Science partagée : 26 septembre

Voici les vingt articles scientifiques les plus partagés/aimés/publiés de notre enquête cette semaine. Une citation d'Henri Poincaré m'est venue à l'esprit : « La science est bâtie de faits, comme une maison est bâtie de pierres ; mais une accumulation de faits n'est pas plus une science qu'un tas de pierres n'est une maison. » Le deuxième article le plus partagé cette semaine date de 2009, mais il semble que l'on ait besoin de rappeler que la science ne se résume pas à des données. Comme d'habitude, les articles payants sont signalés par un 💰 ; les autres sont accessibles gratuitement au moment de la consultation.

1. Hormones peptidiques végétales : trois décennies de découvertes et de nouveaux paradigmes
Torii, KU · Physiologie végétale · 1 publication · 60 mentions J’aime · 22 partages sur Bluesky

Dans cette revue, je mets en lumière certaines familles d'hormones peptidiques, la Systemin, la PSK, l'INFLORESCENCE DEFICIENT IN ABSCISSION (IDA)/IDA-LIKES, la CLAVATA3/EMBRYO SURROUNDING REGION (CLE) et les EPIDERMAL PATTERNING FACTORS (EPF)/EPF-LIKES, et j'explique comment les découvertes individuelles des peptides et de leurs récepteurs apparentés ont façonné les concepts émergents de la signalisation des peptides végétaux.

Professeur Keiko Torii @keikoutorii.bsky.social · sur Bluesky

Je suis fier de partager ma perspective sans assistance d'IA sur l'article « Hormones peptidiques végétales : trois décennies de découvertes et de paradigmes émergents » pour le numéro du centenaire de
@plantphys.bsky.social 🌱🍅. C'est en accès libre, donc tout le monde peut y accéder ! 1/
academic.oup.com/plphys/advan...

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2. La fin des théories en science ?
Pigliucci, M. · Les rapports EMBO · 1 publication · 52 mentions J’aime · 16 partages sur Bluesky

Le philosophe Ludwig Wittgenstein (1889-1951) a dit cette phrase célèbre : « Ce dont on ne peut parler, il faut le taire. » Bien que ce conseil ait été donné dans un contexte précis, il s'agit en réalité d'un bon conseil général, comme le souligne Chris Anderson, rédacteur en chef de Câble Le magazine Anderson ferait bien d'y prêter attention. Le 23 juin 2008, il a publié un article sur ce sujet. Wired Sur son site web, il publie un article intitulé « La fin de la théorie : le déluge de données rend la méthode scientifique obsolète », qui démontre clairement qu'il ne comprend pas grand-chose ni à la science ni à la méthode scientifique.

Discuté sur Bluesky par @bjenquist.bsky.social.

3. Une méthode de marquage de proximité basée sur TurboID pour la détection des interactions protéiques extracellulaires chez les plantes
Qutb, AM, Szymansky, CM, Bouilloires, GJ · bioRxiv · 1 publication · 15 mentions J’aime · 12 partages sur Bluesky

Nous avons conçu et validé une stratégie de photoluminescence (PL) basée sur TurboID pour étudier les interactions protéiques dans l'apoplaste foliaire, en utilisant l'interaction bien caractérisée entre l'éliciteur INF1 de Phytophthora infestans et la protéine de type récepteur (RLP) REL chez Nicotiana benthamiana. L'expression transitoire de SP-INF1-TurboID (INF1-T) a induit une réponse de mort cellulaire (MC) comparable à celle déclenchée par INF1 natif, démontrant que la fusion de l'étiquette TurboID n'altère pas la reconnaissance d'INF1 par REL.

4. Des analyses phylogénomiques nucléaires et plastidiales à grande échelle permettent une mise à jour de la classification du Groupe de phylogénie des angiospermes : APG V
Byng, JW et al. Journal de la systématique et de l'évolution · 2 publications · 15 mentions J’aime · 9 partages sur Bluesky

Nous présentons ici une révision de la classification APG qui tient compte des analyses récentes et approfondies de centaines de gènes nucléaires et plastidiaux chez de nombreuses espèces d'angiospermes. Alors que les versions précédentes de la classification APG reposaient en grande partie sur des marqueurs à transmission uniparentale (ADN plastidial, généralement transmis par la mère), de nombreuses preuves d'une hybridation généralisée et de la transmission de polymorphismes ancestraux ont été mises en évidence depuis la version IV de l'APG.

