Science partagée : 29er août

Voici le récapitulatif de cette semaine. Trouver une image pour illustrer les articles peut parfois s'avérer difficile. Par exemple, je voulais chercher des photos de prairies, mais beaucoup se concentrent sur le prédateur caché dans l'herbe. Cependant, une recherche de Andropogon Cette photo montre une silhouette se détachant sur une aurore boréale. Comme d'habitude, les articles payants sont signalés par un 💰 ; les autres sont en accès libre au moment de la consultation.

1. La destruction des prairies entraîne des modifications des caractéristiques des plantes qui persistent pendant la période de régénération. ????
Nerlekar, AN et al. Actes de l'Académie nationale des sciences · 2 publications · 53 mentions J’aime · 27 partages sur Bluesky

Nous avons synthétisé les données relatives aux caractéristiques de 742 espèces végétales issues de 24 études menées sur six continents afin de comprendre comment les espèces végétales indicatrices des prairies anciennes et secondaires se comparent en termes de caractéristiques. Comparées aux plantes des prairies anciennes, celles des prairies secondaires étaient plus hautes et présentaient des feuilles plus riches en azote, une surface foliaire spécifique plus importante et une teneur en matière sèche plus faible.

2. La voie de signalisation TOR–NOT4 couple la traduction au contrôle qualité co-traductionnel chez les plantes
Schwarze, MA et al. Communications Nature · 1 publication · 42 mentions J’aime · 21 partages sur Bluesky

La synthèse protéique doit être étroitement coordonnée avec le contrôle qualité pour prévenir le stress protéotoxique. Cependant, les mécanismes sous-jacents à la surveillance co-traductionnelle chez les plantes, et leur alignement avec la traduction, restent mal compris. Dans cette étude, nous avons identifié trois ligases d'ubiquitine E3 de type NOT4 chez Arabidopsis thaliana comme régulateurs du contrôle qualité co-traductionnel des protéines et mis en évidence un lien fonctionnel entre NOT4 et la voie de signalisation TARGET OF RAPAMYCIN (TOR), qui coordonne la capacité de contrôle qualité avec la traduction.

3. Plantes herbacées dans les écosystèmes forestiers : Cent questions fondamentales et appliquées
Radhamoni, HVN et al. Journal des sciences de la végétation · 1 publication · 22 mentions J’aime · 13 partages sur Bluesky

Face à ce manque de connaissances et conscients de l'importance cruciale d'élargir et de rationaliser le champ de la recherche sur les plantes herbacées forestières, nous avons entrepris d'identifier 100 questions fondamentales et appliquées relatives à l'écologie de ce groupe végétal particulier. Nous avons d'abord mené une enquête largement diffusée en ligne auprès de la communauté écologiste, ce qui a permis de recueillir 130 questions. Nous avons ensuite organisé un atelier de trois jours réunissant des chercheurs spécialistes des plantes herbacées et de divers écosystèmes forestiers. Au cours de cet atelier, les questions ont été affinées par de multiples échanges, révisions et reformulations.

Martin Dovciak🌳🌱🌻 @dovciak-lab.bsky.social · sur Bluesky

🌿 Nouvelle publication ! La strate herbacée forestière peut représenter jusqu'à 80 % de la diversité végétale, et pourtant elle reste sous-étudiée.

Je suis heureux d'avoir contribué à cette collaboration menée par Yale, qui a permis d'identifier 100 questions pour faire progresser l'écologie de la strate herbacée forestière.

Qu'avons-nous manqué?

🔗 onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10....

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4. Prédiction de la complexité des organismes végétaux basée sur l'annotation des facteurs de transcription : une approche par l'IA
Varshney, D. et al. bioRxiv · 1 publication · 16 mentions J’aime · 11 partages sur Bluesky

L'évolution de la complexité morphologique reste encore mal comprise. Si des études chez les algues, les plantes et les animaux montrent que la diversification du répertoire des facteurs de transcription (FT) est à l'origine de l'évolution de la complexité des organismes, de nombreux exemples de lignées suivent leur propre voie d'évolution de la complexité, par exemple par l'expansion de certaines familles… Dans cette étude, nous étendons un jeu de données précédemment disponible sur le nombre de types cellulaires, passant de 12 à 82 protéomes, et proposons un schéma d'organisation corporelle à quatre classes.

