantes, leur microbiote et les agents pathogènes fongiques. Punt et al. présentent un système gnotobiotique perfectionné conçu pour étudier ces interactions, établissant des protocoles d'infection par le champignon pathogène Verticillium dahliae sur plusieurs plantes hôtes en conditions stériles.

Dans les publications de l'AoBC

Carrières

Remarque : il s’agit d’articles qui ont été annoncés sur le Web. Ce ne sont pas des articles que je propose personnellement, et je ne peux pas non plus vous obtenir de visa pour travailler à l'étranger.

Technicien (horticulture), Essex
Travailler en étroite collaboration avec les collègues pour soutenir la fourniture technique et l'exploitation des installations de recherche génétiquement modifiées de l'École, en particulier pour les groupes de recherche du pôle Productivité végétale. Mettre à profit les compétences et l'expertise spécialisées pour soutenir l'École des sciences de la vie dans sa mission d'excellence en matière d'enseignement et de recherche.

Chargé de recherche sur les relations plantes-eau des arbres tropicaux, Leeds
Ce poste sera basé sur le campus universitaire (avec des travaux de terrain au Brésil), et pourra être réalisé de manière hybride. Nous sommes également ouverts à la discussion sur des modalités de travail flexibles. Nous recherchons un écophysiologiste des plantes tropicales pour intégrer l'équipe de projet d'une nouvelle expérience sur la sécheresse forestière dans le sud de l'Amazonie, visant à évaluer les limites de survie des arbres de la forêt tropicale en cas de sécheresse intense.

Ingénieur(e) H/F en analyse de données génomiques des organismes photosynthétiques, Paris
La personne recrutée apportera un soutien technique et conceptuel pour les projets bioinformatiques de l'équipe d'accueil. Il/elle mettra en application des pipelines d'analyses de données génomiques générées au laboratoire en utilisant les méthodes les plus récentes (www.pnds-lab.eu). Il/elle proposera et développera également des stratégies originales permettant des analyses bio-informatiques ciblées et adaptées aux questions biologiques du projet GODESS (Orchestration des génomes par le ppGpp lors de l'émergence des plantules du sol).

Motifs de paroi cellulaire secondaire dans les fruits explosifs, Postdoc, Cologne
Les parois cellulaires secondaires constituent la biomasse la plus abondante produite par les plantes et constituent un important puits mondial de carbone atmosphérique. Elles s'organisent en motifs divers et très ordonnés, selon la fonction cellulaire. Les gousses explosives contiennent des cellules dotées de parois cellulaires secondaires caractéristiques, localisées de manière polaire, qui sous-tendent le mécanisme de dispersion explosive des graines chez Cardamine hirsuta, une espèce apparentée à Arabidopsis. Ce projet vise à déterminer si les interactions entre les protéines de la membrane plasmique et les microtubules corticaux sont impliquées dans la formation du motif distinctif de la paroi cellulaire secondaire observé dans les fruits de C. hirsuta.

Doctorant (h/f/d) en paléobotanique, Francfort
Dans le cadre du projet Emmy Noether «Signal spatial et biais dans les archives fossiles des plantes à graines à la fin du Mésozoïque» dirigé par le Dr Mario Coiro, nous embauchons un doctorant (h/f/d) pour un contrat à durée déterminée de 30 mois avec possibilité de prolongation de 6 mois.

Poste de doctorat en génomique végétale, Bonn
Le groupe de génomique fonctionnelle des cultures de Frank Hochholdinger à l'Université de Bonn propose un POSTE DE DOCTORAT EN GÉNOMIQUE VÉGÉTALE (trois ans, 65% TV-L E13).
L'objectif de ce projet financé par le DFG est de comprendre les bases génétiques et moléculaires de la modulation systémique de l'architecture du système racinaire du maïs (Zea mays L.) par les racines séminales pour mieux s'adapter à la sécheresse.

