En plus des deux espèces cultivées pour le café, Coffea arabica et C. canephora, le genre compte 123 autres espèces sauvages, dont 112 sont originaires d'Afrique et des îles de l'océan Indien. Razafinarivo et al. évaluer la diversité génétique de 728 individus, représentant 60 espèces de ces zones clés de la diversité des espèces, à l'aide de 13 marqueurs microsatellites nucléaires. En plus d'une bonne relation entre les délimitations morpho-taxonomiques des espèces et les unités génétiques, ils trouvent un modèle global de génotypes allant d'ouest en est à travers l'Afrique et les îles de l'océan Indien, sans chevauchement entre les espèces des deux zones principales. Madagascar apparaît comme un lieu de diversification importante en termes de richesse allélique et de diversité d'espèces.