Des travaux récents sur l'algue verte Hématococcus lacustris a découvert le plus grand génome de plaste jamais enregistré : un énorme 1.35 Mb (avec > 90 % d'ADN non codant). Dans une récente revue publiée dans AoBP, David R. Smith s'intéresse de plus près à ce gigantesque plastome en le comparant à d'autres ADN de grands organites. David a d'abord rencontré le H. lacustris génome du chloroplaste lors de la numérisation de la nouvelle cohorte de plastomes et, à sa grande consternation, a découvert qu'il avait été rédigé dans une revue non révisée par des pairs qui publie rapidement de courts rapports sur les nouvelles séquences chromosomiques microbiennes. Il a décidé que le H. lacustris plastome méritait d'être remarqué et apprécié correctement par les membres de la communauté de recherche sur les chloroplastes, et une revue est née.

Algues à gros plastomes
Algues eucaryotes à plastomes géants. Dans le sens des aiguilles d'une montre à partir de la gauche : souche CCMP 3127 d'Haematococcus lacustris, qui est équivalente à UTEX 2505, la souche utilisée pour le séquençage des plastomes (crédit d'image : National Center for Marine Algae and Microbiota) ; algue rouge unicellulaire rhodellophycée Corynoplastis japonica (crédit d'image : Sergio Muñoz-Gómez) ; et ulvophyte unicellulaire marin Acetabularia sp. (crédit d'image : Albert Kok).

Dans son évaluation, David montre que le H. lacustris Le répertoire de codage des plastes n'est pas aussi inhabituel qu'on le pensait initialement, représentant un ensemble standard d'ARNr, d'ARNt et de gènes codant pour des protéines. Les espaceurs intergéniques sont denses en répétitions, et c'est dans ces régions que se trouvent les réponses potentielles à la source d'une telle expansion génomique extrême. En comparant deux souches étroitement apparentées de H. lacustris, David soutient que le taux de mutation de l'ADN plastidique non codant est élevé et contribue à l'inflation du plastome. Avec l'importance croissante de H. lacustris en tant qu'algue industrielle, il y aura probablement beaucoup de données de séquençage qui arriveront à GenBank dans les mois et les années à venir - de la musique aux oreilles de David car cette unicellule avec son mastodonte de plastome a sûrement beaucoup plus à nous apprendre sur l'évolution du génome des organites.

Point culminant du chercheur

David Smith

David a obtenu son baccalauréat ès sciences à l'Université Acadia dans la belle Wolfville, en Nouvelle-Écosse, au Canada en 2005, puis s'est déplacé à 75 km sur la route d'Halifax pour un doctorat en génétique à l'Université Dalhousie (2005-2010), explorant les génomes étranges et bancals du vert. algues. Fatigué de l'océan Atlantique, il a voyagé à travers le pays jusqu'à Vancouver pour un postdoctorat au Centre de recherche sur la biodiversité de l'Université de la Colombie-Britannique (2011-2013), continuant à étudier l'évolution du génome chez les algues. Il a commencé un poste de professeur adjoint au département de biologie de l'Université de Western Ontario en 2013 et a été promu professeur agrégé en 2018. Son groupe passe trop de temps à réfléchir aux origines des algues non photosynthétiques (épuisements évolutifs). Ils font aussi beaucoup de travail de rédaction scientifique et de communication scientifique. Vous pouvez les trouver en ligne sur http://www.arrogantgenome.com. En dehors du laboratoire, David aime courir des marathons et boire du vin, mais rarement en même temps.