Quel est votre nom ? Est-ce que tout le monde vous appelle par le même nom partout où vous allez ? Probablement pas, et il en va de même pour les plantes. Les noms que nous donnons aux plantes peuvent varier selon notre relation avec elles, l’usage que nous en faisons, leur lieu de croissance et leurs propriétés. Cet aspect culturel des plantes est une façon simple de se connecter à la nature, que ce soit en partant à la recherche d’une plante spécifique ou simplement en observant une nouvelle plante qui a poussé dans notre jardin. Cependant, les noms communs des plantes peuvent souvent être trompeurs ou se confondre avec les noms communs d’autres plantes. Cela peut poser problème lorsque vous cherchez une « fleur de mai » (Epigaea repens), votre ami pense « Mayflower » (Cardamine pratensis) et votre autre ami pense « Mayflower » (Crataegus laevigata).

Pour communiquer efficacement au sujet d'une plante, une dénomination précise est essentielle. Afin de comprendre certains des problèmes liés aux divergences de dénomination, Botany One a interrogé… Dr Bob Allkin, responsable de programme du Informatique d'utilisation des plantes L'équipe des Jardins botaniques royaux de Kew. Cet entretien a été légèrement modifié pour plus de clarté et de concision.

Vous avez passé une grande partie de votre carrière aux Jardins botaniques royaux de Kew, travaillant à l'intersection de la taxonomie, de l'informatique de la biodiversité et des connaissances utiles sur les plantes. Pourriez-vous nous parler un peu de votre parcours professionnel et de la façon dont vous vous êtes intéressée à la botanique numérique ?

Comme c'est souvent le cas, je crois, dans le parcours professionnel de chacun, mon parcours a été en grande partie le fruit du hasard et d'une opportunité. Je n'avais pas du tout étudié la biologie au lycée, mais j'ai ensuite décidé de m'y intéresser à l'université, et plus particulièrement à la biologie marine. Je me suis inscrite à Queen Mary College, où l'on pouvait combiner des cours de différentes disciplines. N'ayant jamais fait de biologie auparavant, j'avais peur de ne pas réussir à suivre le rythme. J'ai donc intégré des mathématiques, de l'informatique et de la chimie à mon cursus, ce qui m'a permis d'obtenir une double licence. En deuxième et troisième année, je me suis concentrée sur la biologie, mais les mathématiques me venaient naturellement ; c'était mon point fort, et cela m'a ouvert les portes d'un doctorat au Muséum d'histoire naturelle. Mon défi [pendant mon doctorat] était d'améliorer l'utilisation des ordinateurs pour la conception d'outils d'identification.

Depuis des siècles, les botanistes et les zoologistes élaborent des clés d'identification, qui sont en réalité des arbres de décision, une méthode très peu efficace pour organiser l'information. Elles sont inopérantes si, par exemple, la première question est « La plante a-t-elle une fleur blanche ou rouge ? » et que la plante observée n'a pas de fleurs. L'objectif de ces systèmes était de faciliter l'interaction entre l'ordinateur et la personne cherchant à identifier une plante ou un insecte, et de lui permettre de dire : « Je ne connais pas la couleur de la fleur, mais les racines ont cette forme, et je suis en France ; que dois-je donc observer ensuite ? »

Mes recherches étaient davantage axées sur les mathématiques et la logique. Elles portaient sur les caractéristiques d'un bon caractère diagnostique, ou d'un ensemble de caractères, permettant le bon fonctionnement de ce type de systèmes d'identification. Ensuite, je suis partie au Mexique, une expérience qui a transformé ma vie. J'y ai appris à parler couramment une autre langue et j'ai réalisé que la pensée diffère selon les langues. Je suis tombée amoureuse du Mexique et de l'Amérique latine en général. En utilisant les mêmes outils que ceux sur lesquels j'avais travaillé, j'ai constitué une petite équipe dédiée à la création un ensemble de données sur les plantes d'un seul État : Veracruz. 

