La polyploïdie, la duplication de génomes entiers, est une force évolutive importante qui est particulièrement répandue chez les plantes. Une étude récente a révélé que tous les angiospermes ont subi au moins deux cycles de duplication du génome entier ancien en plus de plusieurs événements plus jeunes et spécifiques à la lignée. On pense que ces événements ont été très importants dans la diversification évolutive des plantes à fleurs.
Lin cultivé (usitatissimum) est connu pour avoir subi une duplication du génome entier il y a environ 5 à 9 millions d'années. L'objectif d'une récente étude en Annals of Botany était d'étudier si d'autres événements de duplication du génome entier se sont produits dans l'histoire évolutive du lin cultivé. La connaissance de ces duplications du génome entier sera importante pour comprendre la biologie et la génomique du lin cultivé.
Transcriptomes de 11 Linum espèces ont été séquencées à l'aide de la plateforme Illumina. Les lectures courtes ont été assemblées de novo et le pipeline DupPipe a été utilisé pour rechercher des signatures d'événements de polyploïdie à partir de la répartition par âge des paralogues. De plus, les phylogénies de tous les paralogues ont été assemblées dans une fenêtre d'âge estimée d'intérêt. Ces phylogénies ont été évaluées pour la preuve d'un événement de paléopolyploïdie au sein du genre Linum.
Un événement de paléopolyploïdie jusque-là inconnu qui s'est produit il y a 20 à 40 millions d'années a été découvert et s'est avéré être spécifique à un clade au sein de Linum contenant du lin cultivé (L. usitatissimum) et d'autres espèces principalement à fleurs bleues. La conclusion était étayée par deux sources de données. Tout d'abord, un changement significatif de la pente (pic) a été montré dans la répartition par âge des paralogues qui était phylogénétiquement limité à ce clade et omniprésent dans ce clade. Deuxièmement, un grand nombre de phylogénies paralogues ont été récupérées qui sont compatibles avec un événement de polyploïdie survenant au sein de ce clade.
Les résultats montrent l'utilité de la transcriptomique multi-espèces pour détecter les événements de duplication du génome entier et démontrent que ces multiples cycles de polyploïdie ont joué un rôle important dans la formation de l'histoire évolutive du lin. Comprendre et caractériser ces événements de duplication du génome entier sera important pour l'avenir Linum recherche.