5. Effets des invertébrés et de l'environnement local sur les taux de décomposition de la biomasse végétale et animale morte le long d'un gradient d'altitude
Guo, C. et al. Monographies écologiques · 1 publication · 15 mentions J’aime · 9 partages sur Bluesky

Nous avons quantifié ici comment l'altitude, en tant qu'indicateur du macroclimat, et les conditions locales (microclimat, végétation, sol) interagissent pour influencer les taux de décomposition et l'activité des invertébrés sur différents types de nécromasse. Nous avons mené une expérience de décomposition exhaustive portant sur cinq types de nécromasse végétale ou animale (charognes, excréments, feuilles, bois de hêtre et bois d'épicéa) le long d'un gradient altitudinal (600 à 2 000 m au-dessus du niveau de la mer) dans les Alpes allemandes.

Rupert Seidl @rupertseidl.bsky.social · sur Bluesky

Existe-t-il une généralité dans la décomposition selon les substrats ? Nous l'avons testé lors d'une expérience menée à différentes altitudes, en étudiant des charognes, des excréments, des feuilles et du bois. Nous avons constaté des schémas de décomposition particuliers, les conditions locales étant plus importantes que le macroclimat. @sebseibold.bsky.social doi.org/10.1002/ecm....

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6. Maintien de la variation génétique quantitative dans les régions de recombinaison restreinte par surdominance associative
Zhao, Y. et al. · bioRxiv · 1 publication · 17 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Nous montrons ici que des QTL faiblement sélectionnés, liés à des régions génomiques présentant une AOD, peuvent élever la VA au-delà de ce qui est attendu en l'absence de mutations délétères inconditionnelles.

7. L'adoption de cultures génétiquement modifiées favorise les rendements et la culture face aux changements climatiques ????
Dong, CY et al. Les changements climatiques Nature · 1 publication · 16 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Nous présentons ici une analyse spatiale à l'échelle nationale américaine des impacts de l'adoption des cultures génétiquement modifiées (OGM) au cours des quatre dernières décennies. Cette analyse démontre que l'adoption des OGM est globalement associée à des gains de rendement. Nous observons des rendements plus élevés et une volatilité moindre pour le maïs et le soja, avec une atténuation partielle des effets néfastes du climat sur le rendement, et des effets plus modestes pour le coton Upland. Ces résultats suggèrent que le développement des OGM et les facteurs associés ont amélioré la résilience face au stress induit par le climat.

L'évolution des plantes 🌱🌾 @plantevolution.bsky.social · sur Bluesky

Les cultures conventionnelles #OGM présentent des avantages inattendus face au changement climatique : une volatilité des rendements réduite, moins de pertes liées au climat et même un ralentissement du déplacement vers le nord de la production américaine de maïs et de soja.
#catastropheclimatique
www.nature.com/articles/s41...

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8. Une histoire de deux mondes : le traitement spatial de la phytocytokine Zip1 du maïs
Khan, M. · Physiologie végétale · 1 publication · 13 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Les plantes s'appuient sur une communication intercellulaire sophistiquée pour percevoir les changements environnementaux et coordonner les réponses appropriées. Parmi les molécules de signalisation impliquées dans ces processus figurent les phytocytokines, un groupe diversifié de petits peptides d'origine végétale qui régulent la croissance, le développement et les réponses au stress..

9. Un SNP non codant dans ELF3 altère ELF3β expression et confère l'adaptation d'Arabidopsis à un climat continental
Buckley, CR et al. Physiologie végétale · 1 publication · 13 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Chez les plantes, les horloges circadiennes régulent le rythme des processus physiologiques et développementaux qui déterminent la croissance, la reproduction et la phénologie saisonnière. De ce fait, la variation naturelle des gènes de l'horloge peut influencer directement l'adaptation locale, mais les composants de l'horloge déjà ciblés par la sélection naturelle restent mal connus. Nous avons découvert que la variation naturelle du gène central de l'horloge, EARLY FLOWERING 3 (ELF3), détermine la durée de la période circadienne et a été sélectionnée dans les climats chauds et saisonniers.

