Le Package d'inférence PHYlogeny, PHYLIP, écrit par Joe Felsenstein (Université de Washington) a atteint le cap des 30 ans. Presque tous les volumes récents de Annals of Botany possède des articles utilisant ce programme pour l'analyse de données, parmi les 32,000 1980 articles le citant publiés depuis XNUMX. Rares sont les logiciels qui ont résisté à l'épreuve du temps sur autant de générations d'ordinateurs ; je l'utilise régulièrement depuis mon doctorat. Développé bien avant les interfaces WIMP (fenêtres, icônes, souris, pointeur), PHYLIP conserve sa simplicité modulaire et sa polyvalence. Le risque de se retrouver avec des erreurs d'entrée et de sortie est bien moindre, aucun algorithme n'est propriétaire, le programme est associé à une abondante littérature et sa documentation est un modèle de clarté. Je suis toujours mal à l'aise avec les grands logiciels d'analyse informatique modernes, qui offrent une protection maximale (ou plutôt une protection limitée ?) contre les algorithmes, et les méthodes PHYLIP s'appuient sur une littérature solide (bien que parfois controversée).
Durant cette période, le Dr Felsenstein a poursuivi l'extension du programme. Outre la documentation, il existe une page Facebook dédiée à Phylip, où il répond à toutes les demandes, des plus simples aux plus complexes. Malgré l'utilisation répandue de PHYLIP et son intérêt pour une large communauté, anti-accusés de réception en bas de la page des crédits constituent également une lecture intéressante, montrant à quel point le financement du développement et de la publication d’une méthode aussi largement utilisée peut être difficile.
Du fait de sa simplicité d'utilisation, j'utilise régulièrement PHYLIP en formation, au niveau élémentaire, via l'une des nombreuses interfaces web, sans téléchargement ni installation. L'une de mes utilisations est présentée à l'adresse suivante : www.BS1008.molcyt.com : les étudiants notent un certain nombre de caractères foliaires d'arbres et d'arbustes, qui classent les conifères (Quercus ilex et Osmanthus) ensemble, puis comparent cela avec les données ADN qui suivent une classification naturelle et les chênes se trouvent ensemble. Une autre application facilement visualisable de PHYLIP pour l'enseignement est d'établir des relations entre les whiskies écossais. Un livre du deuxième plus célèbre Michael Jackson (après, c'est-à-dire, le éditeur de AoB Plants) classe 109 types de whisky de malt différents sur la base de 68 qualités organoleptiques (couleur, nez, corps, palais et finale), et Lapointe et Legendre ont publié une « Classification des whiskies écossais de pur malt ». (Statistiques appliquées. 1994 ; 43(1):237 ; http://dx.doi.org/10.2307/2986124 (archive version du référentiel disponible ici; Les données la matrice pour l'analyse est ici sur le site Web de Pierre Legendre, et il a un autre lien papier sur les matrices de distance entre les whiskies de malt).
Alors joyeux anniversaire PHYLIP, et félicitations à ton créateur.
Modification du 1er décembre : ajout d'un lien vers la matrice de données du whisky de malt (et non du whisky).
Peter Bradbury de l'USDA, Cornell, note également d'autres programmes d'analyse SNP utiles :
GLAND, http://www.maizegenetics.net/tassel EMMA, http://mouse.cs.ucla.edu/ PLINK, http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/ Haplovue, http://www.broadinstitute.org/haploview
Il y a aussi PowerMarker, http://statgen.ncsu.edu/powermarker/ que j'utilise aussi dans les cours et qui permet de coller simplement des données au format Excel.
