Chacun sait qu'il est important d'avoir les outils adéquats, que ce soit pour collecter des plantes sur le terrain à des fins de recherche scientifique ou pour les cuisiner. Il en va de même pour la numérisation : la conversion d'objets physiques en données et images pouvant être stockées numériquement. Ces dernières années, on a constaté un essor important de la numérisation des collections d'histoire naturelle et des musées. Les collections des musées de biologie abritent des organismes collectés par des explorateurs, certains il y a plusieurs siècles, à travers le monde. Si certaines de ces curiosités peuvent être exposées au public, la grande majorité restera dans les réserves, attendant son heure de gloire. 

La numérisation offre la possibilité de cataloguer minutieusement chaque artefact, ainsi que toutes les informations qui l'accompagnent, telles que les étiquettes relatives à son origine et à son identité. La documentation numérique d'une collection d'objets physiques de cette manière constitue une protection contre les événements catastrophiques, tels que… l'incendie qui a ravagé le Musée national du Brésil en 2018ou des objets qui disparaissent, comme le Le British Museum a fait l'expérience de 2023Outre la supervision des collections qu'elle permet, la numérisation les rend accessibles à ceux qui ne peuvent se déplacer pour les voir et ouvre de nouvelles perspectives pour la recherche et la création artistique, à une échelle impossible à réaliser sans un répertoire de données et d'images numériques. Comment procéder à la numérisation d'une collection botanique ? 

Botany One s'est entretenu avec la Dre Heather Cole, gestionnaire des données sur la biodiversité pour les collections biologiques d'Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC). La Dre Cole participe activement à la promotion et au soutien de la numérisation des collections et des bioressources d'AAC, notamment en élaborant et en mettant en œuvre des normes pour la capture, le stockage et le partage d'images et de données. Au cours des six années Collectes biologiques et mobilisation des données Dans le cadre de ce projet, Cole et son équipe ont photographié jusqu'à 2 000 spécimens d'herbier par jour, ce qui représente plus de 600 000 spécimens photographiés au cours du projet. 

La numérisation commence souvent par une question d'apparence simple : comment capture-t-on l'échantillon au départ ? Quel matériel et quels logiciels avez-vous utilisés pour la numérisation ?

Je divise la numérisation en deux grandes catégories : l’imagerie et la transcription des données. DAO (Collection nationale de plantes vasculaires d'AAFC), nous utilisons deux configurations différentes pour l'imagerie des spécimens d'herbier. L'une est un système de convoyeur à haut débit fabriqué par Numérisation de BioshareCe système intègre un logiciel permettant d'automatiser le convoyeur et la caméra. Il utilise un objectif macro de 50 mm avec un appareil photo Canon EOS 5DS R ou Nikon Z7 II.

L'autre méthode, inspirée du modèle du Jardin botanique de New York, est une approche manuelle par « boîte à lumière ». Elle utilise un appareil photo qui prend des photos à travers un orifice pratiqué dans le couvercle d'une boîte de table, éclairant ainsi le spécimen par le dessus et sur trois côtés. Pour ces boîtes à lumière, nous utilisons des appareils photo Canon EOS 5D Mark II/III équipés d'un objectif macro de 50 mm, montés sur un trépied. Des configurations similaires peuvent être reproduites avec un bon éclairage ambiant. Actuellement, l'herbier du DAO utilise ce procédé. Installez comme système de gestion des collections. Dans la mesure du possible, les données des spécimens sont transcrites directement dans la base de données ; si cela s’avère impossible, nous utilisons des tableurs, conformément aux normes Darwin Core en matière de structure des données.

Mais la prise de vue n'est que le point de départ. Une fois les spécimens photographiés ou numérisés, la véritable valeur de la collection numérique dépend de la manière dont les données sont structurées, vérifiées, liées et rendues réutilisables. Comment avez-vous géré les données, notamment les métadonnées et l'assurance qualité ?

