Quel mois ! Nous sommes à mi-chemin de notre Numéro spécial de Botany One consacré à la botanique numériqueLes jardins botaniques royaux de Kew ont publié le Rapport sur l'état des plantes et des champignons dans le monde en 2026Le timing ne pouvait pas être meilleur.

Le rapport, publié le 16 juin, donne une idée de l'ampleur de la révolution numérique en matière de biodiversité : plus de 145 millions de spécimens de plantes et de champignons conservés font désormais partie du paysage mondial de la biodiversité numérique, et le rapport s'appuie sur les travaux de plus de 400 scientifiques issus de plus de 170 institutions dans 40 pays.

Notre numéro spécial raconte cette même histoire de plus près. Il montre à quoi ressemble cette révolution lorsqu'on donne la parole à ceux et celles qui se cachent derrière ces données : botanistes, conservateurs, semenciers, mycologues, gestionnaires de données, développeurs de logiciels, artistes, bénévoles, étudiants, scientifiques citoyens, partenaires communautaires et auteurs qui rendent la botanique numérique possible.

Le rapport indique que la révolution numérique de la biodiversité est en marche. Notre numéro s'intitule : « Regardez qui est à l'œuvre ».

Notre numéro spécial, article par article

Définir le cadre

• Présentation du numéro spécial de Botany One consacré à la botanique numérique Établir le plan du mois : suivre les données sur les plantes depuis leurs origines, en passant par la numérisation et les histoires cachées, jusqu’à leur utilisation concrète.

Origine : comment les plantes deviennent des données

• Transformer les plantes en données: une expérience profondément humaine Le numéro s'ouvrait sur une séance de questions-réponses avec Ana Valladares expliquant pourquoi les spécimens ne se réduisent pas simplement à de simples « données ». Le travail de terrain, l'étiquetage, la taxonomie, le contexte local, l'incertitude et le jugement humain sont autant d'éléments importants.
• Comment suivre 2 millions d'accessions de cultures Cela nous a conduits dans les banques de gènes de cultures, où la conservation des semences implique également la gestion des données qui leur donnent toute leur importance pour la sécurité alimentaire, la sélection variétale et la résilience agricole.
• Comment la numérisation donne plus de sens aux spécimens Nous avons utilisé les collections fongiques de Greta Stevenson pour montrer comment la numérisation peut reconnecter les spécimens avec les collectionneurs, les réseaux, les archives et les contributions scientifiques négligées.

Construction : le savoir-faire derrière les collections numériques

• Heather Cole : Les meilleures astuces, le meilleur équipement et les meilleurs logiciels pour la numérisation ont rendu visible le travail pratique : appareils photo, éclairage, logiciels, gestion des fichiers, contrôle qualité et tous les petits choix qui déterminent si une collection numérique est réellement utilisable.
• Lumière, caméra, action! J'ai exploré les coulisses du projet de numérisation massive de l'herbier de Kew, en lien direct avec l'étape importante de SOTWPF : la numérisation complète de l'herbier et du fongarium de Kew.
• Trois outils qui rendent la botanique numérique accessible à tous. Nous avons examiné Wikidata, Herbariograph et les flux de travail assistés par l'IA, ce qui nous a rappelé que les outils ne sont puissants que lorsqu'ils sont construits autour de données de qualité et d'un jugement d'expert.

Révélations : histoires cachées et nouvelles voies

• Les collections d'herbiers peuvent offrir de nouvelles perspectives de carrière passionnantes, bien au-delà de la taxonomie. Les travaux de Barnabas Daru ont démontré que les données d'herbier soutiennent désormais l'écologie, l'évolution, la conservation, la recherche climatique, la biogéographie et la science des données.
• Histoires cachées dans les collections Nous avons exploré comment les collections numérisées peuvent relier la science, l'histoire et l'art, permettant ainsi de rechercher simultanément des spécimens, des peintures, des archives et des noms.
• Démêler les liens entre l'homme et les plantes axé sur les collections ethnobotaniques et les connaissances bioculturelles, et expliquant pourquoi l'accès numérique doit être associé au contexte, au consentement, à la protection et à la prise en charge.

