Partage de la science : 18 juillet

Voici une sélection des meilleurs articles que vous avez partagés cette semaine sur Bluesky. Les articles payants sont marqués d'un 💰 ; les autres sont accessibles gratuitement au moment de la consultation.

1. Il n'existe pas de consensus sur le sexe biologique
Eppley, MG et al. Ecology Letters · 1 publication · 45 mentions J’aime · 19 partages sur Bluesky

Le débat scientifique et sociétal sur la définition du sexe biologique est toujours d'actualité. À l'heure où la désinformation sur le sexe influence les politiques publiques à l'échelle mondiale, une clarification scientifique s'avère précieuse. Nous évaluons ici les principales approches de la définition du sexe et synthétisons le discours actuel pour conclure qu'il n'existe aucun consensus sur une définition du sexe exempte de présupposés et de limitations. En l'absence de consensus, nous ne préconisons pas de définition unique et estimons que le manque d'unanimité n'est pas problématique en soi. Quels que soient les choix de définition retenus, nous formulons des recommandations concrètes pour améliorer la précision des descriptions du sexe. Plus important encore, indépendamment des débats scientifiques, aucune définition biologique du sexe ne devrait servir à dicter les droits humains.

2. Optimisation de la compensation de la biodiversité pour la succession des habitats et la dynamique de colonisation
Wells, K. et al. Conservation Biology · 1 publication · 29 mentions J’aime · 17 partages sur Bluesky

La compensation de la biodiversité vise à compenser les pertes écologiques dues au développement par la conservation et la restauration. Cependant, ses résultats à long terme, face à des cycles répétés d'impacts et de compensations, demeurent incertains. À l'aide d'un modèle conceptuel de succession forestière, nous avons évalué l'influence des interactions entre l'échelle de compensation, la durée de protection, le taux de conversion de l'habitat et les contraintes de disponibilité des terres sur les résultats de la compensation. De plus, nous avons considéré que ces résultats peuvent varier selon les composantes de la biodiversité, notamment la maturité de l'habitat associée aux espèces structurantes de la succession et la dynamique des métapopulations d'espèces colonisatrices persistantes et d'espèces spécialistes de la succession.

James Bullock @jmbecologist.bsky.social · sur Bluesky

La compensation est largement promue mais mal fondée sur l'écologie.

Notre étude de modélisation montre :

Pour que la compensation soit efficace, les zones restaurées doivent être plus grandes que celles qui ont été impactées.

et protection sur le long terme

Des taux élevés de conversion d'habitats réduisent le succès des mesures compensatoires

conbio.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

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3. La conception informatique de domaines intégrés de novo permet un contrôle rationnel de la reconnaissance des effecteurs pathogènes dans les récepteurs immunitaires NLR des plantes.
Xi, Y. et al. bioRxiv · 1 publication · 28 mentions J’aime · 16 partages sur Bluesky

Nous décrivons ici un cadre programmable qui exploite les outils de conception de protéines par IA générative RFdiffusion et ProteinMPNN pour concevoir de novo des domaines intégrés (DI) ciblant divers effecteurs pathogènes. En intégrant ces ligands sur mesure dans le châssis modulaire du récepteur NLR Pik-1/Pik-2 de la pyriculariose du riz, nous avons réussi à concevoir la reconnaissance d'un facteur de virulence (effecteur) non apparenté de l'agent pathogène de la maladie de Panama, Fusarium oxysporum f. sp. cubense, race tropicale 4.

4. Un siècle de recherche sur la discrimination isotopique du carbone lors de la photosynthèse : des premières découvertes aux objectifs futurs
Jahren, AH, Schubert, BA · New Phytologist · 4 publications · 25 mentions J’aime · 11 partages sur Bluesky

Depuis sa découverte en 1929, le nucléide stable ¹³C est un outil essentiel pour notre compréhension de la photosynthèse. Les premières études sur les isotopes du carbone chez les plantes ont soulevé des questions quant à savoir si le rapport isotopique d'une plante donnée est déterminé par une réponse active à son environnement ou par la biochimie relativement statique de la photosynthèse. Ceci a conduit à un modèle de la composition isotopique du carbone des tissus végétaux, destiné à décrire les effets intégrés de la diffusion physique, de l'action biochimique des enzymes et de la réponse physiologique des stomates sur la fixation nette du carbone. Au cours des décennies suivantes, la prise en compte de l'augmentation du CO₂ a mis en lumière le rôle de la photorespiration, incitant à une analyse plus approfondie afin d'isoler l'effet de la concentration de CO₂ sur l'absorption et la fixation du ¹³C.

