L'évolution réticulée, couplée à des caractéristiques reproductives limitant d'autres recombinaisons interspécifiques, se traduit par des mosaïques mélangées de grands fragments génomiques des taxons ancestraux. Les données de séquençage du génome entier (WGS) sont des outils puissants pour déchiffrer des génomes aussi complexes, mais encore trop coûteux pour être utilisés pour de grandes populations. Le but de ce travail était de développer une approche pour déduire les structures phylogénomiques chez les individus diploïdes, triploïdes et tétraploïdes à partir de données de séquençage dans des bibliothèques de complexité réduite du génome. L'approche a été appliquée aux cultures Agrumes pool génétique résultant d'une évolution réticulée impliquant quatre taxons ancestraux, c. maxima, C. médicament, C. micrantha et C. réticulée.
Parmi 43,598 XNUMX SNP minés, Ahmed et al. ont identifié un ensemble de 15,946 53 DSNP couvrant l'ensemble du génome avec une distribution similaire à celle des séquences de gènes. L'ensemble a déduit efficacement le caryotype phylogénomique des 21 accessions analysées, fournissant des modèles pour les accessions communes très proches de ceux précédemment établis à l'aide des données WGS. Les caryotypes phylogénomiques complexes de XNUMX agrumes cultivés, dont la bergamote, les limes triploïdes et tétraploïdes, ont été révélés pour la première fois.
Le pipeline, disponible en ligne, a efficacement déduit les structures phylogénomiques des agrumes diploïdes, triploïdes et tétraploïdes. Il sera utile pour toute espèce dont le comportement reproducteur a entraîné une mosaïque interspécifique de grands fragments génomiques. Il peut également être utilisé pour les premières générations de schémas de sélection interspécifiques.