Application : des dossiers aux décisions

• Entretien avec Bob Allkin à propos des jeux de noms On nous a demandé ce qui se passe lorsque des noms de plantes familiers désignent plusieurs espèces possibles, et pourquoi les données utiles sur les plantes doivent être accessibles aux professionnels de la santé, aux organismes de réglementation, aux chercheurs et au grand public.
• María Susana Sánchez Chávez parle d'EDGE, des données et de la conservation du Pinus culminicola au sol au Mexique a montré ce qui se passe lorsque les priorités mondiales en matière de conservation se heurtent à la réalité du terrain : régime foncier, confiance, clôtures, semis, pression de pâturage, connaissances locales et populations.
• Comment vos photos iNaturalist alimentent la révolution de la botanique numérique Cet article d'Erika, qui s'appuie sur PhenoVision et PhenoBase, montre comment des photographies de plantes prises au quotidien peuvent devenir des données phénologiques exploitables pour la recherche. Il explique comment l'apprentissage automatique peut transformer les images d'iNaturalist en enregistrements de floraison et de fructification, permettant ainsi aux chercheurs de suivre l'évolution du cycle de vie des plantes selon les villes, les régions et les climats.
• L'écologie d'un herbier : comment Te Papa relie les plantes, les personnes et les données nous a emmenés dans une expédition au cœur du travail de l'herbier de Te Papa, montrant comment ils rendent leurs collections de plantes plus accessibles, connectées et vivantes.

Derrière nos Scènes

Ce numéro ayant déjà abordé de nombreuses anecdotes en coulisses, il nous semble pertinent de partager quelques-unes des nôtres. Avant même la publication du rapport SOTWPF, nous avions déjà établi une structure sommaire en quatre étapes : Origine, Développement, Révélation et Application. Le tableau était bien conçu. Mais, comme toujours, le processus s’est avéré plus humain.

J'ai eu l'immense chance de collaborer avec huit rédacteurs brillants. Pour beaucoup, c'était la première fois qu'ils écrivaient un article de blog, menaient une interview ou transformaient un sujet technique en un article destiné au grand public. Ce n'est pas une mince affaire. Cela implique de poser des questions pertinentes, d'écouter attentivement, d'assurer un suivi, de formuler des critiques constructives, de vérifier les faits, de trouver des images, de gérer les droits d'auteur, de corriger les légendes et parfois de passer un temps fou à se demander si une phrase est suffisamment exacte. 

J'adorais voir des idées brutes se transformer en histoires. J'adorais voir les auteurs prendre confiance en eux. J'adorais me perdre dans les méandres du sujet : droits d'auteur, images du domaine public, noms latins, numéros de spécimens, noms communs ambigus, affirmations un peu trop audacieuses, statistiques contradictoires et légendes d'images qui nécessitaient une vérification supplémentaire. Ces détails peuvent paraître insignifiants, mais ils contribuent à la crédibilité de la communication scientifique. Nos articles sont devenus un peu longs, car nous n'avions pas le cœur à les raccourcir. 

Bien écrire en vulgarisation scientifique ne se limite pas à expliquer des résultats. C'est aussi respecter les personnes, les preuves et le contexte historique qui les sous-tendent. Nous avons tous une grande importance pour les personnes que nous interviewons.

La petite infrastructure des histoires dignes de confiance

Ce problème m'a également rappelé à quel point la communication scientifique dépend d'infrastructures que les lecteurs ne remarquent souvent jamais. Sur Botany One, les références de la section « Lire la suite » utilisent… Citez-les correctement; les chercheurs peuvent être mis en relation par ORCID; et les blogs peuvent être suivis grâce à des outils tels que Altmetric. 

Altmetric, en particulier, offre aux chercheurs un moyen pratique d'observer la diffusion des articles scientifiques après leur publication. Cet outil suit l'attention en ligne portée aux résultats de recherche en associant des identifiants tels que les DOI aux mentions dans diverses sources, notamment les médias d'information, les blogs, les documents de politique publique, les brevets, Wikipédia, les logiciels de gestion bibliographique et les réseaux sociaux. Le score d'attention Altmetric (AAS) synthétise ensuite cette attention sous forme d'indicateur pondéré, et non comme une mesure de la qualité de la recherche. 

Par exemple, l'AAS a montré que La recherche en matière de conservation et l'attention du public peuvent être biaisées en faveur des mammifères charismatiques., tandis que les plantes, les reptiles et les amphibiens ont reçu moins d'attention. Ces indicateurs varient également selon les plateformes numériques utilisées par les chercheurs. Par exemple, il y avait une forte augmentation des mentions d'articles scientifiques dans Bluesky Après l'élection américaine de 2024, cela nous rappelle que les données de sensibilisation reflètent non seulement l'intérêt pour la recherche, mais aussi les lieux où les communautés scientifiques choisissent de se réunir en ligne.