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Un siècle de recherche sur la discrimination isotopique du carbone lors de la photosynthèse : des premières découvertes aux objectifs futurs

#TansleyReview par Jahren et Schubert @schubertba.bsky.social @realhopejahren.bsky.social

nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

#sciencesvégétales

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5. Sur la relation entre l'économie racinaire et les caractéristiques hydrauliques des plantes
Sanaei, A. et al. New Phytologist · 2 publications · 25 mentions J’aime · 13 partages sur Bluesky

Nous avons constitué un ensemble de données portant principalement sur des espèces ligneuses, comprenant cinq caractéristiques hydrauliques aériennes associées aux stratégies d'utilisation de l'eau et quatre caractéristiques des racines fines issues de l'espace économique des racines (EER). Nous avons étudié comment la diversité globale des stratégies écologiques des caractéristiques de l'EER est liée aux caractéristiques hydrauliques aériennes contribuant à la résistance à la sécheresse. Nous avons observé une légère tendance : les espèces à forte capacité d'acquisition, présentant une teneur en azote racinaire plus élevée et une densité tissulaire racinaire plus faible, ont une résistance à la sécheresse moindre dans leurs tissus aériens.

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Sur la relation entre l'économie racinaire et les caractéristiques hydrauliques des plantes

Sanaei et coll. @anvarsanaei.bsky.social

nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

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6. La stratégie d'échantillonnage du sol détermine la détection des champignons mycorhiziens arbusculaires et révèle un biais phylogénétiquement structuré ????
Frew, A. et al. Biologie du sol et biochimie · 1 publication · 28 mentions J’aime · 13 partages sur Bluesky

Les communautés de champignons mycorhiziens arbusculaires (MA) présentent une forte hétérogénéité à l'échelle microscopique, ce qui signifie que les choix d'échantillonnage peuvent fortement influencer les communautés détectées. Nous avons utilisé une expérience de fertilisation à long terme pour comparer trois stratégies d'échantillonnage et deux méthodes de conservation des échantillons afin d'évaluer leur influence sur la diversité des champignons MA et la détection de taxons spécifiques.

7. L’incroyable vulnérabilité que représente la reproduction pour les espèces végétales dans un monde qui se réchauffe
Denney, procureur et al. New Phytologist · 2 publications · 22 mentions J’aime · 10 partages sur Bluesky

Les températures augmentent à l'échelle mondiale et menacent la pérennité des populations végétales naturelles. L'élévation des températures perturbe la gamétogenèse, la fécondation et le remplissage des graines, souvent à des seuils inférieurs à ceux qui affectent la photosynthèse, la croissance ou la survie. Si les agronomes ont constaté que les stades clés de la reproduction sont particulièrement vulnérables au stress thermique chez les plantes, les études écologiques et évolutives se sont principalement concentrées sur d'autres indicateurs de fitness pour estimer la résilience des populations face au réchauffement climatique. Nous préconisons l'intégration des paramètres de développement du pollen, de l'ovule et du remplissage des graines dans les études écologiques et évolutives afin d'améliorer les prévisions de la dynamique des populations végétales dans un contexte de changements climatiques futurs.

