Si vous pensez que j'ai été dépassé par certaines discussions, alors attachez-vous. D'habitude, je couvre les articles de génomique très lentement.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=401https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169589147276894210
Ana Caicedo ouvert en regardant le riz de mauvaises herbes ou le riz rouge. C'est un concurrent du riz cultivé, et réduit les rendements. Les progéniteurs possibles du riz nuisible pourraient être le riz sauvage pré-domestiqué ou les taches de riz domestiqué. Ce que Caicedo a découvert, c'est que le riz nuisible est un exemple d'évolution récurrente. Il revient sans cesse du riz domestiqué avec relativement peu de modifications génétiques nécessaires à l'émergence de caractères de mauvaise herbe. C'est un exemple de dé-domestication.
https://twitter.com/zoemig/status/1169592619401469952
Les plantes que nous appelons riz adventice partagent des caractéristiques similaires. Caicedo s'est concentré sur l'égrenage. C'est un caractère adventice utile, qui a été éliminé du riz domestiqué. La réapparition de l'égrenage n'est pas une réversion d'un allèle domestiqué. Ils l'ont développé de manière novatrice.
L'éclatement du riz dépend de la formation d'une zone d'abscission. C'est là que le grain se détache lorsqu'il tombe. Tout riz adventice forme une zone d'abscission. L'état ancestral diffère selon les groupes de riz nuisibles. Même avec une zone d'abscission, le riz cultivé ne se brise pas et le riz adventice oui.
https://twitter.com/GlobalPlantGPC/status/1169593569440665603
Caicedo et ses collègues croisent des mauvaises herbes avec des cultures ancestrales et observent le résultat. Ils peuvent suivre les QTL et constater qu'ils ne correspondent pas entre les croisements, ce qui suggère que différents gènes déclenchent l'éclatement. Ils ont également constaté que différents gènes étaient exprimés, ce qui corrobore leurs conclusions.
Cela signifie que le shattering est quelque chose que le riz trouve très facile à ré-évoluer. les allèles adaptatifs aux mauvaises herbes proviennent de plusieurs mécanismes, ça va être un problème difficile à combattre.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=1543
Discours de Richard Buggs
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169593894708948992
Après c'était Richard Bugs sur la génomique pour les arbres du futur. « Alors que nous avons besoin de plus d'arbres dans le monde, nous en perdons. »
Comment obtenir plus d'arbres ? Buggs étudie la domestication du blé et la compare à la sélection des arbres. « La sélection des arbres remonte au Néolithique. » C'est un problème bien connu, car les temps de génération sont difficiles à expérimenter. Le frêne a besoin de 10 ans pour se reproduire et de 30 ans pour pousser et produire du bois. L'avantage du frêne réside dans le fait que son génome ne représente qu'un dix-huitième de la taille de celui du blé.
https://twitter.com/JessBTurner/status/1169593882499153922
Il a parlé de trois expériences, toutes sous presse. L'un était un GWAS, avec l'ADN d'arbres malades. Il n'a pas pu obtenir d'ADN d'arbres morts, donc les plus sensibles n'étaient pas dans l'enquête, mais il a obtenu des arbres qui étaient aussi mauvais qu'ils pouvaient pratiquement l'être. Il semblait qu'ils avaient trouvé des gènes qui aidaient à lutter contre le dépérissement du frêne. À l'aide du génome, ils ont tenté de prédire la santé d'un arbre à partir de son ADN. Avec seulement 200 SNP, ils ont atteint une précision de 90 %.
https://twitter.com/zoemig/status/1169595563576352768
Il a également étudié la phylogénomique de la convergence en relation avec l'agrile du frêne. Les arbres asiatiques sont bien meilleurs pour tuer les larves du coléoptère. Étudier les gènes et les cartographier sur la susceptibilité des frênes. Ils ont trouvé trois branches qui ont conduit à la résistance à l'agrile du frêne. Cela laissait espérer trouver une évolution convergente conduisant à la résistance des insectes dans le développement de défenses chimiques. Quinze gènes étaient candidats à la détection et à la signalisation des réponses de défense.
https://twitter.com/JessBTurner/status/1169596456769970176
Enfin, il existe des études de la Genome-Environment Association. Il avait travaillé avec James Borrell sur le bouleau pour ça. Ils ont essayé de rechercher des corrélations entre les SNP et les environnements. Si des correspondances peuvent être trouvées, cela ouvre la possibilité de déplacer les semences pour aider à l'adaptation locale.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=2753
Conférence d'Andrew Groover
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169598421373784064
André Groover est venu ensuite pour parler de la variation des traits dans Populus. La variation génétique est le fondement de l'adaptation d'une espèce, ce qui est important si votre climat change. La plupart des caractères commercialement importants sont quantitatifs. Groover a déclaré que la variation la plus importante sur le plan écologique est également quantitative.
https://twitter.com/zoemig/status/1169598981166551041
Bien que vous puissiez interroger les données génétiques, il y a encore un écart entre les gènes et le phénotype. Groover a souligné que cela s'explique en partie par le fait que vous devez tenir compte de la manière dont les gènes interagissent les uns avec les autres. La variation du nombre de copies peut augmenter la variation en modifiant les cibles des gènes. L'ajout ou la suppression de copies (un peu comme la polyploïdie partielle - je pense) peut ajouter de la variation pour l'étude dans une population. Cela pourrait expliquer beaucoup de variation dans la phénologie, mais moins dans la biomasse.