5. Plus rapides, plus vastes, plus dévastateurs : la propagation extrême des feux de forêt prépare le terrain à des changements dans l'écosystème forestier de l'ouest et de la région boréale de l'Amérique du Nord.
Coop, JD et al. Science Advances · 1 publication · 25 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Un nombre relativement restreint d'incendies de forêt à propagation rapide ravagent des superficies disproportionnées. Mais au-delà de la superficie brûlée, ces incendies rapides engendrent-ils des conséquences écologiques spécifiques après le sinistre ? Dans cette étude, nous mesurons les taux de croissance linéaire quotidiens des incendies et évaluons les relations entre leur propagation, leur gravité et des indicateurs de résilience du paysage après incendie, à partir de 3 499 incendies survenus entre 2012 et 2023 dans des forêts dominées par les conifères au Canada et dans l'ouest des États-Unis.

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6. Le facteur de transcription ORF2 du virus Botrytis X supprime le silençage de l'ARN de manière restreinte par un déclencheur et est associé à une expression altérée des gènes de type Dicer. Botrytis cinerea
Lalany, F. et al. bioRxiv · 1 publication · 15 mentions J’aime · 9 partages sur Bluesky

L'interférence ARN (ARNi) est un mécanisme de défense antiviral essentiel chez les champignons. Pourtant, relativement peu de suppresseurs du silençage de l'ARN (VSR) mycoviraux ont été caractérisés fonctionnellement, notamment chez les hôtes phytopathogènes. Le virus Botrytis X (BVX), un virus à ARN de polarité positive appartenant à la famille des Alphaflexiviridae, infecte Botrytis cinerea et code pour cinq cadres de lecture ouverts (ORF) prédits, dont la plupart ont des fonctions inconnues. Dans cette étude, nous avons criblé les ORF 2 à 5 du BVX pour leur activité de suppression du silençage de l'ARN à l'aide de tests complémentaires basés sur la GFP chez Nicotiana benthamiana et examiné le candidat le plus prometteur chez le champignon hôte B. cinerea.

7. Palette — un système de visualisation des niveaux d'expression des gènes cibles chez les orchidées ????
Yang, Z. et al. Physiologie végétale · 1 publication · 15 mentions J’aime · 9 partages sur Bluesky

En mélangeant deux types de pigments végétaux, à la manière d'un artiste mélangeant des couleurs sur une palette pour créer de nouvelles couleurs de fleurs grâce à de multiples méthodes de transformation génétique, cette recherche fournit un système visible pour suivre l'expression des gènes chez les orchidées.

8. Impact de l'azote sur les champignons ectomycorhiziens : de l'échange de ressources au cycle du carbone forestier
Cox, F. · Journal de botanique expérimentale · 1 publication · 11 mentions J’aime · 8 partages sur Bluesky

L'azote inorganique (N) influence la composition et le fonctionnement des communautés fongiques ectomycorhiziennes (ECM). Les recherches mettent régulièrement en évidence le rôle déterminant des caractéristiques fongiques liées à l'utilisation du carbone (C) dans la sensibilité des champignons à des concentrations élevées d'azote inorganique. Les champignons ECM les plus exigeants en carbone voient leur population diminuer le long des gradients de concentration d'azote inorganique. Ce déclin est souvent attribué à une réduction de l'allocation de carbone des arbres hôtes à leurs symbiotes fongiques. Cependant, les mécanismes précis sous-jacents à cette réduction restent mal compris, malgré d'importants efforts de recherche. Cet article examine les avancées récentes dans ce domaine, en soulignant le rôle des besoins nutritionnels des champignons et de la dynamique source-puits dans la régulation des flux de carbone vers les champignons ECM.