Nous essayons également d'utiliser les DOI pour ajouter des hyperliens lorsque cela est possible, afin que les lecteurs soient (normalement) toujours dirigés vers le bon article, même si la page web d'une revue change.

Les images constituaient une autre leçon pour nos nouveaux rédacteurs. Des portails sous licence libre tels que Wikimedia Commons, flickr, Collections de Te Papa en ligne et INaturalist Cela permet de donner vie aux récits grâce à des images que nous sommes autorisés à utiliser. Mais les utiliser correctement demande encore du temps : vérifier les licences, mentionner les auteurs et citer les sources.

Même la coordination avait sa propre petite histoire d'automatisation. Nos dossiers Google Drive et nos brouillons de documents ont été préparés avec l'aide de Script Google Apps, qui a discrètement transformé une feuille de calcul en un système éditorial fonctionnel, garantissant à chacun l'accès à son propre espace de travail tout en partageant les ressources.

Ce dont nous devons encore parler

Ce problème aurait pu durer des mois.

Nous avons tenté d'inclure différentes régions, disciplines et perspectives, mais de nombreux récits manquent encore à l'appel. Nous aurions dû davantage mettre en lumière les travaux menés en Afrique, en Asie, en Australie, dans le Pacifique et en Amérique latine, ainsi que ceux d'institutions locales trop souvent oubliées.

Il est également essentiel de continuer à parler ouvertement de l'histoire des collections. Les herbiers, les fongicultures, les musées, les banques de semences et les archives constituent des ressources scientifiques exceptionnelles. Ils sont aussi intimement liés au colonialisme, à l'exploitation des ressources, aux inégalités d'accès, à l'élitisme et au déplacement des spécimens hors de leurs lieux et populations d'origine. La numérisation ne fait pas disparaître ces histoires. Elle les rend parfois plus visibles. Elle peut aussi engendrer de nouveaux risques, notamment lorsque des sites sensibles, des savoirs traditionnels ou des informations culturelles importantes sont partagés sans une réflexion suffisante.

L’avenir ne peut donc pas se résumer à « tout numériser et tout mettre en ligne ».

Le prochain défi est plus complexe : construire des plateformes numériques pratiques avec les bonnes données, les bonnes personnes et les bons flux de travail, afin que les connaissances sur les plantes puissent circuler dans les deux sens — des collections vers les décisions concrètes, et des personnes, des lieux et des communautés vers une meilleure science.

Plus de données ne garantissent pas automatiquement de meilleures décisions. Un million d'enregistrements aux noms imprécis, aux coordonnées manquantes, aux formats inaccessibles, aux efforts redondants ou aux processus mal documentés peuvent encore bloquer les décisions. Pire encore, les données extraites de lieux, de communautés et de collections peuvent devenir un système à sens unique : le savoir circule, mais trop peu de choses reviennent aux personnes et aux territoires dont il provient. Bob Allkin a soulignéLes informations sur les plantes ne sont utiles que si les personnes non botanistes peuvent les trouver, les comprendre et les utiliser en toute sécurité.

C’est là qu’il nous faut sortir de nos schémas de pensée étroits. Les différentes taxonomies, normes de métadonnées, bases de données, licences, vocabulaires et systèmes logiciels peuvent sembler pertinents à leurs concepteurs, mais ils peuvent devenir des obstacles pour tous les autres. Des flux de travail non reproductibles, des documents inaccessibles et des plateformes mal interconnectées ralentissent précisément le travail que la numérisation est censée faciliter.

L’objectif n’est pas de créer un système parfait qui résolve tous les problèmes, mais de bâtir de meilleurs ponts : entre les plateformes mondiales et les collections locales, entre les noms scientifiques et les usages courants, entre les spécimens et les décisions, entre les gestionnaires de données et les équipes de terrain, entre les institutions et les communautés.

La botanique numérique prendra toute son importance lorsque les données ne se contenteront plus de s'accumuler dans des bases de données, mais aideront les gens à prendre de meilleures décisions concernant les plantes, les champignons, les collections et les paysages dont ils proviennent.

