Les pénotypes d'embryons de conifères clonés peuvent être fortement influencés par un certain nombre de in vitro facteurs et, dans certains cas, la variation clonale peut dépasser celle trouvée dans la nature. par Aderkas et al. étudier des embryons de mélèze hybride, Larix × marschlinsii, et constatent que les embryons zygotiques, qui mûrissent dans l'obscurité à l'intérieur des cônes de graines, n'accumulent jamais de composés phénoliques alors que les embryons cultivés in vitro (c'est-à-dire somatiques) accumulent facilement les composés phénoliques. En revanche, la lumière a un effet négatif sur l'accumulation de protéines. Les embryons somatiques qui mûrissent à la lumière accumulent des composés phénoliques tels que la quercétrine dans leurs capsules racinaires embryonnaires, qui deviennent rouges. Les résultats suggèrent qu'une étude plus approfondie des facteurs abiotiques est nécessaire pour mieux comprendre les événements au cours de l'embryogenèse.