Voici un récapitulatif des 20 articles les plus partagés cette semaine sur Bluesky. Les articles payants sont marqués d'un 💰 ; les autres sont accessibles gratuitement au moment de la vérification.

Le format est un peu différent cette semaine. Je travaille sur un programme qui aide les rédacteurs à mettre en forme l'article pour les e-mails et le web, afin que quelqu'un d'autre puisse s'en charger à l'avenir. Le développement n'est pas encore tout à fait terminé.

Recette pour un bon π. Comment estimer correctement les statistiques descriptives de la génétique des populations et pourquoi nous devrions les rapporter systématiquement.
Brault, M. et al. Biologie et évolution du génome

Dans le contexte des interrogations sur l'utilité de produire une telle quantité de données génomiques, que ce soit pour des raisons écologiques ou économiques, nous soutenons que la publication de ces données devrait être standardisée afin d'en garantir la réutilisation à long terme. À partir d'une analyse de la littérature et d'exemples clés, nous soulignons que, malgré le volume croissant de données disponibles, le manque de documentation méthodologique et l'absence de métadonnées rendent la plupart des jeux de données de polymorphisme publiés incomparables, empêchant ainsi le calcul de statistiques pertinentes et l'application des principes FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables).

Antagonistes extracellulaires : attaque et contre-défense dans l’apoplaste ????
Armer, VJ, van der Hoorn, RAL · Revue annuelle de phytopathologie

Les interactions extracellulaires jouent un rôle crucial dans la course aux armements entre les plantes et les pathogènes. Les champignons, les bactéries et les oomycètes pathogènes manipulent l'apoplaste pour contrôler le pH, l'hydratation, la concentration en sucres et la disponibilité des nutriments. Les plantes réagissent à l'infection par un stress oxydatif et sécrètent des métabolites toxiques et des hydrolases nocives. Cependant, les pathogènes adaptés ont développé des mécanismes complexes pour neutraliser les métabolites végétaux réactifs et toxiques et inhiber ou dégrader les hydrolases. Ils échappent également à la reconnaissance en masquant, dégradant ou modifiant leurs éliciteurs et en désactivant les récepteurs de surface cellulaire de diverses manières. Dans cette revue, nous synthétisons nos connaissances actuelles sur les mécanismes d'attaque et de contre-défense fascinants qui caractérisent les interactions extracellulaires entre les plantes et les pathogènes.

Il est essentiel de réduire la variabilité des évaluations de l'état des habitats pour que les indicateurs du marché de la nature reflètent fidèlement les changements de la biodiversité.
Salamanque Leon, I. et al. Science et pratique de la conservation

Le besoin de mesures standardisées pour évaluer les pertes et les gains de biodiversité a incité de nombreux pays et initiatives du secteur privé à adapter l'indicateur de biodiversité obligatoire anglais (Statutary Biodiversity Metric) au concept de gain net de biodiversité (BNG). Le BNG exige une augmentation minimale de 10 % des unités de biodiversité résultant du développement des infrastructures, et le nombre d'unités de biodiversité dépend en partie des évaluations de l'état des habitats réalisées sur le terrain. Nous avons effectué des simulations pour explorer l'influence de l'incertitude liée à ces évaluations et avons constaté une variabilité intrinsèque qui introduit un biais, même lorsque l'état réel d'un habitat reste inchangé.

Biogéographie des interactions biotiques : un cadre pour comprendre comment les interactions entre espèces façonnent les modèles de biodiversité à différentes échelles
Galiana, N., Araújo, MB · PLoS Biology

L'intégration entre la biogéographie et l'écologie a longtemps été limitée par le manque de données sur les interactions biotiques à grande échelle spatiale. L'émergence de nouvelles méthodes et de données de haute qualité sur les réseaux écologiques à l'échelle biogéographique ouvre la voie à une intégration plus poussée de ces deux disciplines. Cet essai examine cette intégration à travers trois axes de recherche interconnectés : les effets des interactions biotiques sur la distribution des espèces ; l'influence des gradients environnementaux sur ces interactions ; et les effets des interactions biotiques sur l'environnement. Les progrès récents et les principaux défis sont abordés, et des pistes sont proposées pour approfondir notre compréhension des schémas et des processus de biodiversité à différentes échelles.

Discuté sur Bluesky par @bjenquist.bsky.social.

Les champs cultivés complètent la biodiversité des prairies permanentes dans les paysages européens.
Boetzl, FA et al. Communications Nature

À partir de 86 paires de prairies permanentes et de champs de colza répartis dans cinq pays européens, nous avons évalué l'influence du type d'habitat sur les communautés végétales, de papillons, d'abeilles sauvages et de carabes, et déterminé si l'augmentation de la superficie des prairies dans les paysages environnants favorise la diffusion de la biodiversité associée aux prairies vers les champs de colza. Nos résultats montrent que c'est le type d'habitat, et non la superficie des prairies à l'échelle du paysage, qui détermine la diversité et la composition des communautés d'espèces : les plantes et les papillons sont plus diversifiés dans les prairies, tandis que les abeilles sauvages et les carabes sont tout aussi, voire plus, diversifiés dans les champs de colza.