Ces aspects de la numérisation sont complexes. Ils requièrent des outils, une expertise et du temps, qui ne sont pas toujours disponibles, et il peut être difficile de trouver le juste équilibre entre l'intégration des ressources existantes et les solutions futures ou idéales. Pour nos processus d'imagerie, nous effectuons un étalonnage des couleurs à chaque poste de travail afin de garantir que les couleurs des spécimens soient aussi réalistes que possible. Toutefois, afin de simplifier nos flux de travail, nous ne modifions pas les paramètres de l'appareil photo pour chaque spécimen. Un examen visuel de chaque image permet de détecter les problèmes de qualité. Nous intégrons la propriété, les droits d'auteur et les licences d'AAC dans les métadonnées de chaque fichier image, qui comprennent également les paramètres de l'appareil photo utilisés pour la prise de vue, ainsi que la date et le nom de la personne connectée à l'ordinateur. Pour la transcription des données, nous offrons une formation sur l'interprétation des données d'étiquetage et des vérifications ponctuelles sont effectuées par des techniciens principaux. Lors de l'importation de données à partir de feuilles de calcul dans notre base de données, les contrôles de qualité comprennent la vérification de l'orthographe pour la taxonomie et la géographie, ainsi que la mise en forme des dates et des coordonnées géographiques. Pour les données relatives aux spécimens, nous enregistrons le nom de la personne qui a effectué la transcription, la date de transcription et le protocole ou le projet concerné. science citoyenne Dans ce processus, trois bénévoles différents transcrivent les informations de chaque échantillon, ce qui améliore considérablement la confiance dans la qualité des données.

Parfaitement bilingue anglais-français, Cole est passionnée par le développement de la prise de décision fondée sur les données et la promotion d'une culture de l'innovation au sein de son groupe. Quel conseil auriez-vous aimé recevoir avant de numériser votre collection ?

N'utilisez pas de tableurs pour la transcription des données ! Cela peut sembler la solution la plus simple, mais à moins de disposer de personnel et de logiciels dédiés à la vérification, au nettoyage et à l'importation des données dans une base de données, cela devient vite problématique. De nombreux logiciels gratuits de gestion de collections sont disponibles, et même une base de données généraliste peut souvent être configurée selon vos besoins. Bien que le choix, la configuration et l'apprentissage d'un système adapté puissent prendre plus de temps au départ, les avantages sont considérables. Les bases de données ou les systèmes de gestion de collections dédiés offrent des fonctionnalités de gestion des données plus fiables, cohérentes et évolutives, facilitant ainsi la maintenance et l'accès à vos données à mesure que vos efforts de numérisation se développent.

Forte de cette expérience, Cole défend les meilleures pratiques en matière de gestion des données numériques et a mis en œuvre avec succès des projets de sciences participatives qui contribuent à améliorer l’accès aux données sur la biodiversité d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC). Ses efforts en matière de gestion des droits d’auteur et des licences ont permis de promouvoir une gestion responsable des données d’AAC. De plus, son engagement envers les initiatives de données ouvertes et de science ouverte témoigne de son attachement à la transparence et à la collaboration dans la recherche scientifique.

Les conseils de Cole nous ramènent à l'essentiel en matière de numérisation : si la qualité des images est importante, la qualité des systèmes l'est tout autant. Un projet de numérisation réussi nécessite un équipement adapté à la collection, des normes de données garantissant la réutilisation des enregistrements et des flux de travail évolutifs, capables de s'enliser dans un labyrinthe de tableurs. Bien menée, la numérisation ne se limite pas à la simple prise de photos de spécimens. Il s'agit de faciliter la gestion, le partage, l'étude et la protection à long terme des collections.

Profil de l'auteur invité

Magda (elle) est une écologiste britanno-polonaise actuellement basée à Londres, au Royaume-Uni. Formée en écologie de terrain, elle s'est orientée vers la numérisation et la conservation d'herbiers en 2023. Cela l'a amenée des Jardins botaniques royaux de Kew à l'Institut botanique du sud de Londres, et elle rejoindra le Trinity College de Dublin cet automne.

Image de couverture : Un spécimen de Dombeya burgessiae de l'herbier de Kew qui a fait l'objet d'une numérisation (http://specimens.kew.org/herbarium/K004979670)