Les réponses des plantes aux stress environnementaux sont régulées par des hormones de signalisation, telles que l'acide jasmonique, l'acide salicylique, l'éthylène et l'acide abscissique. Les phytotechniciens utilisent couramment des gènes marqueurs pour étudier quelles voies de signalisation sont activées, cependant, ces marqueurs ont été conçus et testés pour les réponses des pousses dans Arabidopsis thaliana. Il n'est pas clair si les paradigmes basés sur des expériences sur des organes aériens A. thaliana sont entièrement transférables aux pousses et aux racines d'autres espèces.

Schéma récapitulatif des changements dans les niveaux de phytohormones et les gènes marqueurs associés dans les pousses et les racines de Brassica rapa après une stimulation hormonale locale. Crédit image : Papadopoulou et al.

Une étude récente de Papadopoulou et al. publié dans AoB PLANTS étudié la dynamique de régulation des gènes marqueurs hormonaux dans les racines et les pousses de la plante non modèle rasage des crucifères. L'étude a montré certains des marqueurs moléculaires couramment utilisés développés dans A. thaliana n'a pas montré de réponse spécifique aux applications d'une seule hormone dans B. rapa. De plus, le même gène marqueur peut répondre différemment à l'application d'hormones dans les racines et les pousses. Ces résultats suggèrent que les réponses des gènes marqueurs peuvent être spécifiques à un organe et à une espèce et doivent être interprétées avec prudence. Il est donc conseillé de combiner les analyses de plusieurs gènes marqueurs avec celles des niveaux de phytohormones pour déterminer avec plus de certitude quelles voies de défense régulées par les hormones sont activées.