L'ambiance est pesante cette semaine. Deux des témoignages les plus partagés concernaient la disparition de botanistes pendant les vacances de Pâques : Lea Richardson aux États-Unis et Philippa Borrill au Royaume-Uni. Il est difficile de trouver les mots justes dans de telles circonstances. Je trouve que l'article de Jeremy Yoder en hommage à Lea Richardson est poignant, simplement en exposant les faits.
J'ai du travail d'écriture cette semaine. Nous prévoyons d'ajouter progressivement un glossaire au site. C'est typiquement le genre de chose qui devrait paraître absurde à l'ère de l'IA. Google analyse des millions de sites web et synthétise les résultats, vous dispensant ainsi de consulter les sources originales. Si tout fonctionne correctement, nos efforts seront donc absorbés, remaniés et redistribués sans même que nous nous en apercevions. Cependant, un autre article paru cette semaine laisse penser que tout ne va pas pour le mieux. Google excelle à éloigner les utilisateurs des sources d'information, mais peine à les fournir lui-même. Je ne compte pas dévoiler le glossaire la semaine prochaine, mais je souhaite en poser les bases.
Il y aura un autre numéro de La semaine en botanique, avec ce que vous partagez sur Mastodonte et Bluesky Chaque semaine à l'heure habituelle. D'ici là, prenez soin de vous.
Alun (webmaster@botany.one)
Sur Botany One
Ça sent la ville verte ?
Des scientifiques révèlent que le mélange de senteurs végétales et de pollution dans les parcs urbains varie selon l'emplacement et la météo, influençant discrètement les bienfaits d'une simple promenade en plein air.
Adriana Romero-Olivares : « Les champignons sont à la fois charismatiques et mystérieux »
Botany One interviewe la docteure Adriana Romero-Olivares, fascinée par les champignons et leur rôle clé dans le fonctionnement des écosystèmes.
Ce qu'il faut pour que l'Europe regarde les fleurs
Une recherche menée à l'échelle européenne sur Primula veris a montré que le succès des sciences participatives dépend non seulement de la technologie, mais aussi de la culture, de la langue et des connaissances locales.
Les feuilles des conifères anticipent leur avenir ombragé
Les aiguilles densément serrées le long des pousses des conifères à feuilles persistantes présentent des caractéristiques photosynthétiques adaptées à l'ombre, même en plein soleil.
- L'endroit le plus sûr dans les Pyrénées est une falaise.
- Le message sur les espèces envahissantes qui ne trouve pas son public
Cette semaine, le Jardin Sudoku commémore le centenaire de la mort de Luther Burbank. Chasse aux plantes nous emmène à la découverte de la flore crétoise. La plante de la semaine est… Bombax ceiba, le kapokier rouge d'Asie du Sud-Est..
Il y a eu aussi celui de la semaine dernière Semaine en botanique, avec les étranges histoires d'amour des fleurs, comment la guérison peut être néfaste, le lien entre les plantes et les humains, et bien plus encore.
Actualités et Opinions
Depuis plus d'un an, le laboratoire Yoder est orphelin. En mars dernier, la chercheuse postdoctorale Lea Richardson a été hospitalisée pour des symptômes neurologiques qui se sont rapidement révélés être la conséquence d'un mélanome métastatique.
Le laboratoire Yoder à CSUNC’est avec une immense tristesse que nous vous annonçons le décès de notre collègue et amie, la professeure Philippa Borrill, survenu durant le week-end de Pâques des suites d’une maladie rare du système immunitaire (HLH). Scientifique, collaboratrice et mentor exceptionnelle, elle était également une amie précieuse pour beaucoup.
Centre John InnesLes universités britanniques dépendent des frais de scolarité complets payés par les candidats étrangers, ce qui a engendré des pratiques de recrutement douteuses et a plongé de nombreux candidats et leurs familles dans un lourd endettement.
The GuardianLes plantes qui poussent au sol constituent une part importante de la biodiversité forestière, mais nous en savons encore étonnamment peu sur les raisons pour lesquelles certaines forêts abritent plus d'espèces végétales de sous-bois que d'autres.