Je souhaitais fournir aux étudiants et au personnel de l'herbier des outils pour identifier les plantes au moins jusqu'au niveau de la famille et du genre. Ce faisant, j'ai réalisé à quel point la tâche était ardue. Ces outils étaient conçus pour faciliter l'identification des plantes, mais exigeaient un effort considérable de la part des botanistes experts pour saisir leurs informations dans ces formats. Le format de stockage des données était déplorable, si bien que personne ne l'utilisait. Je me suis alors davantage intéressée aux structures de données. 

Cela m'a conduit à un post-doctorat à l'Université de Southampton, où nous avons initialement construit un base de données des Vicieae [désormais la tribu des Fabeae], qui est une tribu de la famille des légumineuses comprenant les pois, les lentilles et les vesces. Nous avons utilisé un logiciel existant pour démontrer que cela était possible pour les 450 espèces, en analysant la chimie, la répartition géographique et la morphologie de ces plantes. Ce projet sur les Vicieae est ensuite devenu un consortium international pour l'ensemble de la famille des légumineuses, et finalement… Base de données et service d'information sur les légumineuses internationalesD'une certaine manière, c'était la première fois que je commençais à réfléchir à qui étaient nos utilisateurs et à ce dont ils avaient besoin. J'étais insatisfait, et je le suis encore aujourd'hui, du manque d'empressement des botanistes à se pencher sur les informations qui pourraient intéresser les non-botanistes et sur la manière dont ils souhaitent que ces informations soient présentées.

Constituer une base de données est évidemment un travail de longue haleine. Ma toute première publication de recherche, basée sur des travaux menés au Mexique, portait sur les multiples usages des données. On ne crée pas une base de données pour un seul objectif et un seul public ; ce serait absurde. Pourtant, je ne pense pas que l’on comprenne pleinement qu’on souhaite faire différentes choses avec ces données, ce qui a aussi des implications sur la manière de les stocker et sur le choix des mots.

J'aime prendre l'exemple d'un guide d'identification des plantes que ma grand-mère pourrait comprendre. Elle avait un poinsettia dans notre salon. Pour elle, il avait des fleurs rouges, mais un botaniste dirait bien sûr qu'il n'a pas de fleurs rouges, car ce sont des bractées, et la fleur est minuscule et blanche. Il existe deux versions de cette réalité, et si vous voulez que ce guide d'identification soit efficace, vous devez en tenir compte et réfléchir à la manière de présenter cette information.

J'ai eu le privilège de travailler pour le Département du développement international (DFID) en tant que chargée de coopération technique. J'ai passé un peu plus de cinq ans dans le nord-est du Brésil à gérer un programme au sein des communautés locales, axé sur le développement rural et les moyens d'améliorer les conditions de vie des populations. J'ai été accueillie dans des communautés où nos ONG partenaires étaient déjà bien implantées et animaient des ateliers avec des agriculteurs très compétents en matière de plantes, mais souvent illettrés. Nous avons donc privilégié une communication visuelle et trouvé différentes manières d'entrer en contact avec eux, par exemple en utilisant des cailloux ou des plantes. Lorsqu'on leur demandait de hiérarchiser leurs besoins d'information, les plantes médicinales arrivaient en tête ou en deuxième position. À défaut, il s'agissait de fourrage pour leurs chèvres pendant la longue saison sèche. Il m'est alors apparu clairement que notre communication laissait à désirer. La science et la recherche ne sont utiles que si elles sont communiquées de manière à être comprises par les populations locales. C'est donc sur ce point que nous devons concentrer nos efforts. Tout repose sur la dimension humaine : dialoguer avec les gens et comprendre leurs objectifs plutôt que de faire des suppositions. 

Vous avez participé à d'importants efforts d'organisation et de normalisation des informations botaniques, notamment des travaux sur les plantes utiles, les plantes médicinales et les bases de données botaniques mondiales. Que vous ont appris ces projets sur les forces et les faiblesses de l'infrastructure actuelle de données botaniques ?

Le monde merveilleux des nouvelles technologies offre de nombreuses applications réussies. Après mon doctorat, j'étais très sceptique quant à l'efficacité de ces outils d'identification assistée par ordinateur. Je ne les voyais pas fonctionner, non pas à cause de la diversité des espèces, mais par manque de données. Je m'imaginais une immense matrice de données contenant des descriptions complètes de chaque plante, indispensable avant toute chose. Mais aujourd'hui, grâce aux applications d'identification de plantes sur nos téléphones, une simple photo suffit, et le résultat est bluffant. On constate donc des réussites technologiques, notamment en termes de volume de données et de capacité à les partager à l'échelle mondiale. 

