Le codage informatique devient une compétence de plus en plus importante dans la recherche biologique. Des scripts personnalisés écrits dans des langages de programmation informatique permettent aux écophysiologistes des plantes de modéliser les processus des plantes et d'adapter les modèles aux données à l'aide de techniques statistiques avancées. Le codage permet des analyses cohérentes, reproductibles, transparentes et évolutives des données scientifiques, tout en minimisant les heures de travail humain par rapport à l'utilisation de logiciels pré-emballés. Cependant, de nombreux écophysiologistes manquent de formation formelle en programmation. En conséquence, la plupart des analyses écophysiologiques publiées reposent encore sur des méthodes basées sur des tableurs plutôt que sur un code informatique. Celles-ci sont souvent chronophages, subjectives et sujettes aux erreurs. Par exemple, des modifications cryptées dans les feuilles de calcul peuvent se produire au fil du temps sans enregistrement des modifications, ce qui peut entraîner des erreurs aggravantes. De plus, les outils de feuille de calcul tombent souvent en panne, nécessitant l'utilisation d'une nouvelle feuille de calcul non modifiée pour chaque analyse.

Le package R {photosynthèse} a été créé par Stinziano et al. suivant leurs huit principes de codage résilient. Crédit image : Stinziano et al.

Dans leur nouvel article Editor's Choice publié dans AoBP, Stinziano et al. identifier huit principes pour aider les écophysiologistes végétaux sans grande expérience en programmation à écrire du code résilient. Ces principes sont illustrés à l'aide d'un nouveau progiciel R appelé {photosynthèse}. L'objectif de ces principes est de faire progresser la découverte scientifique en écophysiologie végétale en facilitant l'utilisation du code pour la simulation et l'analyse des données, la reproduction des résultats et l'intégration rapide de nouvelles connaissances biologiques et d'outils analytiques.

Stinziano et al.Les principes de codage résilient de couvrent (i) une nomenclature normalisée, (ii) une cohérence dans le style, (iii) une modularité/extensibilité accrue pour faciliter l'édition et la compréhension, (iv) l'évolutivité du code pour une application à de grands ensembles de données, (v) des contingences documentées pour la maintenance du code, (vi) une documentation pour faciliter la compréhension de l'utilisateur, (vii) des didacticiels complets et (viii) des tests unitaires et des analyses comparatives. Le package {photosynthèse} implémente ces principes pour l'échange de gaz et l'ajustement et la modélisation des courbes hydrauliques. Les auteurs soulignent que l'adoption de tout ou partie de leurs principes améliorera la reproductibilité du code et contribuera à faire avancer la découverte scientifique, sans prescrire de manière rigide comment les écophysiologistes des plantes devraient faire leur travail. Aller de l'avant en tant que communauté, Stinziano et al. soutiennent que nous devrions adopter un ensemble de principes et de directives de codage pour créer un code aussi flexible que la biologie que nous étudions. Ils déclarent : « il sera plus facile pour les nouveaux stagiaires et les codeurs débutants d'apprendre, de comprendre et d'écrire du code pour la communauté ; et il sera plus facile d'adapter le code existant à nos projets.

Pour plus d'informations sur le package R {photosynthèse}, veuillez visiter le package GitHub référentiel.

ARTICLE DE RECHERCHE

Stinziano, JR, Roback, C., Sargent, D., Murphy, BK, Hudson, PJ, Muir, CD, 2021. Principes de codage résilient pour les écophysiologistes des plantes. AoB PLANTS. https://doi.org/10.1093/aobpla/plab059