Écologie fonctionnelle : résumés en langage clairRegina Baucom s'entretient avec Judith Mank, actuellement rédactrice en chef d'Evolution Letters, au sujet du rôle croissant de l'IA et des grands modèles de langage dans l'édition scientifique.
Le projet de restauration du verger de Montezuma joue un rôle clé dans une recherche de dix ans pour la pomme Walbridge.
Une nouvelle analyse commandée par le New York Times suggère que les aperçus de l'IA de Google sont erronés dans un pourcentage étonnant de cas.
futurismeLes plateformes de sciences participatives, comme iNaturalist, sont à l'origine de découvertes majeures et deviennent essentielles au travail des scientifiques.
Le Conseil mondial des plantesLes membres de l'ASPB jouent un rôle essentiel dans le progrès de la biologie végétale et l'élaboration des politiques fédérales. Nous vous encourageons vivement à contacter vos représentants au Congrès et à leur demander de soutenir et de coparrainer la loi NSF BIO sur la biologie végétale.
Vous avez quitté votre pays pour faire votre doctorat. Vous apprenez une nouvelle langue, vous vous familiarisez avec un système universitaire complexe et vous vivez loin de votre famille et de vos amis. Après six mois d'échecs, votre expérience de douze heures fonctionne enfin, mais vous êtes seul(e) pour partager votre joie.
Le propriétaire d'une ferme du sud-est de l'Australie-Méridionale a été reconnu coupable et condamné à une amende pour avoir défriché 112 hectares de broussailles, mais la sanction est bien inférieure aux 2.2 millions de dollars qu'il aurait dû payer pour obtenir un permis pour ces travaux.
Cette semaine en botanique
Il y a 5 ans : Comment les plantes feront-elles face à moins de pollinisateurs ?
Il y a 10 ans : L'interdépendance des études de plantes
Il y a 15 ans : Isolement reproductif et mycorhizes chez Orchis
Articles scientifiques
"Les plantes sont dépourvues de cellules immunitaires spécialisées et s'appuient sur des réponses cellulaires coordonnées pour limiter l'invasion des pathogènes tout en préservant l'intégrité de leurs tissus. La manière dont l'immunité végétale organise spatialement ces réponses reste encore mal comprise. À l'aide de cellules rapportrices vivantes chez Arabidopsis infectée par Pseudomonas syringae, nous montrons que l'immunité déclenchée par les effecteurs, se superposant à l'immunité déclenchée par les motifs infectieux, établit une architecture immunitaire soutenue mais spatialement circonscrite au front d'infection. »
"Cette revue explore le potentiel d'une approche intégrée et multidisciplinaire (omiques) pour comprendre comment les plantes s'adaptent et tolèrent les températures extrêmes. En tirant parti des méthodes omiques de pointe, telles que la génomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique, la miRNAomique, l'épigénomique, la phénomique et l'ionomique, combinées à la puissance de l'apprentissage automatique et des données de sélection accélérée, nous pouvons révolutionner les pratiques d'amélioration des plantes. »
"À partir de données recueillies pendant près de 40 ans sur des communautés végétales naturelles issues de trois sites de recherche écologique à long terme, nous avons constaté que si la richesse spécifique est importante pour la résistance aux épisodes de sécheresse extrême, la dominance est importante pour la résistance aux épisodes d'humidité extrême et l'équitabilité est importante pour la résilience en conditions ambiantes (sans fertilisation). De plus, l'apport de nutriments modifie indirectement la résistance et la résilience en réduisant la richesse spécifique et en augmentant la dominance. »
Une protéase d'agrumes sécrétée clive une protéine de la membrane externe du pathogène Huanglongbing 🆓
"Les plantes sécrètent diverses protéases en guise de défense lors d'infections par des agents pathogènes microbiens. Cependant, la relation entre leurs activités catalytiques et leurs fonctions antimicrobiennes demeure largement méconnue. En particulier, peu de substrats biologiquement pertinents de ces protéases ont été identifiés. Le Huanglongbing (HLB) représente une menace majeure pour l'industrie des agrumes à l'échelle mondiale. Il a été précédemment démontré que la bactérie associée au HLB, « Candidatus Liberibacter asiaticus » (Las), utilise un inhibiteur des protéases à cystéine de type papaïne (PLCP) pour favoriser la maladie chez les agrumes. Dans cette étude, nous avons identifié une protéine membranaire externe (OMP) de Las, LasOMP1, comme substrat de la PLCP des agrumes Cs RD21a. »