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L’incroyable vulnérabilité que représente la reproduction pour les espèces végétales dans un monde qui se réchauffe

Denney et coll. @derekdenney.bsky.social @emjo.bsky.social @davidlowry.bsky.social @msupri.bsky.social

nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

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8. Optimisation du développement du blé en fonction de divers climats hivernaux
Hirsz D. et Dixon LE. · 2 publications · 16 mentions J’aime · 10 partages sur Bluesky

Les effets du changement climatique perturbent fortement une production agricole fiable et durable, car les cultures se sont adaptées régionalement pour répondre favorablement à un ensemble de signaux environnementaux réguliers et combinés. Notamment chez le blé, la culture la plus répandue, le calendrier des transitions des méristèmes floraux et de la floraison est largement régulé par la combinaison de la photopériode et de la température. L'identification et la compréhension des gènes clés qui régulent les réponses physiologiques à ces signaux environnementaux combinés sont essentielles pour permettre le développement optimal des cultivars. Nous détaillons ici les défis et les opportunités que présentent les conditions environnementales changeantes pour l'adaptation du blé d'hiver.

9. Chitinases microbiennes dans l'holobionte végétal : rôles écologiques et déterminants structuraux
Eichfeld, R., Zuccaro, A. · Avis sur FEMS Microbiology · 2 publications · 12 mentions J’aime · 10 partages sur Bluesky

Dans cette revue, nous examinons les fonctions des chitinases microbiennes dans leurs contextes écologiques et discutons de la manière dont les variations structurales peuvent moduler l'activité chitinolytique, la liaison au substrat et la fonction biologique. Nous soutenons que les rôles écologiques des chitinases microbiennes ne peuvent être déduits de la seule activité catalytique, mais résultent de l'interaction entre l'architecture enzymatique, l'accessibilité du substrat, les activités enzymatiques synergiques, l'expression spatio-temporelle régulée et le contexte microbien ou hôte dans lequel la chitine est rencontrée.

10. Les futures vagues de chaleur inhibent le CO2₂fermeture stomatique induite chez le blé
Caine, RS et al. New Phytologist · 2 publications · 13 mentions J’aime · 8 partages sur Bluesky

Face à l'augmentation continue des températures mondiales et à l'intensification des sécheresses, les cultures vivrières seront plus fréquemment soumises à un déficit de pression de vapeur (DPV) élevé lors des vagues de chaleur. Cependant, les effets combinés de l'augmentation du CO₂ atmosphérique et des vagues de chaleur à DPV élevé sur les flux d'eau et les rendements des cultures restent encore mal connus. Nous étudions les modifications stomatiques, photosynthétiques et de productivité du blé lors de simulations de futures vagues de chaleur à DPV élevé, sous des concentrations de CO₂ ambiantes (450 ppm) ou élevées (720 ppm), et ce, pour quatre traitements de fertilisation azotée.

11. Les voies les plus empruntées : convergence génétique dans l'évolution répétée des plantes
Satterlee, JW · New Phytologist · 2 publications · 15 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Il est bien établi que les caractères se répètent au cours de l'évolution, mais la prévisibilité de ce phénomène au niveau génétique reste encore mal comprise. Dans cet article, je mets en lumière des travaux récents menés chez les plantes afin de souligner que la répétabilité génotype-phénotype au niveau des gènes homologues est influencée par la stabilité de l'effet mutationnel, c'est-à-dire la mesure dans laquelle les mutations produisent des phénotypes cohérents d'une lignée à l'autre.

12. Dynamiques éditoriales et d'évaluation par les pairs dans les revues scientifiques généralistes d'élite
Zhang, S. et al. Science Advances · 1 publication · 11 mentions J’aime · 9 partages sur Bluesky

Les revues scientifiques généralistes de référence influencent le discours scientifique, les politiques publiques et les carrières scientifiques. Cependant, l'exigence de confidentialité qui caractérise la plupart des processus éditoriaux a freiné les efforts visant à comprendre et à améliorer ces processus. Nous présentons ici des données anonymisées portant sur 110,303 5 manuscrits soumis sur une période de cinq ans aux revues Science et Science Advances, deux revues scientifiques généralistes de référence. L'analyse de la dynamique d'évaluation, de l'évaluation éditoriale initiale aux étapes ultérieures d'évaluation par les pairs, révèle de forts effets de sélection liés à un prestige institutionnel plus élevé, à une équipe de recherche plus importante, ainsi qu'à certains sujets et pays.

