Cacahuètes ou arachides (Arachis hypogée) sont originaires d'Amérique du Sud mais sont aujourd'hui une culture vivrière majeure dans le monde, avec une production annuelle d'environ 38 millions de tonnes. Ils sont cultivés dans toutes les régions tropicales et subtropicales, mais sont plus importants en Asie et en Afrique. Au sein des légumineuses Papilionoïdes, l'arachide appartient aux Dalbergioïdes, un clade séparé de la plupart des autres légumineuses économiquement importantes (pois et haricots) par environ 55 millions d'années d'évolution. Ils ont 2n = 20 comme numéro de chromosome ancestral et la plupart Arachis les espèces ont 2n = 2x = 20 chromosomes, mais A. hypogée est une exception en ayant 40 chromosomes. C'est un allotétraploïde récent, très probablement issu de l'hybridation de deux espèces sauvages suivie d'une duplication chromosomique naturelle.

Un article récent dans Annals of Botany étudie l'évolution de la A. hypogée génome, en se concentrant sur sa composante hautement répétitive. Les auteurs constatent qu'une proportion substantielle du contenu répétitif semble être expliquée par relativement peu de rétrotransposons à répétition terminale longue (LTR) et leurs copies tronquées. Les rétrotransposons décrits sont tous transcrits, bien que les niveaux soient faibles. Ils concluent que l'activité de ces rétrotransposons a été un moteur très important de l'évolution du génome depuis la divergence des génomes A et B de l'arachide.

C'est une caractéristique intrigante des génomes eucaryotes que les gènes qui ont la plus grande signification fonctionnelle n'occupent qu'une petite fraction de l'ensemble ; l'ADN répétitif occupe la majeure partie du génome et détermine la structure à grande échelle des chromosomes. La fraction répétitive des génomes végétaux a peut-être été la plus étudiée dans les génomes des céréales, où l'activité de rétrotransposon a entraîné une variation de la taille des génomes des céréales. Des travaux antérieurs estimaient que les génomes de l'arachide A et B divergeaient d'environ 3–3·5 Mya. Ce n'est que très récemment qu'ils ont été rachetés ensemble par un événement de polyploïdie, probablement à l'époque préhistorique. Cette étude montre qu'une proportion substantielle de la composante hautement répétitive du génome A de l'arachide est représentée par relativement peu de rétrotransposons LTR. Trois des éléments les plus abondants sont non autonomes, et deux d'entre eux semblent héberger des ORF « auto-stop », dans un cas avec une fonction liée au rétrotransposon, et dans l'autre avec une fonction biologique qui reste à identifier. Les rétrotransposons et autres ADN répétitifs ont joué un rôle important dans le remodelage du génome, en particulier dans les régions intergéniques, au cours de l'évolution.