Journal de botanique expérimentale @jxbotany.bsky.social · sur Bluesky

🌲 AVIS D'EXPERT 🌲

Discussion des avancées récentes concernant la manière dont les échanges de ressources entre les plantes et les ectomycorhizes peuvent influencer la réponse des communautés fongiques ectomycorhiziennes à la disponibilité en azote, ainsi que leurs effets sur le cycle du carbone forestier - Filipa Cox

🔗 doi.org/10.1093/jxb/...
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9. Les endosymbiontes bactériens augmentent la virulence des champignons en perturbant le rhizobiome suppresseur de la maladie. ????
Zhou, X. et al. · Hôte de cellule et microbe · 1 publication · 13 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Les mécanismes par lesquels les endosymbiontes bactériens (bactéries vivant à l'intérieur de cellules fongiques) améliorent la capacité de survie et la virulence des champignons pathogènes restent mal compris. Nous montrons ici que le pathogène responsable du flétrissement fusarien de la tomate… Fusarium oxysporum F. sp. lycopersici (FOL) hôtes Achromobacter endosymbiontes spp. qui augmentent la virulence fongique.

10. Immunité atypique induite par l'eau extracellulaire chez les plantes
Gaudreault-Lafleur, F. et coll. · bioRxiv · 2 publications · 14 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Un mécanisme de virulence observable clé, utilisé par de nombreux agents pathogènes microbiens pour provoquer des maladies, consiste à induire un microenvironnement riche en eau dans l'espace extracellulaire (l'apoplaste) de leur hôte, appelé lésions gorgées d'eau. Compte tenu de l'omniprésence de ce mécanisme de virulence, nous avons cherché à déterminer si les plantes réagissent à l'eau extracellulaire induite par les agents pathogènes en activant leurs programmes immunitaires.

11. Les mécanismes de tolérance à la dessiccation dans la lignée verte et au-delà
Schuster, J., VanBuren, R. · New Phytologist · 1 publication · 15 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Nous synthétisons ici nos connaissances actuelles sur les origines évolutives et les mécanismes fondamentaux qui sous-tendent la tolérance des plantes à la dessiccation, et nous les situons dans un contexte comparatif plus large à travers les règnes.

12. Vit dans un gramme de sol : relier la biologie du cycle de vie à l'écologie du sol
van Gestel, J. · Le Journal ISME · 1 publication · 14 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Dans cet essai, je me penche sur les cycles de vie microbiens présents dans les sols. À partir d'un simple gramme de sol prélevé sur notre campus, j'explore les fondements conceptuels de la biologie des cycles de vie, la manière dont ces cycles émergent au sein de leur environnement et leurs interactions entre les espèces.

13. Profil transcriptomique d'un pathogène bactérien sous immunité végétale ????
Nobori, T. et al. · Actes de l'Académie nationale des sciences · 1 publication · 20 mentions J’aime · 4 partages sur Bluesky

Dans cette étude, nous avons mis au point deux méthodes d'analyse du transcriptome bactérien in planta par séquençage d'ARN. L'analyse de 27 combinaisons de mutants d'immunité végétale et de souches de Pseudomonas syringae nous a permis d'identifier des signatures transcriptomiques bactériennes spécifiques influencées par l'activation immunitaire des plantes.

14. La modélisation métabolique facilite la conception de communautés synthétiques en simplifiant les communautés microbiennes naturelles. ????
Lin, X. et al. Microbiologie environnementale · 1 publication · 13 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Les communautés microbiennes naturelles présentent généralement des compositions complexes et des interactions métaboliques mal comprises, ce qui limite leurs applications. La clarification de ces interactions complexes au sein des communautés microbiennes représente un défi pour les méthodes expérimentales traditionnelles. Nous avons donc développé une approche de simulation pour concevoir des communautés synthétiques (SynComs) en simplifiant les communautés microbiennes complexes grâce à la modélisation métabolique.

15. De l'eau à la terre : évolution des répertoires de gènes d'ARNt chez les organismes photosynthétiques
Hummel, G. et al. Le Journal EMBO · 1 publication · 9 mentions J’aime · 7 partages sur Bluesky

Les eucaryotes photosynthétiques ont subi des transitions évolutives des milieux aquatiques aux milieux terrestres, accompagnées de modifications de l'organisation du génome et de la régulation des gènes. Pourtant, l'évolution des répertoires de gènes d'ARN de transfert (ARNt) a été peu étudiée malgré leur rôle central dans la traduction. Dans cet article, nous passons en revue la diversification du contenu, de la structure et de l'organisation génomique des gènes d'ARNt au sein des lignées photosynthétiques, principalement les Archaeplastida, et la manière dont ces changements sont liés aux transitions évolutives.