13. Une symbiose MLO Le gène régule le développement racinaire via la signalisation Ca2+ déclenchée par RALF34 dans Lotus du Japon
Binci, F. et al. Physiologie végétale · 1 publication · 13 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Les gènes MLO (Mildew Locus O), initialement identifiés comme facteurs de sensibilité à l'oïdium, sont de plus en plus reconnus comme des régulateurs multifonctionnels impliqués dans divers processus, notamment la reproduction des plantes, le thigmotropisme racinaire et les interactions avec des micro-organismes bénéfiques. Des travaux récents montrent que les protéines MLO peuvent agir comme des canaux perméables au Ca²⁺ en réponse aux peptides RALF (Rapid Alkalinization Factors) dans les cellules reproductrices, suggérant un rôle plus étendu dans la signalisation dépendante du Ca²⁺. Dans cette étude, nous examinons le gène LjMLO4, membre du clade IV symbiotique, chez la légumineuse modèle *Lotus japonicus*, en nous concentrant sur son rôle dans le développement racinaire et sa réponse aux peptides LjRALF34.

14. Renforcer l'importance de l'évaluation du risque de biais en écologie et en biologie évolutive
Culina, A. et al. Méthodes en écologie et évolution · 1 publication · 9 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Les revues systématiques et les méta-analyses sont des méthodes de synthèse des données probantes essentielles pour éclairer les recherches, les interventions et les politiques futures. La validité de leurs conclusions dépendant des études primaires qu'elles synthétisent, il est primordial d'évaluer la validité interne de ces études. Dans certains domaines, comme la médecine, cette pratique est courante et s'effectue généralement à l'aide d'outils d'évaluation du risque de biais. L'évaluation du risque de biais (ERB) est cependant rare en écologie et biologie évolutive (EBE), malgré le développement de plusieurs outils d'ERB dans certains sous-domaines de l'écologie et domaines connexes. Afin d'identifier les raisons potentielles de cette faible utilisation, nous avons mené une enquête auprès d'écologues et de biologistes de l'évolution ayant une expérience de la synthèse des données probantes et examiné 275 revues publiant des recherches en EBE pour y trouver des recommandations sur la réalisation d'évaluations du risque de biais ou d'évaluations similaires.

15. Rôle potentiel de la signalisation DELLA dans la formation de la limite des arbres à l'échelle mondiale
Dietrich, L., Zeidler, M. · New Phytologist · 1 publication · 11 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

La limite des arbres marque une limite fonctionnelle à la croissance verticale des arbres plutôt qu'une stricte frontière de survie. À ces marges froides, la photosynthèse et les réserves de glucides non structuraux restent souvent suffisantes, tandis que la croissance apicale et cambiale diminue, ce qui réfute l'hypothèse d'une limitation en carbone comme cause principale de l'arrêt de la croissance. Nous proposons que des températures basses chroniques puissent contribuer de manière importante à ce phénomène par le biais d'une régulation hormonale, notamment une disponibilité réduite en gibbérellines et la persistance de répresseurs de type DELLA, ainsi que par une altération de la signalisation auxinique et brassinostéroïde. Ceci pourrait maintenir les méristèmes dans un état de répression de la croissance malgré une activité métabolique continue. Nous ne présentons pas cette hypothèse comme l'unique explication de la formation de la limite des arbres, mais comme un mécanisme de régulation plausible et vérifiable, susceptible d'agir conjointement à une réduction générale des taux métaboliques et à des contraintes hydrauliques ou énergétiques.

# 16. Endozoochorie chez les invertébrés : une voie de dispersion des graines négligée ????
Chen, SC et al. · 2 publications · 7 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

La dispersion des graines est un processus essentiel à la régénération et à la pérennité des plantes. Si les vertébrés, tels que les oiseaux et les mammifères, sont largement reconnus comme des endozoochores, de plus en plus de données probantes révèlent que les invertébrés contribuent également de manière significative à la dispersion des graines par ingestion et excrétion. Cette synthèse élargit le paradigme dominant centré sur les vertébrés, en démontrant que le passage intestinal des invertébrés est un processus récurrent, vérifiable et écologiquement pertinent.

