Mon souvenir impérissable de la Génome végétal et animal (#PAG) cette année ne sera pas tant les pourparlers, les nombreuses discussions individuelles que j'ai eues, ni les quantités de bonne bouffe dans le sud de la Californie. Ce seront les groupes de personnes dans les coins qui discuteront sérieusement de ce qu'il faut faire avec des gigabases de courtes séquences d'ADN lues à partir de l'organisme de leur choix. Reflétant peut-être ce déluge de séquences, je trouve qu'il est exceptionnellement difficile de noter une «action» parmi de nombreuses discussions. Un nombre surprenant s'en tiennent de manière assez rigide à leurs positions publiées, ou comme Julian Catchen l'a tweeté, "les PI coupent et collent leurs rapports de subvention dans une conférence PowerPoint, comme si c'était une réunion de département." Bien qu'il soit extrêmement connecté et connaisse l'informatique, avec un tiers du public en ligne, le Flux Twitter (#PAG) de près de 3000 personnes est minime, avec peu de pépites qui ressortent.
En repensant aux précédents PAG, des principes d'intégration transversaux à l'ensemble de la biologie végétale ont émergé, chaque conférence étant porteuse d'une idée majeure qui a transformé mes recherches et ma réflexion. Cette 19e réunion annuelle a été l'occasion, au fil des ans, de constater la similarité des gènes sur d'immenses distances phylogénétiques ; la génomique fonctionnelle identifie la fonction de presque tous les gènes ; de nouveaux systèmes de marqueurs permettent de mieux comprendre la diversité des plantes cultivées et de leurs parents sauvages ; l'omniprésence des duplications ou polyploïdies du génome entier, fondement de l'évolution des plantes ; les micro et petits ARN comme contrôles essentiels ; l'utilité des cartes génétiques pour comprendre la diversité ; et les navigateurs génomiques universels, les bases de données et les outils web permettant d'extraire des informations. Après la publication des articles de Science et Nature, ces idées influencent une grande majorité des articles que nous publions. Annals of BotanyJ'espère que nous publierons des articles issus de plusieurs présentations faites ici. Cependant, contrairement aux réunions précédentes, cette semaine, j'ai du mal à entrevoir les NOUVEAUX domaines de recherche que nous pourrons publier à partir des résultats présentés. Assis au fond de la salle, je me surprends à rédiger mentalement des lettres de « retour sans évaluation » : globalement conformes aux attentes d'autres disciplines… Je reconnais l'énorme quantité de travail et de données, mais je ne vois pas de nouveaux principes… Il est essentiel que le travail aborde des questions importantes… Je participe à des conférences pour entendre parler de travaux en cours ou incomplets, et c'est donc ce que j'espère voir dans une présentation. Mais je crains fort que cette critique ne persiste dans certains articles où le travail de fond n'est pas terminé.
Bien sûr, on participe aussi (principalement ?) à une conférence pour les échanges individuels, et ceux-ci sont toujours aussi passionnants, avec une multitude de nouvelles idées abordées, des perspectives de collaboration et des mises à jour sur les travaux en cours. Concernant l'ampleur des données de séquençage, j'espère que nous assistons à une pause avant que la véritable biologie n'émerge du séquençage du génome entier – ou mieux encore, quelqu'un pourrait-il me convaincre que ma convalescence après la grippe porcine m'a transformé en vieux cynique et que je passe à côté du changement de paradigme ?