"via @somssich.bsky.social "#PlantScienceClassics #21 : Milieu MS. En 1962, Toshio Murashige et Folke Skoog ont publié leur milieu de culture de tissus végétaux révisé @pplplantarum.bsky.social, sans doute l'article le plus cité de tous les temps en #PlantScience." »
"Les champignons ectomycorhiziens (CEM) produisent des mycéliums d'extension et de complexité variables, classables selon les « types d'exploration » (TE) du sol. Les TE constituent l'un des rares cadres d'analyse des caractéristiques mycorhiziennes, mais l'absence d'une classification empirique de leur diversité fonctionnelle et de leurs préférences environnementales rend difficile la compréhension et l'interprétation des schémas biogéographiques des CEM. Nous avons réalisé une synthèse combinant : la génomique comparative des CEM pour décrire la divergence fonctionnelle des gènes de décomposition et de cycle des nutriments selon les TE ; et la modélisation de la distribution des caractéristiques des CEM à travers l'Europe continentale, en associant des relevés de CEM dans les sols et les racines afin d'établir des profils de niche biogéographiques des TE. »
"Les orchidées présentent de nombreuses stratégies de pollinisation, allant de mutualismes très spécifiques à l'espèce avec des insectes à la pollinisation par tromperie, y compris la tromperie sexuelle. Cette famille compte également le plus grand nombre d'espèces parasites sans feuilles (mycohétérotrophes) de toutes les familles de plantes. L'occurrence simultanée de deux types de tromperie chez des individus d'une même espèce était jusqu'à présent considérée comme hautement improbable. Nous avons étudié ce phénomène. Corallorhiza striata sur le terrain, en documentant le comportement des pollinisateurs sur les plantes. »
"Nous présentons ici LipoTag, un motif chimique minimal qui, par conjugaison chimique, transforme les fluorophores hydrophobes en sondes hydrosolubles ciblées sur les membranes, capables de pénétrer les parois cellulaires végétales pour atteindre leur emplacement prévu. »
"Les plantes vasculaires et les métazoaires utilisent la protéolyse sélective pour contrôler leurs réponses à l'hypoxie, bien que par des mécanismes biochimiques distincts. Cette divergence est surprenante, car les composants moléculaires nécessaires aux deux stratégies sont conservés. Afin d'explorer l'hypothèse alternative selon laquelle les plantes et les animaux répondraient à l'hypoxie par les mêmes mécanismes, nous avons conçu un système à trois composants visant à cibler les protéines pour leur dégradation en fonction de l'oxygène. chez Arabidopsis thaliana. »
"Les poussières minérales atmosphériques constituent une source essentielle de nutriments pour les écosystèmes marins, mais leur rôle dans la nutrition des plantes terrestres reste peu étudié, car on suppose généralement que les nutriments sont absorbés uniquement par les racines à partir des sols. Nous démontrons ici que les plantes absorbent directement les nutriments contenus dans les poussières par leurs feuilles, révélant ainsi une voie d'absorption terrestre jusqu'alors inconnue. Lors d'une étude de terrain menée en Méditerranée, simulant des épisodes de poussières, l'application de poussières a considérablement augmenté les concentrations de macro et micronutriments dans les plantes. Ce phénomène est favorisé par le microenvironnement foliaire légèrement acide et riche en acides organiques, qui stimule la dissolution des poussières et la libération des nutriments. »
"Les génomes eucaryotes abritent de nombreuses formes de variation, notamment la diversité nucléotidique et les polymorphismes structuraux, qui subissent la sélection naturelle et contribuent à l'évolution du génome et à la biodiversité. Exploiter cette variation pour l'agriculture repose sur notre capacité à détecter, quantifier, cataloguer et déployer la diversité génétique. Ici, nous explorons sept génomes complets de la centella asiatica, une culture émergente pour la production de biocarburants (thlaspi arvense) tirés de la diversité génétique actuelle de l'espèce afin de cataloguer les variations de la structure et du contenu du génome. »
