L'auto-incompatibilité (SI) basée sur la S-RNase se produit chez les Solanaceae, les Rosaceae et les Plantaginaceae, les S-RNases déterminant la spécificité du rejet du pollen dans le pistil et S-locus F-box protéines remplissant cette fonction dans le pollen. McClure et al. présenter la génétique du SI et décrire brièvement les caractéristiques des S-RNases et des protéines de la boîte F du pollen. Deux mécanismes alternatifs ont été proposés dans lesquels la compatibilité s'explique soit par la dégradation de la S-RNase non-soi, soit par sa compartimentation afin qu'elle n'ait pas accès au cytoplasme du tube pollinique. Ces modèles ne sont pas nécessairement mutuellement exclusifs, mais chacun fait des prédictions différentes quant à savoir si la compatibilité ou l'incompatibilité du pollen est la valeur par défaut.