Pendant mon doctorat, j'ai eu la chance de pouvoir emprunter un modem. C'était un gros boîtier en bois dans lequel on insérait le combiné téléphonique et qu'on fixait pour envoyer des informations à un autre ordinateur. Aujourd'hui, nous vivons dans un monde numérique où l'information circule facilement, preuve que la technologie a fait d'énormes progrès. Le problème qui persiste est le manque de sensibilisation des scientifiques et des responsables scientifiques à l'importance des données et à leur pérennité. J'ai vu de nombreux projets de bases de données prometteurs disparaître. On investit énormément d'énergie et d'efforts dans la création d'une base de données, jusqu'à ce que les financements soient épuisés, et cinq ans plus tard, elle a complètement disparu. Je dis à certains de mes collègues de Kew que je peux entrer dans l'herbier et lire les lettres écrites par le directeur en 1880, mais que je ne peux pas accéder aux données d'une base de données créée par un collègue il y a dix ans, car la technologie utilisée n'est plus disponible. Les données ont été encodées, et eux seuls connaissent le code. Chaque fois qu'un projet crée une base de données, il est impératif de veiller à anticiper son évolution future. L'intégration de métadonnées est essentielle, car on ne peut pas gérer les données de la même manière que les spécimens. Je suis fermement convaincu que négliger la protection de nos données nuit à l'humanité. 

L'un de vos projets actuels les plus passionnants est le prochain Plantes pour la santé Portail. Pourriez-vous nous dire de quoi il s'agit, pourquoi il a été créé et quel problème il tente de résoudre ? 

Plantes pour la santé Ce projet est bien plus qu'un simple site web. Le site web n'est qu'un des produits du projet. Par exemple, nous fournissons des services de données construits à partir de ce même ensemble de données, en présentant l'information de différentes manières. Ce projet s'appuie sur un projet antérieur, un service supplémentaire de dénomination des plantes qui fonctionne depuis 14 ans à Kew et que nous avons créé de toutes pièces. Nous n'aurions pu le réaliser qu'à Kew car il s'appuie sur les ressources taxonomiques et nomenclaturales de Kew : Index international des noms de plantes (IPNI); la Liste mondiale des plantes vasculaires (WCVP); Indice Fungorumet Espèce FungorumCe sont des éléments absolument essentiels à notre activité ! 

Elles sont au cœur de toute la gestion des données à Kew, depuis le projet de numérisation jusqu'à l'accès aux informations que nous conservons dans d'anciens herbiers, et ces informations sont partagées via des ressources mondiales, telles que Flore mondiale en ligne or Système mondial d'information sur la biodiversité (GBIF). Ces données essentielles, à savoir les noms scientifiques, leurs synonymes et leur intégration dans une hiérarchie, sont tout aussi importantes pour les personnes travaillant dans d'autres disciplines, mais elles ignorent leur existence. Elles ne font pas la différence entre l'IPNI et le WCVP. Elles consultent l'IPNI en espérant y trouver des informations sur les synonymes, ce qui n'est pas le cas, car cet outil n'a pas été conçu à cet effet. Elles ne savent pas utiliser correctement la nomenclature scientifique. Par « autres disciplines », j'entends notamment les écologues, les forestiers, les spécialistes du développement rural et les professionnels de la santé.

Service de dénomination des plantes médicinales (MPNS), et maintenant Plantes pour la santéNotre site s'adresse clairement aux professionnels de la santé qui utilisent des produits naturels issus de plantes et de champignons. Nous ne sommes pas une encyclopédie de ces espèces, mais un outil de recherche et un index de données provenant d'autres sources. 