Dans les publications de l'AoBC
- Dévoiler la diversité génétique et l'ascendance de rasage des crucifères Les mauvaises herbes en Argentine : preuves d'adaptation locale et de stérilisation 🆓
- Un cadre phylogénétique global pour Diospyros L. (Ebenaceae, Ericales) : amélioration de la couverture des taxons et des échantillons grâce au NGS, au séquençage Sanger et à l’herbiomique 🆓
- Exploiter les modèles de protection des cultures pour l'aide à la décision : infrastructure web et intégration 🆓
- Les aiguilles densément serrées le long des pousses des conifères à feuilles persistantes présentent des caractéristiques photosynthétiques adaptées à l'ombre, même en plein soleil. 🆓
- Variabilité intraspécifique de la masse des graines, de la germination et de la croissance des plantules dans l'espèce endémique restreinte Iberodes littoralis subsp. gallaecica 🆓
Carrières
Nous recrutons actuellement les candidats aux postes de chercheur postdoctoral (PDRA) suivants pour mener des recherches innovantes dans des domaines pertinents aux objectifs stratégiques du Centre : Modélisation de la biodiversité et de l'utilisation des terres, Changement de la biodiversité mondiale à l'ère de l'Anthropocène, Vision créative de l'avenir, Cultures de l'écotechnologie, Compréhensions culturelles de la biodiversité, Financement de la biodiversité, Mesures holistiques de la biodiversité, Intégration des connaissances autochtones et locales à la surveillance écologique, Éducation à la biodiversité par le jeu, Conséquences de la dynamique du système alimentaire sur la biodiversité.
Centre Leverhulme pour la biodiversité de l'AnthropocèneDans le cadre du projet auquel ce poste contribuera, nous caractériserons les mécanismes génétiques des plantes qui coordonnent l'interaction des champignons mycorhiziens avec le statut hydrique et phosphoré des plantes, le développement du système racinaire et la communauté microbienne du sol. En collaboration avec des partenaires de l'Université de Cambridge, d'Allemagne et des États-Unis, nous travaillerons de l'échelle du gène unique à l'évaluation sur le terrain afin de définir un cadre pour l'optimisation rationnelle des symbioses plantes-mycorhizes et ainsi améliorer l'utilisation du phosphore en agriculture. La modélisation consistera à combiner les modèles existants de croissance racinaire, de processus rhizosphériques et d'absorption du phosphore développés par les partenaires du projet, et à élaborer de nouveaux modèles des effets et des coûts des symbioses mycorhiziennes.
Université de CranfieldL'Institut Earlham, basé à Norwich (Royaume-Uni), recrute un chercheur postdoctoral pour rejoindre son laboratoire, dirigé par le Dr Sarah Guiziou, et plus généralement le consortium de biologie de l'ingénierie. Ce poste est financé par la bourse UKRI Future Leader Fellowship du Dr Sarah Guiziou.
Institut EarlhamBGCI recherche un directeur de la conservation expérimenté, engagé et stratégique pour piloter l'ensemble des politiques, des priorités et des actions de conservation de l'organisation. Le titulaire du poste aura pour mission de traduire le cadre stratégique 2026-2030 de BGCI en programmes, partenariats, systèmes de suivi et mobilisation des ressources cohérents, garantissant ainsi que les actions de BGCI produisent des résultats concrets en matière de conservation des plantes, de restauration écologique et de résilience des communautés.
Jardin botanique international de conservationL'Université de Nottingham, sur le campus de Sutton Bonington, recrute un chercheur postdoctoral pour un projet de recherche financé par la Fondation Leverhulme. Ce projet vise à comprendre les performances des plantes et les mécanismes de rétroaction climatique au Jurassique moyen. Une approche expérimentale permettra de relier la morphologie et la chimie des plantes à des mesures de leurs performances écophysiologiques. L'ensemble de ces données servira à comprendre comment les plantes se sont adaptées au Jurassique moyen, une période de réchauffement climatique où les températures moyennes mondiales étaient supérieures de 5 à 10 °C à la moyenne de la période 1970-2010.
