Titre du livre de Ben Goldacre Je pense que vous trouverez que c'est un peu plus compliqué que ça, pourrait facilement être considérée comme une devise pour la botanique. Un exemple que j'ai vu aujourd'hui est un article d'opinion dans Molecular Plant Pathology qui examine ce que font les protéines effectrices des phytopathogènes.
Nick Snelders et ses collègues demandent si nous devrions examiner protéines effectrices de phytopathogènes en tant que manipulateurs de microbiomes hôtes, et en cours de route si nous devrions adopter un point de vue différent sur ce que sont les effecteurs.
Si vous vous demandez ce qu'est un effecteur, Snelders et al. dites : "Selon les définitions initiales les plus étroites, les effecteurs sont de petites protéines riches en cystéine qui fonctionnent par la manipulation des réponses immunitaires des plantes." Ce qui se passe, c'est qu'un microbe veut envahir une plante, mais cela ne sert à rien s'il est garanti qu'il sera tué dans le processus. Donc, ce qu'il fait, c'est sécréter des molécules pour interférer avec l'immunité des plantes.
Si vous en savez plus sur la phytopathologie que moi (presque tout le monde), alors vous ne serez pas satisfait de cette définition. Snelders et ses co-auteurs notent que ces molécules font bien plus que simplement affecter l'immunité, et qu'il existe d'autres types de molécules que les agents pathogènes utilisent pour combattre la plante. Ils notent donc plutôt que : "les effecteurs doivent être définis comme des molécules sécrétées par des microbes qui contribuent à la colonisation de niche".
Ils ne mentionnent pas les plantes dans cette nouvelle définition, et ce n'est pas un hasard.
Il est facile de se concentrer sur l'interaction plante-pathogène, c'est probablement la raison pour laquelle nous nous intéressons au microbe en premier lieu, mais ce n'est pas la seule interaction que le pathogène a. Il y a probablement toute une communauté microbienne autour des racines d'une plante, et c'est une compétition pour les ressources. Au lieu de chercher des effecteurs de l'immunité des plantes, Snelders et al. soutiennent que nous devrions rechercher trois types d'effecteurs. Le premier est évidemment les effecteurs ciblés sur les plantes. Il y en a un second, destiné aux plantes et aux microbes. L'exemple qu'ils donnent est l'effecteur Zt6 du pathogène du blé Zymoseptoria tritici.
La dernière catégorie qu'ils ont sont les effecteurs qu'un agent pathogène vise d'autres microbes. Ils soulignent que l'affaiblissement d'une plante en supprimant une partie de son support microbien pourrait indirectement favoriser la colonisation de la nouvelle plante.
Je peux voir que c'est une idée parfaitement raisonnable, mais elle semble aussi beaucoup plus difficile à étudier. Cela signifie que regarder la plante ne suffit plus et qu'il y a beaucoup de diversité à aborder pour examiner les interactions microbe-microbe. Ce qui rend l'article plus qu'intéressant, c'est que les auteurs reconnaissent que cela ressemble à un problème, mais ils montrent également comment vous pourriez vous y prendre.
"Par la suite, des cribles fonctionnels visant à déterminer leur effet direct sur d'autres microbes devraient révéler si les candidats effecteurs ont ou non des capacités potentielles de manipulation du microbiote. Un criblage initial (et potentiellement négligé) à moyen et haut débit pourrait consister à tester d'abord si les protéines candidates peuvent être exprimées dans des systèmes d'expression recombinants procaryotes ou eucaryotes. Notre découverte récente de l'effecteur multifonctionnel Zt6 de Z. tritici provenait initialement de notre incapacité à exprimer la protéine recombinante pleine longueur dans l'un ou l'autre Escherichia coli or pichia pastoris systèmes d'expression, potentiellement en raison de la toxicité (Kettles et al., 2017).
Étudier cela signifie que nous avons une meilleure idée de la façon dont les agents pathogènes attaquent les plantes, mais Snelders et ses collègues concluent avec une autre idée. Ces effecteurs sont toxiques pour les microbes, alors comment les agents pathogènes – qui sont eux-mêmes des microbes – leur survivent-ils ? Si vous pouvez comprendre la biochimie autour de cela, alors vous pouvez commencer à faire de nouvelles avancées dans le contrôle des agents pathogènes.
Les deux articles ci-dessous sont en libre accès, donc cela vaut la peine de les visiter si les agents pathogènes sont votre truc. Le document MPP est un peu trop nouveau pour que le DOI fonctionne, donc une fois qu'il sera en ligne, je mettrai à jour le message et supprimerai cette phrase. En attendant, il y a un lien direct vers le papier.