Derniers plats à emporter

Pour les scientifiques : Nous vous voyons et nous vous félicitons. Une formidable communauté est là, désireuse de connaître vos expériences et les leçons que vous en avez tirées. Ne travaillez pas en vase clos. Partagez vos méthodes. Partagez vos erreurs. Partagez vos données avec soin et responsabilité. Voyez grand : regardez ce que le rapport SOTWPF montre : des centaines de scientifiques peuvent accomplir ensemble. Et ce n’est pas tout.

Pour les citoyens scientifiques et les bénévoles : Votre travail a plus d'importance que vous ne le pensez. Une photo de plante prise lors d'une promenade, une étiquette retranscrite, un spécimen monté, une identification corrigée ou une matinée passée à aider dans un herbier peuvent contribuer à un ensemble de données probantes bien plus vaste. Cela peut paraître insignifiant sur le moment. Détrompez-vous.

Pour les spécialistes des données, les ingénieurs logiciels et les développeurs : Votre travail de fond rend possible la botanique numérique. Bases de données, identifiants, interfaces, API, exportations, scripts, normes et documentation façonnent ce que les futurs chercheurs pourront trouver, utiliser et auquel ils pourront se fier. Vous avez peut-être l'impression de travailler « juste » dans l'ombre, perdus dans votre propre labyrinthe d'abréviations et de termes techniques. Merci de votre patience envers ces scientifiques parfois un peu perdus dans leurs pensées ; vous méritez bien une petite récompense !

Pour les artistes et les designers : Merci de contribuer à la diffusion des connaissances botaniques. L'art, l'illustration, les cartes, les expositions et les récits visuels aident le public à observer, comprendre et prendre soin des plantes. Nous avons besoin de votre aide pour communiquer de manière créative la valeur des connaissances, des données et des collections botaniques.

À l'attention des journalistes et des communicateurs scientifiques : Continuez à raconter ces histoires. Visitez les herbiers, les jardins botaniques, les musées, les bibliothèques et les archives. Parlez aux personnes qui travaillent dans l'ombre. Interrogez-les sur leurs souvenirs les plus joyeux et les détails les plus gênants. Citez les personnes avec soin. Lisez attentivement les articles. Faites en sorte que ces personnes qui œuvrent dans l'ombre se sentent reconnues. C'est souvent là que naissent les plus belles histoires.

Et pour tous : Prenez le temps d'observer le monde qui vous entoure. Visitez un herbier, un jardin botanique, un musée, une bibliothèque ou des archives, en ligne ou sur place. Prenez la plante en photo. Lisez l'étiquette. Renseignez-vous sur la personne qui a collecté le spécimen et sur son origine. Si possible, faites du bénévolat. Utilisez iNaturalist. Soutenez les collections locales. Suivez les conseils des naturalistes. Symposium sur l'état des plantes et des champignons dans le mondePartagez les histoires qui rendent les plantes et les champignons visibles.

Je dois l'avouer, je voulais intituler cet article « Botanique numérique : plantes, humains, planète », mais le merveilleux journal Plantes, gens, planète Ils ont été les premiers à y parvenir. C'est tout à fait logique. Nombre des publications que nous avons analysées s'inscrivent dans cet espace interdisciplinaire, démontrant ainsi l'importance des revues, des blogs et des plateformes publiques qui permettent de mener des travaux à travers les données, les collections, les personnes et les lieux.

La révolution numérique de la biodiversité ne se résume pas aux données. Il s'agit avant tout de permettre aux individus de documenter, de connecter et de protéger notre planète. Merci beaucoup de votre lecture. « très cher lecteur »!

LIRE LA SUITE:

Prokop, P.Masarovič, R., Hajdúchová, S., Ježová, Z., Zvaríková, M. et Fedor, P. (2022) Priorisation des animaux charismatiques dans les principales revues de conservation mesurée par le score d'attention Altmetric. Sustainability, 14(24), p. 17029. Disponible sur : https://doi.org/10.3390/su142417029. 

Arroyo-Machado, W., Robinson-Garcia, N., et Torres-Salinas, D. (2025) Existe-t-il des étoiles dans Bluesky ? Une analyse exploratoire comparative des mentions altmétriques entre X et Bluesky. Journal of Informetrics, 19(3), p. 101700. Disponible sur : https://doi.org/10.1016/j.joi.2025.101700.