Université de NottinghamVous ferez partie du Centre mondial de référence sur la rouille (GRRC), dont les travaux portent sur la biologie, l'épidémiologie et la prévention des maladies des agents phytopathogènes dans un contexte de variations environnementales et de changements climatiques. Jusqu'à présent, les recherches du groupe se sont concentrées sur les champignons responsables de la rouille des céréales, mais de nouvelles pistes pourraient être explorées concernant d'autres agents pathogènes biotrophes, hémibiotrophes et nécrotrophes présents dans la partie aérienne du sol.
Université d'AarhusLa personne recrutée sera en charge de l'étude de la modularité génétique des stratégies de dispersion des graines chez l'espèce modèle Arabidopsis thaliana. La personne sera en charge de l'analyse d'un jeu de données déjà existantes dans le laboratoire d'accueil.
CNRSVous mènerez des recherches sur l'effet de la diversité bêta sur la résilience des forêts face aux perturbations. Plus précisément, vous étudierez si et comment l'augmentation de la diversité bêta dans les paysages forestiers peut accroître leur résilience aux perturbations forestières actuelles et futures, et vous évaluerez les implications pour la fourniture de services écosystémiques forestiers. La principale approche méthodologique utilisée sera la modélisation par simulation des paysages forestiers à l'aide du modèle iLand.
Université technique de MunichVous portez un vif intérêt aux écosystèmes forestiers, aux phénomènes climatiques extrêmes et au cycle du carbone ? Vous souhaitez établir des liens entre les mécanismes physiologiques et les dynamiques paysagères afin de relever les défis urgents liés au dépérissement des forêts et à l’atténuation du changement climatique ? Vous êtes motivé(e) par un environnement de recherche interdisciplinaire et international ? Si oui, nous vous invitons à candidater pour un poste de doctorant(e) au sein du Laboratoire d’écophysiologie végétale, dans le cadre d’un groupe de formation à la recherche multidisciplinaire et international, en partenariat avec l’Institut de technologie de Karlsruhe (KIT), en Allemagne, l’Université de Melbourne (UoM), en Australie, et l’Université de Hohenheim, en Allemagne.
Karlsruhe Institute of TechnologyPossédez-vous des connaissances en écosystèmes terrestres, en changements climatiques et en évolution de l'utilisation des terres ? Maîtrisez-vous les techniques quantitatives et de programmation ? Souhaitez-vous les mettre à profit pour relever les défis de la recherche sociétale et écologique ? Si oui, nous vous proposons de préparer un doctorat au sein d'un groupe de formation à la recherche multidisciplinaire et international, en partenariat avec l'Institut de technologie de Karlsruhe (Allemagne), l'Université de Melbourne (Australie) et l'Université de Hohenheim (Allemagne).
Karlsruhe Institute of TechnologySouhaitez-vous entreprendre un doctorat en informatique axé sur le développement de méthodes d'apprentissage profond et leur application à un risque climatique majeur auquel les sociétés seront confrontées au XXIe siècle ? Si oui, nous vous encourageons à postuler à notre offre de doctorat au sein du groupe de formation à la recherche multidisciplinaire et international C4LaNd ! Vous travaillerez à l'amélioration des modèles probabilistes d'apprentissage profond pour la prévision spatio-temporelle, avec pour objectif principal la modélisation multidimensionnelle des risques d'incendies de forêt, à partir de données issues de simulations informatiques et d'observations de la Terre (par exemple, données satellitaires).
Karlsruhe Institute of TechnologyDans le cadre de notre stratégie de croissance et de notre projet de création d'équipes de sélection pour notre division Légumes, nous recherchons un sélectionneur de tomates basé à la station de sélection végétale KWS à Antalya, en Turquie. Vous contribuerez au développement de notre équipe de sélection à Antalya et serez rattaché(e) au responsable de la sélection végétale de la division Légumes du groupe KWS.
KWSImage de couverture : Romero-Olivares et son groupe, observant des œuvres d’art locales représentant des champignons. Photo : Adriana Romero-Olivares