17. Chaleur extrême et agriculture
Rapport conjoint FAO-OMM · 1 publication · 10 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Les vagues de chaleur extrêmes apparaissent comme l'une des menaces les plus urgentes et les moins bien comprises pour l'agriculture et la sécurité alimentaire. La hausse des températures, les vagues de chaleur prolongées et les bouleversements climatiques perturbent déjà les rendements agricoles, la santé du bétail, la disponibilité en eau et les moyens de subsistance ruraux, et ce sont les populations les plus vulnérables qui en subissent les conséquences de manière disproportionnée. Étant donné que les vagues de chaleur extrêmes sont prévisibles, le renforcement des services climatiques et des systèmes d'alerte précoce, associés à des actions préventives, représente une opportunité cruciale. Il est également clair que l'adaptation a ses limites. Alors que les températures moyennes mondiales sont sur le point de dépasser le seuil de réchauffement de 1.5 °C fixé par l'Accord de Paris, l'urgence d'agir en matière d'adaptation et d'atténuation ne fait que croître. La seule solution durable pour protéger l'avenir des systèmes agroalimentaires mondiaux face à la menace croissante des vagues de chaleur extrêmes réside dans une stratégie multilatérale ambitieuse d'atténuation du changement climatique.

18. Phénotypage cellulaire des cultures pour les climats futurs
Shabala, S. et al. New Phytologist · 1 publication · 12 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Nous soutenons que les méthodes de phénotypage actuelles, bien qu'excellentes pour la validation fonctionnelle de caractères précédemment découverts, présentent une valeur prédictive limitée en biologie du stress. Nous proposons également que combler le fossé entre les technologies omiques et le phénotypage soit indispensable pour comprendre le fonctionnement cellulaire spécifique des gènes clés conférant la tolérance au stress et pour les intégrer aux programmes de sélection. Des exemples pratiques d'utilisation d'outils de phénotypage cellulaire, tels que les colorants fluorescents ou les méthodes électrophysiologiques, sont présentés, et les limites actuelles ainsi que les perspectives du phénotypage cellulaire sont discutées.

19. Les réponses sensibilisées aux signaux de dommages induisent une résistance aux mycorhizes chez les plants de tomates. ????
Minchev, Z. et al. Journal de botanique expérimentale · 1 publication · 9 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Les champignons mycorhiziens arbusculaires établissent des associations mutualistes avec les racines de la plupart des plantes vasculaires, renforçant ainsi leur immunité et activant la résistance induite par la mycorhize (RIM). La RIM est un mécanisme crucial de protection des plantes contre une grande variété d'agresseurs, médié par l'amorçage des réponses de défense dépendantes du jasmonate. Cependant, le rôle de la perception des dommages endogènes dans la RIM reste inexploré. Nous avons émis l'hypothèse qu'une reconnaissance différentielle des signaux de dommages endogènes contribue à la RIM chez les plants de tomate. Pour tester cette hypothèse, nous avons comparé les réponses de plants de tomate mycorhizés et non mycorhizés après application d'oligogalacturonides (OG), un signal de dommages dérivé de la paroi cellulaire.

20. La manipulation des hormones végétales influe sur la tolérance aux embruns salés, ce qui empêche l'herbivorie d'être un facteur d'adaptation locale chez la mimule jaune. Mimulus guttatus ????
Péage, K. et al. Journal de biologie évolutive · 1 publication · 11 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Un défi majeur en biologie évolutive consiste à identifier les agents sélectifs et les phénotypes sous-jacents à l'adaptation locale. Cette adaptation, le long de gradients environnementaux, peut résulter de compromis entre les ressources allouées à la reproduction, à la croissance et à la résistance aux herbivores. Afin d'identifier les agents environnementaux de la sélection et leurs cibles phénotypiques, nous avons mené une expérience de transplantation réciproque en milieu naturel, en utilisant des écotypes côtiers vivaces et continentaux annuels de la mimule jaune commune (Mimulus guttatus).

Image de couverture: Arabidopsis thaliana by Benjamin Wright / iNaturaliste CC BY-NC