10. Mécanismes génétiques sous-jacents aux changements du développement floral induits par la température
Laitinen, RAE, Elomaa, P. · Journal de botanique expérimentale · 1 publication · 12 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Cette synthèse rassemble les connaissances actuelles sur les effets de la température sur les caractères floraux et explore les gènes et les mécanismes sous-jacents aux modifications du développement floral induites par la température. Nous mettons en lumière les réponses spécifiques à chaque caractère et examinons les conséquences adaptatives de la variation de ces caractères en fonction de la température.

Journal de botanique expérimentale @jxbotany.bsky.social · sur Bluesky

🌸🌡️ AVIS SUR DARWIN 🌡️🌸

Laitinen et Elomaa passent en revue les connaissances actuelles sur l'influence des variations de température sur la régulation génétique des caractéristiques du développement floral et leur plasticité, ainsi que leurs implications pour l'adaptation et la résilience des plantes.

🔗 doi.org/10.1093/jxb/...

#SciencesVégétales 🧪

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11. Les biocapteurs révèlent des variations distinctes du pH cytosolique et de la dynamique redox dans les plantules en réponse aux signaux de danger et à l'infection par des agents pathogènes.
Plus. et al. Journal de botanique expérimentale · 1 publication · 11 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Grâce à des biocapteurs génétiquement codés (GEB), nous avons suivi le pH cytosolique et la dynamique redox dans des plantules d'Arabidopsis entières avec une résolution spatio-temporelle. Des traitements globaux avec différents signaux de danger ont d'abord induit une acidification et une oxydation cytosoliques dans les racines, puis dans les pétioles et, plus tard, dans l'hypocotyle, révélant une réponse spécifique à chaque organe et un gradient de réponse bidirectionnel. En revanche, Pseudomonas syringae pv. tomato (Pto) DC3000 a induit une alcalinisation cytosolique soutenue et a supprimé les réponses redox dans les pousses inoculées, même en présence de PAMP.

12. Le transcriptome unicellulaire révèle les voies moléculaires des gènes MADS-box dans le développement de l'ovule de maïs ????
Li, Y. et al. La cellule végétale · 1 publication · 8 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Ici, l'analyse transcriptomique unicellulaire a révélé que ZmMADS8/14 régule la spécialisation des cellules de l'ovule et que les structures en forme de branche sont associées à une terminaison défectueuse du méristème floral et à une prolifération accrue des cellules épidermiques de l'ovule chez le mutant mads8;14.

13. Condensats biomoléculaires dans le stress et le développement des plantes : avancées récentes et concepts émergents
Maruri-López, I. et al. Journal de botanique expérimentale · 1 publication · 10 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Nous synthétisons ici les connaissances actuelles sur les fonctions des condensats dans le développement des plantes et les réponses au stress, en nous concentrant sur Arabidopsis thaliana, où les connaissances mécanistiques sont les plus avancées.

14. La cuticule multicouche qui sous-tend la coloration structurale des algues rouges partage des caractéristiques avec la matrice extracellulaire des métazoaires. ????
Philippe, G. et al. Actes de l'Académie nationale des sciences · 1 publication · 9 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Nous utilisons ici des approches intégrées de génomique, de transcriptomique, de protéomique et de métabolomique, ainsi que le profilage analytique des glucides, pour déterminer la composition de la cuticule multicouche de l'algue rouge. Chondrus croustillant et évaluer sa conservation évolutive.

15. Le déclin concomitant de la croissance et du ramification fine signale le début de la mortalité du hêtre européen induite par la sécheresse
Schmied, G. et al. New Phytologist · 1 publication · 8 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Les sécheresses sévères et récurrentes ont provoqué un déclin généralisé de la canopée et une mortalité importante dans les forêts européennes. La mortalité induite par la sécheresse survient lorsque des dommages structurels et un dysfonctionnement physiologique compromettent la capacité d'un arbre à se rétablir. Cependant, le moment précis où les arbres passent d'un stress réversible à une perte de vitalité irréversible à l'échelle de l'arbre entier reste mal défini. Nous avons combiné des informations détaillées sur l'architecture des ramifications fines, obtenues par balayage laser terrestre, avec des données de croissance radiale de 174 arbres afin d'évaluer la relation entre le déclin structurel et de croissance et la mortalité induite par la sécheresse chez le hêtre européen ( Fagus sylvatica ).

