Les taux de substitution des gènes des chloroplastes et des mitochondries montrent parfois d'énormes variations chez les plantes parasites, mais on ne sait pas si cela est également vrai pour les gènes codant pour les protéines nucléaires. Su et Hu étudier six gènes codant pour des protéines de deux Balanophore espèces par rapport à certaines espèces hémiparasites de Santalales et à des eudicots de base autotrophes. Les résultats suggèrent cinq des gènes codant pour les protéines nucléaires de l'holoparasite Balanophore évoluent à un rythme beaucoup plus lent que l'ADNr 18S et les mitochondries tapisR. Bien que le mécanisme derrière cette hétérogénéité de taux ne soit pas clair, ces séquences sont des candidats potentiels pour une future analyse phylogénétique des Balanophoraceae.