Évaluations de la phylogénie de la classe d'algues vertes Chlorophyceae à l'aide de marqueurs uniques standard, tels que l'ARNr 18S et rbcL, ont généralement été incapables de faire correspondre les arbres robustes produits à partir des analyses des données génomiques des chloroplastes. Buchheim et al. étudier les ordres Chaetophorales, Oedogoniales et Chaetopeltidales et démontrer que l'analyse séquence-structure de ITS2 donne des résultats largement congruents avec ceux des données génomiques. La technique fournit ainsi un complément économique ou une alternative aux approches à marqueur unique utilisées dans la phylogénie des algues vertes.