Nous avons recensé les noms scientifiques tels qu'ils apparaissent dans ces publications, ainsi que les noms communs, les noms de médicaments et les noms pharmaceutiques, souvent écrits en latin et tirés des pharmacopées. Les noms des plantes médicinales peuvent être très ambigus ; par exemple, une recherche sur le terme « ginseng » révèle l'existence de produits à base de plantes vendus sous des noms contenant ce mot, dérivés de plusieurs sources. 26 plantes différentes Avec des compositions chimiques et des usages différents, cette situation est extrêmement déroutante pour les consommateurs, les organismes de réglementation et les chercheurs. Dans la littérature scientifique, on trouve de nombreuses publications de recherche chimique où il est très difficile de déterminer précisément quelle plante a été étudiée, car les auteurs ne maîtrisent pas la nomenclature scientifique. C'est là que nous intervenons.

Nous nous efforçons de combler le fossé entre les connaissances botaniques et leurs applications médicales. Avec Plants for Health, notre champ d'action est bien plus vaste. Nous incluons également les compléments alimentaires, les nutraceutiques, les nouveaux aliments, les produits de soins personnels et les champignons, qui intéressent un public beaucoup plus large. L'année dernière, MPNS Nous avons atteint pour la première fois le million d'utilisateurs uniques. Nous sommes le deuxième site web le plus visité de Kew, ce qui représente une belle réussite. 

L'impact se traduit par une recherche et une réglementation renforcées. Si vous effectuez une recherche sur Portail MPNS pour « ginseng », vous trouvez 26 plantes alternativesVous pouvez explorer chacune de ces plantes et accéder à toutes les publications la concernant via PubMed, en utilisant l'un de ses 25 synonymes scientifiques. Il est nécessaire de connaître tous ces synonymes pour trouver l'ensemble des données qu'elles contiennent. MPNS s'en charge pour vous. Grâce au portail Plants for Health, vous pouvez extraire des données de PubChem, PubMed et de nombreux autres ensembles de données et collaborateurs. Nous pouvons ainsi présenter des informations issues de sources très diverses sans avoir à tout stocker nous-mêmes. Nous vous donnons simplement accès à l'information.

On trouve en ligne une quantité considérable d'informations sur les plantes médicinales, les remèdes à base de plantes et les produits de santé végétaux, mais leur qualité est extrêmement variable. Comment s'y retrouver ? Plantes pour la santé approche, preuves et fiabilité ?

Je pense que c'est très subjectif. Personnellement, je ne comprends pas bien comment on peut définir la vérité scientifique. Je suis de plus en plus réticent à l'idée de devoir exiger des preuves scientifiques. Cela ne veut pas dire que je les considère inutiles. Je suis scientifique. Je crois qu'il nous faut des preuves que cela fonctionne et comment. 

Pour expliquer ce que je veux dire, en 1900, Pharmacopée brésilienne La pharmacopée brésilienne couvrait initialement les plantes médicinales issues d'une centaine de plantes. Au fil des décennies, ce nombre a diminué progressivement jusqu'à n'en retenir qu'une dizaine dans les années 1980. Cette diminution s'explique par l'exigence croissante des pharmaciens quant au niveau de preuves scientifiques. Ils étaient réticents à inclure une plante pour laquelle les preuves scientifiques étaient insuffisantes. Dès lors, le nombre de plantes répertoriées dans la pharmacopée brésilienne a commencé à augmenter, et il s'agissait principalement de plantes chinoises et européennes, car elles avaient fait l'objet d'études approfondies dans les laboratoires de recherche de ces pays. 

Au Brésil, les médicaments chinois sont facilement disponibles en magasin, reconnus par la Pharmacopée brésilienne, car ces produits bénéficient de recherches approfondies. Cependant, les médecines traditionnelles insuffisamment étudiées n'y figurent pas. Il peut en résulter que des personnes distribuent des plantes médicinales avec de bonnes intentions, mais que celles-ci s'avèrent toxiques. Il existe des mesures simples pour améliorer l'utilisation de ces plantes. J'ai travaillé avec un chimiste exceptionnel, Francisco José de Abreu Matos, au Brésil, qui menait un projet intitulé « Pharmacies vivantes ». Farmácia VivaIls testaient l'efficacité et l'innocuité des plantes et encourageaient leur utilisation. Ils montraient aux gens comment les cultiver et en faire des savons ou des tisanes. La communauté pouvait ensuite utiliser ces produits et en tirer des revenus. Ils pratiquaient déjà cela avant notre arrivée, mais nous avons pu approfondir et enrichir les connaissances scientifiques nécessaires au projet. Je pense donc que la science peut accomplir des choses très simples sans se focaliser excessivement sur la chimie.

