Une controverse majeure et de longue date dans l'évolution des conifères concerne les relations phylogénétiques dans la sous-famille des Cupressoideae (Cupressaceae) entre Juniperus, Cupressus et de la Hespérocyparis-Callitropsis-Xanthocyparis (HCX). Mao et al. reconstruire leurs relations phylogénétiques à l'aide des données du transcriptome.
Toutes les méthodes de construction d'arbres soutiennent fortement la relation (HCX, (Juniperus, Cupressus)), malgré des conflits fortement soutenus entre les arbres génétiques individuels. La divergence évolutive rapide et le tri incomplet de la lignée ont probablement agi ensemble comme source d'inférences phylogénétiques contradictoires entre les arbres génétiques et entre nos résultats robustes et les études récemment publiées. Des analyses ultérieures donnent une image plus claire de l'histoire biogéographique, mais de petits changements par rapport aux efforts de datation moléculaire précédents.
