Lolium Perenne (ray-grass vivace) est l'espèce de graminée fourragère et d'agrément la plus largement cultivée dans les zones tempérées du monde entier et il est nécessaire de comprendre les architectures génétiques des traits agricoles clés et des caractéristiques des cultures qui fournissent des services environnementaux plus larges. Harper et al. visait à identifier les régions génomiques associées à des traits importants pour l'agriculture en intégrant une carte physique basée sur un chromosome artificiel bactérien (BAC) avec une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS).
Entre ~ 3600 et 7500 contigs de cartes physiques ont été dérivés, selon le logiciel et les seuils de probabilité utilisés, et intégrés à ~ 35 k clones BAC séquencés pour développer une ressource qui devrait couvrir la majorité du L.perenne Génome. D'après l'analyse GWAS, huit loci différents étaient significativement associés à la date d'épiaison, à la largeur de la plante, à sa biomasse et à l'accumulation de glucides hydrosolubles, dont sept pouvaient être associés à des contigs de la carte physique. Cela a permis d'identifier plusieurs gènes candidats.
La combinaison de la ressource de cartographie physique avec le GWAS nous a permis d'étendre la recherche de gènes candidats à des régions plus vastes du L.perenne génome et identifié un certain nombre d'annotations intéressantes de modèles de gènes. Ces cartes physiques aideront à valider les futurs assemblages basés sur les séquences des L.perenne génome.