Populus Les feuilles présentent une variation extraordinaire. Chez certaines espèces désertiques, cette variation peut varier selon les saisons, garantissant ainsi leur adéquation à un environnement donné. L'analyse du dosage génétique des feuilles permet d'identifier les gènes responsables de certains phénotypes.
Groover regardant de près le transport de l'eau dans le bois, où non seulement la quantité de bois mais aussi la morphologie des cellules conductrices d'eau sont modifiées en réponse aux conditions environnementales. Cependant, il y a aussi un fort élément hérité aussi.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=4154
Conférence de Katherine Denby
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169604810531905536
Katherine Deby travaille sur l'amélioration génétique des légumes à feuilles. Outre les problèmes habituels de sous-alimentation et de suralimentation, Denby a souligné le problème du manque de micronutriments, comme la vitamine A.
https://twitter.com/zoemig/status/1169604975447748609
https://twitter.com/KatieField4/status/1169605710528880640
Elle a commencé par parler de la laitue comme d'un problème. Certains agents pathogènes fongiques causent généralement des pertes de 10 %, mais elles peuvent être bien plus élevées. Ces champignons peuvent développer une résistance aux fongicides assez rapidement. Ils constituent une cible difficile, car il n'existe pas de résistance génétique unique contre ces agents pathogènes.
L'équipe a tenté un criblage direct du réseau pour identifier les gènes clés. Cette méthode utilise des données de séries chronologiques de transcriptome. L'étude a examiné les toutes premières réponses pour observer la réaction de la plante. L'équipe de Denby a également étudié l'expression génétique du pathogène afin d'observer sa réaction aux défenses. Elle a constaté que la surexpression des gènes du réseau central confère à la laitue une résistance aux maladies.
Ils ont également étudié la diversité des laitues pour identifier les sources de gènes. Les espèces sauvages apparentées semblent présenter une meilleure résistance à Botrytis cinerea. Bien que vous puissiez identifier des modèles dans les QTL, vous ne pouvez pas passer immédiatement aux gènes.
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169608415435530241
Denby mène également un autre projet sur les légumes-feuilles africains, notamment l'amarante. Il en existe une soixantaine d'espèces, mais leur nombre est sujet à débat. Riches en vitamines et minéraux, elles poussent dans la majeure partie de l'Afrique australe. Ce sont des plantes rustiques, de type C60, résistantes à la sécheresse et appréciées comme condiment. Mais avec l'exode rural, elles abandonnent leur consommation.
Denby cherche à améliorer l'amarante et à encourager les petits exploitants à la cultiver plutôt qu'à la cueillir. Elle a commencé par étudier la diversité de l'amarante et l'efficacité de son utilisation de l'eau, tant sur le plan nutritionnel que sur le plan nutritionnel. Cela permet aux plantes de conserver leurs valeurs nutritionnelles en période de sécheresse. Il est également essentiel que la plante ait un goût agréable.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=5407
Conférence de Zoë Migicovsky
https://twitter.com/trnsitionalform/status/1169609867075739648
Le dernier orateur était Zoé Migicovsky sur la génomique de la domestication de la pomme.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169610224048779264
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169610901525151745
Malus domestica on pense qu'il a été domestiqué à partir de M. sieversii, bien qu'il y ait différences génétiques importantes, en raison de l'introgression d'autres espèces comme le pommetier européen. En regardant les gènes, le pommetier a une plus grande influence sur les pommes à cidre que sur les pommes à manger.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169611233856823297
Elle s'est penchée sur la couleur. Plus tôt cette année, des chercheurs ont trouvé une association entre un rétrotransposon et la couleur rouge. Elle a trouvé la sélection dans la même région du génome.
https://twitter.com/dawngarden/status/1169612044712251397
Une autre étude portait sur les pommes fermes par rapport aux pommes molles, c'est difficile à dire, mais il pourrait y avoir eu une sélection pour les pommes plus fermes. Diversité allélique de NAC18.1 est un déterminant majeur de la fermeté des fruits et de la date de récolte des pommes.
Les pommiers sont multipliés par clonage. Grâce au bouturage et au greffage, il existe très peu, voire aucune, variation génétique entre les cultivars de pommiers. Des variations se produisent sur les branches des bourgeons, et celles-ci peuvent être sélectionnées. Bien que différentes en apparence, elles sont presque identiques génétiquement.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169613287895572481
Il est assez surprenant de constater que neuf des dix pommes les plus populaires sont assez proches. Migicovsky a présenté un diagramme des cultivars de pommiers liés par leurs parents au premier degré. On peut passer d'un cultivar populaire à l'autre en une ou deux étapes seulement. L'exception est la Honeycrisp, une pomme qui n'a pas encore décollé en Europe. Si vous recherchez une pomme diversifiée, optez pour la Honeycrisp.
Il reste beaucoup de travail à faire. La collection de pommes de Nouvelle-Écosse compte un millier d'obtentions. Vous pouvez suivre Zoë Migicovsky sur Twitter à l'adresse @zoémig.