Lors de la création de notre base de données, il est essentiel de préciser que nous ne prétendons pas détenir la vérité absolue. L'un des défis rencontrés lors de la conception du portail est de communiquer clairement ce point à nos utilisateurs. Ils pourraient s'attendre à ce que nous leur fournissions l'information la plus fiable, alors que nous ne faisons que relayer les données issues de publications scientifiques reconnues et de la réglementation. Lorsqu'un nom scientifique est mal orthographié dans un texte de loi, nous l'avons relevé. Mes collègues botanistes s'en offusquent, mais ce nom est utilisé dans la législation et continuera de l'être. Il est donc indispensable de l'inclure afin d'orienter les utilisateurs vers le nom correct. Nous incluons également des citations, provenant à la fois d'une publication affirmant qu'une plante est toxique et d'une autre publication déclarant qu'elle ne l'est pas. Présenter ces opinions contradictoires permet à nos utilisateurs de se forger leur propre opinion.

Nous indexons l'information à l'aide d'outils de cartographie pour faciliter la recherche. Si vous souhaitez en savoir plus sur l'utilisation des racines d'une plante pour traiter le paludisme, vous pouvez consulter notre base de données. Cependant, tous les ouvrages, sources de référence ou réglementations que nous avons compilés n'utilisent pas nécessairement les mots « paludisme » ou « racine ». Nous proposons à nos utilisateurs une terminologie simplifiée, ainsi que la formulation exacte de la publication originale. Si une publication affirme qu'une plante est toxique, tandis que d'autres la jugent non, nous présentons les deux sources côte à côte, car la toxicité est un sujet complexe. Notre objectif est simplement de rendre l'information accessible et de permettre à l'utilisateur de l'explorer et de tirer ses propres conclusions. Nous ne supprimons pas les noms communs, car ils font partie intégrante de la langue et de la culture ; il est impossible d'affirmer à quelqu'un que son nom commun est erroné. Ce que ma grand-mère appelait une jacinthe des bois n'est pas une jacinthe des bois en Écosse.

Quels retours d'information les utilisateurs devraient-ils renvoyer vers les bases de données mondiales sur les plantes ?

Cela dépend vraiment de votre objectif et de la portée de la base de données. demander des commentaires Nous analysons les problèmes, les sources essentielles aux secteurs d'activité de nos utilisateurs et celles qui font défaut dans notre base de données. Nous collaborons étroitement avec nos partenaires pour valider et enrichir leurs travaux. Par exemple, une doctorante indonésienne au Royaume-Uni a constitué une immense base de données de 27 000 noms scientifiques différents pour des plantes médicinales utilisées en Indonésie. Notre rôle a consisté à l'aider à les trier. Après avoir supprimé les doublons, les fautes d'orthographe et les synonymes, nous avons abouti à une liste d'environ 6 500 espèces. Elle a ainsi pu concentrer ses efforts de conservation sur ces 6 500 espèces et éviter de consulter la même plante cinq fois sous différents noms. Nous procédons de la même manière pour tous les utilisateurs de notre service. L'un des principaux résultats de Plantes pour la santé Cela se traduit par des ensembles de données améliorés, une prise de décision améliorée, une recherche améliorée, dans le cadre de nombreuses activités menées en partenariat, et c'est très gratifiant. 

Les petits herbiers nationaux sont souvent les plus proches des plantes, des populations et des paysages sur lesquels s'appuient les bases de données mondiales. Comment les ressources numériques mondiales pourraient-elles mieux soutenir, valoriser et tirer des enseignements des collections nationales et locales ?