Doctorant en écologie et évolution, Stockholm
Le Département d'écologie, d'environnement et de sciences végétales invite les candidatures pour un poste de doctorat de quatre ans dans le cadre du projet « Exploiter les transitions évolutives, l'apprentissage automatique et la génomique pour décoder l'évolution du pollen et démêler les mécanismes de sélection sexuelle partagés entre les règnes » dirigé par le professeur Tanja Slotte en étroite collaboration avec les co-chercheurs le professeur John Fitzpatrick, le professeur Catarina Rydin et le Dr Allison Hsiang de l'Université de Stockholm.

Chercheur postdoctoral Découverte et production de métabolites bioactifs, Gand
Le groupe du métabolisme spécialisé, dirigé par le professeur Alain Goossens au Centre VIB-UGent de biologie des systèmes végétaux, et le groupe de recherche en ingénierie métabolique, dirigé par le professeur Marjan De Mey au Centre de biologie synthétiqueSitué à la Faculté de bioingénierie de l'Université de Gand, le laboratoire Goossens recherche un chercheur postdoctoral junior dans le cadre d'un projet collaboratif. Le laboratoire Goossens se concentre sur la caractérisation des réseaux de signalisation végétale qui pilotent le métabolisme spécialisé des plantes au sein de programmes de fitness étroitement régulés, notamment ceux modulés par les hormones du stress.

Professeur adjoint, Sciences transdisciplinaires des feux de forêt, Colombie-Britannique
Le feu est un processus socio-écologique essentiel, mais les feux de forêt contemporains sont l'aboutissement de relations altérées entre l'homme, la forêt et les feux de forêt, exacerbées par les changements climatiques anthropiques. Le Centre pour la coexistence avec les feux de forêt de l'UBC a été créé pour contribuer à l'élaboration de nouvelles approches permettant à la société de s'adapter et de coexister avec les feux de forêt. Nous recherchons un chercheur émergent exceptionnel pour diriger des recherches de calibre mondial en sciences transdisciplinaires des feux de forêt, avec une expertise combinant les sciences sociales et naturelles, et se concentrant sur certains des domaines d'étude suivants : les avantages écologiques et socioculturels du feu, les brûlages dirigés et les brûlages culturels, la gestion des feux par les Autochtones, la restauration écoculturelle, les effets et le rétablissement des feux de forêt, la résilience des écosystèmes et des communautés, les applications aux politiques et aux pratiques, ou des domaines connexes.

Poste postdoctoral en écologie des populations végétales, Caroline du Nord
Le laboratoire d'écologie évolutive des plantes Sheth, du département de biologie végétale et microbienne de l'Université d'État de Caroline du Nord (Raleigh, Caroline du Nord, États-Unis), et le laboratoire Angert, des départements de botanique et de zoologie de l'Université de la Colombie-Britannique (Vancouver, Colombie-Britannique, Canada), recherchent actuellement un(e) postdoctorant(e) motivé(e) pour participer à une étude financée par la NSF sur la démographie de la plante riveraine, la sycomore écarlate, à l'échelle de son aire de répartition. Ce projet vise à comprendre comment la dynamique des populations végétales varie selon les gradients latitudinaux et altitudinaux ; comment les populations se rétablissent après des événements climatiques extrêmes ; et comment une évolution rapide accroît la persistance des populations face aux changements climatiques.

Chercheur postdoctoral – Épigénétique et destin cellulaire des plantes, New York
Le laboratoire Kim du département de biologie de l'université de Syracuse recherche un chercheur postdoctoral curieux et créatif pour rejoindre son équipe. Nous étudions comment les états épigénétiques et génétiques influencent les décisions relatives au destin cellulaire, permettant aux plantes de s'adapter à des environnements changeants. Nos recherches explorent la reprogrammation du destin cellulaire en réponse à des signaux intrinsèques et extrinsèques, en se concentrant sur son rôle dans le développement des plantes et l'adaptation au stress.

Chercheur postdoctoral – Fixation symbiotique de l'azote, Dakota du Nord
Le Département des sciences végétales de l'Université d'État du Dakota du Nord recherche un chercheur postdoctoral pour travailler au sein du programme de sélection et de génétique du soja. Le projet de recherche portera sur l'amélioration génétique de la fixation symbiotique de l'azote (SNF) grâce à l'utilisation d'outils nouveaux et modernes pour identifier et sélectionner les combinaisons optimales à partir des génotypes de soja.