Fabian A. Boetzl @fboetzl.bsky.social · sur Bluesky

Dernières nouvelles ! 📄Nous constatons que les champs cultivés et les prairies semi-naturelles favorisent une biodiversité complémentaire à travers l’Europe. Les habitats semi-naturels ne suffisent pas à eux seuls à garantir la biodiversité des terres agricoles ; une gestion des champs cultivés respectueuse de la biodiversité est essentielle. www.nature.com/articles/s41...

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Améliorer la gestion des débris naturels sur les plages pour la conservation de la biodiversité ????
Gómez-Serrano, M. Á. · Tendances en écologie et évolution

Les débris naturels déposés par la mer sont essentiels au fonctionnement de l'écosystème côtier. Face à l'essor du tourisme sur le littoral, l'esthétique prend une importance croissante et le nettoyage indiscriminé des débris s'étend des plages urbaines aux plages naturelles. Une évolution de la gestion des débris marins est nécessaire pour que les déchets organiques puissent pleinement jouer leur rôle là où la mer les a déposés.

Miguel A Gómez Serrano @gomezserrano-ma.bsky.social · sur Bluesky

Les restaurants marins sont essentiels pour la conservation des vues que vous créez sur les plages : www.cell.com/trends/ecolo...
Les pollos de Chorlitejo patinegro se esconden en ellos chaque fois que se acerca un peligro, y compris les paseantes et les bañistas. Gérer les restos sur votre site et leur vie pour eux

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L'analyse intégrée des fossiles et des estimations de divergence moléculaire situe l'origine des angiospermes au Jurassique supérieur.
Wu, R. et al. · Nature Plants

Les échelles de temps moléculaires reposent sur le calage de l'évolution moléculaire sur le temps géologique à l'aide de données fossiles. Cependant, les stratégies de calage classiques utilisent des données fossiles limitées et souvent interprétées de manière subjective. Nous avons utilisé ici le modèle bayésien du pont brownien pour dériver des densités de calage basées sur les données, à partir d'un vaste ensemble de données sur la présence de fossiles. Cette approche intègre l'incertitude sur la diversité actuelle et historique pour estimer l'âge des clades.

Nature Plants @natplants.nature.com · sur Bluesky

Nouvel article en libre accès : « Une analyse intégrée des fossiles et des estimations du temps de divergence moléculaire suggère une origine des angiospermes au Jurassique tardif » rdcu.be/foNXh

... suggèrent une origine des plantes à fleurs à la fin du Jurassique, indiquant une histoire ancienne et mystérieuse des angiospermes.

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La qualité du paysage influence les réponses écologiques à la perte et à la fragmentation des habitats.
Fletcher Jr, RJ et al. · Nature Ecologie & Evolution

Des études ont suggéré que la qualité des terres entourant les parcelles d'habitat peut modifier les effets de la perte et de la fragmentation de l'habitat sur les espèces et influencer les prédictions de biodiversité à l'échelle régionale. Comme les matrices paysagères sont généralement complexes et varient en fonction des changements d'habitat, isoler ces effets s'avère difficile. Nous présentons ici une étude expérimentale de grande envergure et à plusieurs échelles, menée sur un système plante-herbivore, afin de dissocier les effets de la perte et de la fragmentation de l'habitat ainsi que ceux de la qualité du paysage environnant.

Le profilage d'activité polychrome permet de distinguer les cystéine protéases et leurs isoformes chez les plantes
Zheng, K. et al.b · bioRxiv

Le profilage d'activité par sondes fluorescentes est un outil puissant pour la caractérisation fonctionnelle de classes d'enzymes entières dans les protéomes bruts. Nous avons découvert que des mélanges de sondes, composés du motif E-64 portant différents fluorophores via de courts bras de liaison, permettent de distinguer le marquage des cystéine protéases de type papaïne et de leurs isoformes grâce à leur affinité différentielle pour ces sondes. Ceci induit un marquage polychrome, avec des couleurs apparentes spécifiques pour différentes familles de protéases et leurs isoformes.

