Ce que nous avons et ce que nous n'avons pas
Demain commence le État des plantes et des champignons du monde (SWPF) conférence organisée par Royal Botanic Gardens, Kew. Cette conférence annuelle, qui se concentre généralement sur les usines or champignons, mais cette année pour la première fois réunis, fait le point sur la biodiversité botanique et fongique mondiale, ses usages et les mesures à prendre pour la protéger. En amont de la conférence, un numéro spécial de la revue en libre accès Plantes, gens, planète, ainsi qu'un rapport sur la base des articles qui y figurent, ont été publiés. L'un des thèmes principaux du rapport et de la conférence est, bien sûr, les collections de plantes et de champignons. Le article connexe, par l'auteur principal Alan Paton et ses collègues, plonge dans ce que nous avons, où il est conservé, ce qui manque et ce que nous pouvons faire à ce sujet. Cet article abordera tous ces sujets sauf le dernier, avec une deuxième partie axée sur les solutions à suivre.
En aparté, nous devrions peut-être d'abord nous pencher rapidement sur l'importance de ces collections. Les spécimens végétaux et fongiques qui composent les collections à travers le monde sont des points de données montrant qu'une certaine espèce vivait à un certain endroit à un certain moment. Pris ensemble, les spécimens peuvent brosser un tableau de l'abondance et de la répartition d'un taxon et de son évolution dans le temps. Les spécimens étendus, qui deviennent de plus en plus courants, incluent non seulement les caractéristiques observables de l'échantillon lui-même, mais peuvent inclure des photographies, des informations écologiques, de l'ADN connexe, etc., créant ainsi le potentiel de nouvelles utilisations et de nouvelles façons de répondre aux questions scientifiques qui peuvent aider à résoudre des problèmes écologiques et de conservation, entre autres.
"[N] ew approches dans l'utilisation des collections ont transformé le paysage scientifique dans des domaines tels que la conservation, la recherche sur le climat et les modèles de maladies historiques", écrivent les auteurs. "Une nouvelle ère de recherche interdisciplinaire sur les collections influence l'avenir des collections et de la collection elle-même."
Selon le rapport de la SWPF et Index Herbier, il existe 3324 herbiers actifs dans le monde, contenant plus de 392 millions de spécimens. L'Amérique du Nord et l'Europe dominent ces chiffres, reflétant, comme le note le rapport, "l'origine européenne de la tradition des herbiers et le fait que les herbiers européens contiennent de nombreux spécimens de l'extérieur de l'Europe rassemblés au cours des expéditions coloniales des XVIIe au XIXe siècles". Dans l'ensemble, ces collections ne sont pas indexées par groupe taxonomique, ce qui rend difficile l'évaluation de la couverture. Jardins botaniques et autres collections vivantes Ces cependant, et les derniers chiffres montrent un peu plus de 107,000 31 espèces représentant XNUMX% des espèces de plantes vasculaires.
Les collections fongiques comprennent près de 850,000 793 souches fongiques dans 3.8 collections de cultures, qui sont à nouveau concentrées en Europe et en Amérique du Nord. Avec pas moins de 17 millions d'espèces fongiques estimées à exister, ces collections représentent mal la biodiversité fongique. De la petite fraction de la diversité fongique totale qui a jusqu'à présent été décrite, seulement XNUMX % de celles sont cultivés et accessibles au public pour étude. Cela est dû au moins en partie à une méthodologie d'isolement qui favorise les champignons communs à croissance rapide. De nouvelles méthodes sont actuellement développées pour aider à préserver les champignons non cultivables, ce qui pourrait améliorer cette situation à l'avenir.
Les avoirs des banques de graines sont difficiles à cerner taxonomiquement, et beaucoup sont orientés vers des plantes domestiquées importantes pour l'agriculture, mais parmi les jardins botaniques qui abritent des espèces sauvages, 350 banques de graines dans 74 pays détiennent plus de 57,000 17 espèces - 9000% de toutes les plantes à graines - dont plus de 10 qui sont menacées d'extinction. Certains d'entre eux, malheureusement, sont connus ou suspectés d'être récalcitrants ; c'est-à-dire, portant des graines qui ne survivront pas au stockage à froid des banques de graines conventionnelles. On estime qu'environ XNUMX % de toutes les plantes à graines dans le monde sont récalcitrantes et, comme indiqué dans l'article, "[r] des recherches sont nécessaires, à la fois pour confirmer davantage les proportions et les identités des espèces récalcitrantes dans divers types de végétation ; et, pour les espèces hautement prioritaires, de développer des méthodes alternatives de conservation ex situ, impliquant probablement la cryoconservation d'embryons excisés.
La numérisation des données des collections a été une étape clé dans l'élargissement de la base d'utilisateurs de spécimens. Le Système mondial d'information sur la biodiversité (GBIF), un agrégateur de données de collections, a lié près de 2500 articles de recherche évalués par des pairs à des sources de données telles que des herbiers depuis 2015, montrant la valeur apportée par les efforts de numérisation. Une grande partie de la numérisation reste à faire : seuls 21 % des spécimens d'herbier sont présents dans le GBIF, et seuls 48 % d'entre eux disposent de données de localisation. De nombreux herbiers plus petits de pays riches en biodiversité contiennent des spécimens rares et irremplaçables, mais manquent de ressources pour numériser les collections. Les plus grandes lacunes dans les données GBIF se produisent en Asie, en Afrique du Nord et centrale, en Amazonie et dans l'Arctique canadien.
Une partie de la couverture inégale provient du fait que les efforts de collecte ciblés dans une région donnée sont souvent liés aux intérêts spécifiques des institutions et des programmes, plutôt qu'aux besoins plus larges de la communauté scientifique. "Il existe une tension entre la collection générale et la numérisation pour combler les lacunes géographiques et taxonomiques et la collecte ciblée pour fournir des preuves permettant de résoudre des questions scientifiques particulières ou des défis sociétaux", écrivent les auteurs.
Pour une discussion sur les solutions actuelles et proposées à certaines de ces lacunes, revenez pour la deuxième partie plus tard cette semaine.
