Ces dernières années, un nombre croissant d'ARN longs non codants (ARNlnc) ont été identifiés chez l'homme, les animaux et les plantes, et il a été démontré que plusieurs d'entre eux jouent un rôle important dans divers processus biologiques. Cependant, peu de travaux ont été effectués sur le mécanisme de régulation de la biogenèse et de l'expression des lncRNA, en particulier chez les plantes. Par rapport aux études sur les gènes codant pour la cible du facteur de transcription MADS-box RIPENING INHIBITOR (RIN) de la tomate, il existe peu de rapports sur sa relation avec les ARN non codants. Le but de la présente étude était d'identifier et d'explorer le rôle spécifique des lncARN cibles RIN dans le développement et la maturation des fruits de la tomate.

Représentation schématique du modèle proposé pour un mécanisme de régulation de la maturation des fruits de tomate
Représentation schématique du modèle proposé pour un mécanisme de régulation de la maturation des fruits de tomate. Les flèches en trait plein indiquent que le RIN régule la maturation des fruits par l'éthylène via ACS4 et les gènes cibles liés à la maturation. La flèche en pointillé indique que le mécanisme de régulation des lncRNA pendant la maturation des fruits n'est pas clair.

Les cibles lncRNA de RIN ont été identifiées par séquençage par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq) combiné à une analyse de séquençage en profondeur de l'ARN. Yu et al. identifié 187 lncRNAs comme cibles RIN directes, qui présentaient des sites de liaison RIN dans leurs promoteurs et montraient une expression différente entre le type sauvage et le mutant rin. Il a été démontré que six ARNlnc cibles se lient au RIN directement dans leurs promoteurs in vivo et in vitroDe plus, l’utilisation de la technologie CRISPR/Cas9 pour éliminer le locus de l’ARNnc2155 cible a indiqué qu’elle retardait la maturation des fruits chez la tomate.

Collectivement, ces résultats fournissent un nouvel aperçu du RIN dans la régulation transcriptionnelle des lncRNA et suggèrent que les lncRNA contribueront à une meilleure compréhension du réseau de régulation RIN qui contrôle la maturation des fruits.