16. La phosphorylation des nitrilases par CERK1 active la biosynthèse de l'auxine et favorise la résistance à Botrytis cinerea ????
Zheng, J. et al. · La cellule végétale · 1 publication · 12 mentions J’aime · 4 partages sur Bluesky

Nous avons identifié ici les nitrilases NIT1, NIT2 et NIT3 comme des composants clés de la biosynthèse de l'auxine lors de l'infection. Suite à la perception de la chitine, CERK1 s'associe aux nitrilases et les phosphoryle pour stimuler la conversion de l'indole-3-acétonitrile (IAN) en acide indole-3-acétique (AIA), activant ainsi la signalisation de l'auxine et favorisant la résistance à B. cinerea.

17. L'évolution structurale de LEAFY révèle des changements de coopérativité et de dimérisation médiés par l'ADN lors de la transition eau-terre. ????
Verhage, L. et al. · Plante moléculaire · 1 publication · 8 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Nous combinons ici détermination structurale expérimentale et analyses biochimiques pour révéler comment les préférences de dimérisation et de liaison à l'ADN de LFY ont évolué lors de la transition du milieu aquatique au milieu terrestre. Nous présentons les structures cristallines du domaine de liaison à l'ADN (DBD) de LFY chez la cératophylle. Nothoceros énigmatique et les algues Interfilum paradoxumlié à l'ADN, démontrant deux mécanismes de dimérisation distincts : l'un médié par des interactions protéine-protéine directes et l'autre piloté par une coopérativité médiée par l'ADN.

18. Le module ZmBBM2-BBIP1-RCC1-4 améliore la croissance du cal et l'efficacité de la transformation génétique chez le maïs.
Fu, Q. et al. Physiologie végétale · 1 publication · 7 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Le gène BABY BOOM (BBM) code pour un facteur de transcription AP2 appartenant à la sous-famille AINTEGUMENTA-LIKE (AIL) et est largement reconnu comme un régulateur majeur de l'embryogenèse. Chez le maïs, l'expression ectopique de ZmBBM améliore considérablement l'efficacité de la transformation génétique dans de nombreuses lignées pures. De même, la surexpression d'un autre homologue de BBM chez le maïs, ZmBBM2, favorise une prolifération rapide du cal et augmente significativement l'efficacité de la transformation dans le matériel génétique d'élite.

19. Fonctions non défensives des métabolites spécialisés des plantes : phénomènes écologiques, mécanismes moléculaires et implications évolutives
Carley, LN · New Phytologist · 1 publication · 7 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Les cadres d'étude de la chimie végétale partent souvent du principe que l'évolution des molécules de défense est principalement déterminée par les herbivores. Cependant, de plus en plus d'éléments indiquent que la variation des molécules de défense influence également de nombreuses fonctions et interactions non liées à la défense. Ces effets corrélés sont répandus et peuvent résulter d'une diversité de mécanismes moléculaires sous-jacents, allant de la pléiotropie à la régulation partagée, en passant par la sélection naturelle passée corrélée.

20. Réalisez-le : Séquençage plasmidique rapide et abordable sur plateformes ONT avec PICARD-seq
Wolters, R. et al. · bioRxiv · 1 publication · 12 mentions J’aime · 3 partages sur Bluesky

La construction de plasmides est fondamentale en biologie moléculaire et en biologie synthétique. Pourtant, leur validation se limite souvent au fragment inséré plutôt qu'au plasmide entier, et environ un tiers des plasmides synthétisés en laboratoire présentent des erreurs de séquence susceptibles d'affecter leur fonction. Le séquençage Sanger est difficilement applicable aux plasmides entiers, tandis que les techniques de séquençage à courtes lectures ne permettent pas de résoudre les régions d'ADN répétées, telles que les promoteurs, fréquentes dans les constructions synthétiques. Nous présentons PICARD-seq, un protocole rapide basé sur la technologie nanopore, qui utilise des réactifs de barcoding rapide Tn5 disponibles dans le commerce et un MinION pour séquencer des pools de plasmides entiers en moins d'une journée. Nous évaluons systématiquement les performances des outils bioinformatiques disponibles pour l'analyse des données obtenues.

Image de couverture: Paraleucobryum enerve by Stefan Gey / iNaturalist CC BY-NC