16. Repenser les protéines liées à la pathogenèse : des moteurs de l’immunité végétale aux nœuds d’intégration de la résilience au stress
Mudher Abu-Altemen, W., Castroverde, CDM · Journal de botanique expérimentale · 1 publication · 11 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Traditionnellement considérées comme des protéines de défense contre les infections pathogènes, les protéines PR (protéines liées à la pathogenèse) regroupent 19 familles diverses, incluant des enzymes de défense (glucanases, chitinases, nucléases, protéases), des peptides antimicrobiens, des inhibiteurs enzymatiques et des protéines génératrices d'espèces réactives de l'oxygène (ROS). Si leur importance lors de stress biotiques est bien établie, des recherches émergent sur leur régulation dynamique et leurs rôles fonctionnels face aux stress abiotiques, tels que la salinité, la sécheresse, l'exposition aux métaux lourds, les variations de température et les inondations. En synthétisant les connaissances récentes et les lacunes importantes, nous proposons que les protéines PR constituent des nœuds d'intégration globale du stress chez les plantes, reliant les réponses aux stress abiotiques et biotiques.

17. La reprogrammation, dépendante du fer, de la signalisation des récepteurs des peptides associés aux dommages coordonne l'immunité et l'adaptation au stress phospholipidique.
Tsuchida, N. et al. · bioRxiv · 1 publication · 11 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

L'adaptation des plantes à la limitation en phosphate inorganique (Pi) implique une reprogrammation importante du développement et du métabolisme, désignée collectivement sous le terme de réponse à la carence en phosphate (RCP). La manière dont les plantes équilibrent l'acquisition des nutriments et leur compétence immunitaire reste encore mal comprise. Nous montrons ici que la RCP remodèle sélectivement la signalisation des récepteurs de reconnaissance de motifs (PRR) chez Arabidopsis thaliana.

18. Techniques et défis liés à l'étude de la diversité photosynthétique chez les plantes vasculaires submergées d'eau douce
Loew-Mendelson, E. et al. · Applications en sciences végétales · 2 publications · 8 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Bien que la diversité photosynthétique des plantes aquatiques rivalise avec celle des espèces terrestres, les conditions environnementales qui la sous-tendent diffèrent fondamentalement. Malgré ces différences, les plantes aquatiques et terrestres ont développé de manière convergente des mécanismes de concentration du carbone (MCC). Cependant, la caractérisation de ces mécanismes chez les plantes submergées est restée en retrait par rapport à celle des systèmes terrestres, en raison des contraintes méthodologiques propres au milieu aquatique. Nous présentons ici une synthèse et une évaluation des méthodes actuelles de détection des MCC chez les plantes aquatiques.

19. Un protocole simple de transformation par perforation des graines pour le mil perlé et le mil à doigts
Moin, M., Tyagi, W., Sreevarshitha, G. · AoB PLANTS · 1 publication · 11 mentions J’aime · 5 partages sur Bluesky

Le mil perlé et le mil à doigts présentent des difficultés d'adoption des techniques de transgénèse ou d'édition génomique en raison de leur résistance intrinsèque aux protocoles de transformation génétique. Afin de pallier ces limitations, la présente étude vise à optimiser le protocole de transformation génétique du mil perlé et du mil à doigts.

20. Un complexe récepteur de surface cellulaire STRUBBELIG–NHL3 intervient dans la réponse à une carence en cellulose chez Arabidopsis.
Boikine, R. et al. Nature Plants · 1 publication · 8 mentions J’aime · 6 partages sur Bluesky

Le remodelage de la paroi cellulaire suite à la rupture de son intégrité par inhibition de la biosynthèse de la cellulose dépend de la kinase réceptrice STRUBBELIG (SUB) et de son partenaire de liaison QUIRKY (QKY). Nous avons identifié la protéine NHL3 (NON-RACE SPECIFIC DISEASE RESISTANCE/HIN1 HAIRPIN-INDUCED-LIKE protein 3) comme un facteur supplémentaire impliqué dans la réponse d'inhibition de la biosynthèse de la cellulose dépendante de SUB.

Image de couverture: Andropogon gerardi by -Rorey- / iNaturaliste CC BY