Il y a des points évidents concernant la langue et les connaissances locales. Pourquoi se concentrer sur les plantes brésiliennes alors que le Brésil regorge de taxonomistes exceptionnels qui les connaissent parfaitement ? Qu'est-ce que Kew peut bien apporter de plus ? Le problème n'est pas tant la diffusion mondiale que le changement de discipline. Lorsque je travaillais dans le nord-est du Brésil, nous étions régulièrement inspectés par le Département du développement international (DFID) pour vérifier la bonne utilisation des fonds publics. Un des consultants qui venait régulièrement, un informaticien et gestionnaire de connaissances très sympathique, m'a offert un de ces t-shirts « Mind the Gap ». J'ai tout de suite compris. Une fois le projet lancé, tout le monde disait : « Bob, comment vas-tu gérer la communication entre le Brésil et l'Angleterre ? Ça va être compliqué ! » Mais il n'y a eu aucune difficulté ! Les taxonomistes britanniques et brésiliens parlaient le même langage. Ils partageaient les mêmes convictions et utilisaient la même terminologie. Les spécialistes du développement rural au Royaume-Uni et au Brésil communiquent parfaitement. Il n'y a aucun problème. Mais lorsqu'on essaie de faire dialoguer un taxonomiste et un spécialiste du développement rural pour qu'ils se comprennent et s'accordent sur les points importants, c'est là que les difficultés surgissent. 

Il s'agit de sortir de notre petit monde de botanique et de conservation pour aller à la rencontre des personnes qui travaillent concrètement avec ces plantes et comprendre leurs perceptions, notamment en ce qui concerne leurs besoins d'information. Je pense que nous manquons encore parfois de curiosité quant à ce que font les autres avec les plantes ou pourquoi ils en ont besoin. Nous avons une vision étroite de ce qui compte vraiment, et je pense que cela nous dessert en matière de gestion de l'information.

Pour l'avenir, qu'est-ce qui vous enthousiasme le plus concernant les données botaniques appliquées ?

Je pense que c'est l'interopérabilité croissante et les possibilités qu'elle offre pour relier les données à l'échelle mondiale et entre les disciplines qui constituent le véritable enjeu. C'est là que résident les véritables opportunités. Pour une organisation comme Kew, qui fournit la terminologie de référence pour les plantes et les champignons, les occasions de participer à des réseaux qui ont besoin de discuter de plantes et de champignons, mais à des fins très différentes, sont nombreuses et variées. Ces réseaux ignorent parfois même l'existence de Kew. La technologie est certes impliquée, mais je n'attends pas de l'IA qu'elle révolutionne le domaine. Ce qui est vraiment passionnant, c'est notre appartenance à un réseau mondial d'information.

Le prochain nom que vous rencontrez

La prochaine fois que vous vous préparerez une tasse de thé au ginseng, prenez un instant pour y réfléchir. Savez-vous de quelle espèce végétale vous buvez réellement ?

On pourrait se poser la même question à propos d'une tisane à la camomille, d'une huile essentielle de lavande, d'une préparation pour le sommeil, d'un complément alimentaire à base de plantes ou d'un ingrédient botanique de votre soin de la peau. Le nom familier d'une plante peut désigner une espèce, plusieurs espèces possibles, une partie de la plante, un produit, une tradition locale ou un nom qui a évolué au fil du temps.

C’est là que la botanique numérique dépasse le simple exercice technique. Il ne s’agit pas seulement de mettre des collections en ligne, mais de faciliter la circulation des connaissances botaniques entre la science, la médecine, la conservation, le commerce, les politiques publiques, l’agriculture, le jardinage et la vie quotidienne. Quelque part, dans une base de données, un tiroir à spécimens, un carnet de terrain, une réglementation, une étiquette de produit ou la mémoire d’une personne, se trouvent peut-être déjà des connaissances botaniques susceptibles de résoudre un problème. L’étape suivante consiste à les relier.

Profil de l'auteur invité

Magda (elle) est une écologiste britanno-polonaise actuellement basée à Londres, au Royaume-Uni. Formée en écologie de terrain, elle s'est orientée vers la numérisation et la conservation d'herbiers en 2023. Cela l'a amenée des Jardins botaniques royaux de Kew à l'Institut botanique du sud de Londres, et elle rejoindra le Trinity College de Dublin cet automne.

Image de couverture : Le professeur Francisco José de Abreu Matos et Vanessa Sequeira examinent des végétaux sur un marché brésilien. Source : Bob Allkin