Les champignons mycorhiziens sont nécessaires à la germination et à l'établissement des semis chez les orchidées, de sorte que les associations peuvent être impliquées dans la détermination de l'hybridation entre les espèces. Jacquemyne et al. montrent que chez trois espèces du genre Orchis (O. anthropophore, O. militaire et O. purpurée) les graines provenant de croisements hybrides germent facilement dans le champ, et les protocormes montrent un chevauchement dans les associations mycorhiziennes avec leurs parents respectifs. Ainsi, les associations semblent contribuer peu à l'isolement reproductif chez ces espèces.