Anticiper, s'acclimater, récupérer et se souvenir : comment l'intégration spatio-temporelle des signaux contrôle la résilience des plantes face au stress hydrique. ????
Rodriguez-Cisneros, C. et al. Journal de botanique expérimentale

L'inondation est un stress abiotique majeur qui limite la croissance et la survie des plantes terrestres. La capacité d'un tissu végétal à éviter ou à supporter une privation critique d'oxygène (hypoxie) et les dommages consécutifs à la réoxygénation est vitale pour sa survie. La submersion déclenche une signalisation rapide de l'éthylène et de l'hypoxie qui, à son tour, contrôle les réponses d'acclimatation, favorisant ainsi la résilience de la plante. Il est intéressant de noter qu'un large éventail de facteurs environnementaux et internes supplémentaires influencent ces voies de signalisation canoniques associées à l'acclimatation et à la tolérance à l'inondation. Nous expliquons ici comment cette signalisation intégrative dépendante de l'éthylène et de l'hypoxie permet aux plantes d'anticiper et de se préparer à un stress hypoxique potentiel induit par l'inondation, d'ajuster finement leur acclimatation en fonction du contexte métabolique environnemental et interne, et d'orchestrer efficacement les réponses de réoxygénation.

Le récepteur immunitaire végétal LORE se lie aux ligands agonistes et antagonistes des acides gras 3-hydroxy via une boucle dynamique dans son domaine de lectine de type G.
Shu, LJ et al. bioRxiv

Éclairage de la protéolyse végétale : des capteurs fluorescents codés génétiquement comme outils de profilage des activités protéasiques ????
Fernández-Fernández, Á. D. et al. La cellule végétale

La modélisation à l'échelle du génome de la liaison des facteurs de transcription végétaux permet de capturer les variants régulateurs associés aux caractères phénotypiques.
Peleke, FF et al. · Communications Nature

Leibniz IPK @leibnizipk.bsky.social · sur Bluesky

Une équipe dirigée par @leibnizipk.bsky.social et @fz-juelich.de a développé un modèle d'intelligence artificielle capable de prédire les sites de liaison des protéines régulatrices à l'ADN des plantes, permettant ainsi l'activation et la désactivation des gènes. L'étude a été publiée dans la revue « Nature Communications ».

➡️Papier : tinyurl.com/mryxendn
➡️RP : tinyurl.com/37kpbpzh

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Imagerie de la double fécondation chez le maïs
Calhau, AR, Widiez, T. · bioRxiv

Thomas WIDIEZ @thomaswidiez.bsky.social · sur Bluesky

Nous sommes ravis de partager notre protocole d'imagerie de la double fécondation chez le maïs ! 🌽🔬

???? www.biorxiv.org/content/10.6...

Nous espérons que cette ressource sera utile aux chercheurs qui étudient la reproduction des plantes, la fécondation et le développement précoce des graines.

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L'analyse intégrative de la photosynthèse CAM révèle son impact sur le métabolisme primaire chez Yucca
Wickell, D. et al. Journal de botanique expérimentale

Induction d'haploïdes in planta chez le maïs et la tomate par perturbation de KOKOPELLI
Jacquier, Nouveau-Mexique et al. bioRxiv

Thomas WIDIEZ @thomaswidiez.bsky.social · sur Bluesky

La semaine de la prépublication 😅 ! Deuxième manuscrit maintenant sur BioRxiv

▶️ La modification du génome de KOKOPELLI confère la capacité d'induction haploïde non pas à un seul gène, mais à un seul.

DEUX cultures : 🌽 maïs et 🍅 tomates

???? doi.org/10.64898/202...

Un immense merci à toutes les personnes impliquées et à nos collaborateurs : @nathaliegonzalez.bsky.social, @inrae-bfp.bsky.social

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Le stress thermique induit la formation de gamètes mâles non réduits en ciblant la traduction dans les méiocytes d'Arabidopsis. ????
Schindfessel, C. et al. La cellule végétale

Les plastoglobules compartimentent l'assimilation de l'azote chez le maïs - Nature
Chen, D. et al. · Nature

Numérisation des collections pour exploiter pleinement le potentiel de la palynologie : une étude de cas avec la collection de palynologie du Smithsonian
Jaramillo, C. et al. PLANTES, PERSONNES, PLANÈTE

Plantes, gens, planète @plantspeopleplanet.bsky.social · sur Bluesky

Numériser les collections pour exploiter pleinement le potentiel de la #palynologie : une étude de cas avec la collection de palynologie du Smithsonian

Article sur les méthodes et techniques par Carlos Jaramillo, et al.

nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/...

#DernierNuméro #SciencesVégétales

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Quand la morphologie s'immobilise : l'évolution florale contrainte dans un genre de légumineuses à très grande diversité
Maianne, M. et al. Annals of Botany

Annals of Botany @annbot.bsky.social · sur Bluesky

🎉 Bonne nouvelle ! L'article « When morphology stands still: constrained floral evolution in a mega-diverse legume genus » de M. Maianne (@mimomaianne.bsky.social), publié sur @annbot.bsky.social, est désormais #gratuit pendant 2 semaines 🧵1/10

👉 doi.org/rbsb

@souzayagob.bsky.social
@fmachado.bsky.social
@aquitemcaqui.bsky.social

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Image de couverture : Bois flotté par @abigalejachyms-team / Canva