Le genre Solanum comprend d'importantes cultures maraîchères et leurs parents sauvages. L'introgression de leurs caractères utiles dans des cultivars d'élite nécessite une recombinaison efficace entre homo(e)ologues, qui est partiellement déterminée par la différenciation des séquences génomiques. Dans cette étude Gaiéro et al. ont comparé les fractions répétitives du génome des espèces sauvages et cultivées des clades de la pomme de terre et de la tomate dans un contexte phylogénétique.

Comparaison de similarité globale des lectures de séquences des espèces de Solanum en fonction de la composition des grappes des 13 espèces incluses dans cette étude.
Comparaison de similarité globale des lectures de séquences d'espèces de Solanum en fonction de la composition des groupes sur les 13 espèces incluses dans cette étude. Les graphiques à barres montrent la taille de la fraction répétitive du génome, représentée en pourcentage de chaque génome. Les différentes couleurs représentent les différentes familles de répétitions. (A) Abondance relative des répétitions intercalées. (B) Abondance relative des répétitions en tandem. Voir Gaiero et al. 2018 pour les codes des espèces.

L'abondance répétée et la taille du génome étaient corrélées, et les génomes plus grands des espèces du clade de la tomate contenaient une proportion plus élevée d'éléments non classés. Les familles et les lignées d'éléments répétitifs étaient largement conservées entre les clades, mais leurs proportions relatives différaient. Les répétitions les plus abondantes étaient Ty3/Gitan éléments.

Les profils répétés dans Solanum semblent être très similaires malgré la différenciation du génome au niveau de la colinéarité. L'élimination des éléments transposables par recombinaison inégale peut avoir été responsable de réarrangements structurels à travers le clade de la tomate. La variabilité de la séquence dans le clade de la tomate est congruente avec l'amplification spécifique au clade des répétitions après sa divergence avec S. etuberosum et pommes de terre. La faible différenciation entre la pomme de terre et ses parents sauvages au niveau des répétitions entrecoupées peut expliquer la difficulté à discriminer leurs génomes par des techniques d'hybridation génomique in situ.