Certains organismes qui façonnent la croissance des plantes vivent en réalité à l'intérieur de la plante. Jeremiah Henning et ses collègues ont examiné s'ils pouvaient prédire comment les bactéries endophytes affectent les plantes dans lesquelles ils vivent. Pour ce faire, ils ont mené deux expériences. "Dans la première étude, nous avons inoculé un seul génotype de Populus deltoides avec des bactéries endophytes racinaires individuelles et un phénotype de plante mesuré », Henning et ses collègues ont écrit dans l'American Journal of Botany. "Ensuite, les données de cette inoculation unique ont été utilisées pour prédire les traits phénotypiques après des inoculations communautaires mixtes à trois souches, que nous avons testées dans la deuxième expérience."

Henning et ses collègues se réfèrent à un article antérieur de Grime sur l'hypothèse du rapport de masse. Cela soutient que l'effet d'une espèce sur un écosystème est proportionnel à son abondance. Bien qu'il s'agisse d'une hypothèse populaire, Grime note : « Il est important de préciser que l'hypothèse du rapport de masse est limitée dans son application au rôle des autotrophes dans les processus écosystémiques. Lorsque l'attention est tournée vers d'autres éléments trophiques, tels que les parasites, les herbivores, les prédateurs et les symbiotes, la possibilité se présente pour des impacts sur l'écosystème qui sont moins prévisibles liés à l'abondance.

Cela signifie qu'il est possible que l'hypothèse du rapport de masse ne s'applique pas aux bactéries vivant dans une plante.

Effectivement, c'est ce que Henning et ses collègues ont découvert. Malgré burkholderia BT03 étant jusqu'à 99% de la population de bactéries, l'équipe a constaté qu'il avait peu d'effet sur le phénotype de Populus deltoides. Pourtant, les plantes avec un mélange de souches de Pseudomonas étroitement apparentées ont alloué de la masse de différentes manières aux feuilles, aux tiges et aux racines. Fondamentalement, les effets n'étaient pas additifs, ce qui les rendait imprévisibles. "Nous n'avons pas été en mesure de prédire l'allocation de la biomasse végétale ou la teneur en chlorophylle sur la base de la composition microbienne pondérée par l'abondance relative ou en supposant que chaque microbe a un effet égal sur le phénotype de la plante, quelle que soit l'abondance relative", ont déclaré les auteurs.

L'interactivité entre les espèces de microbes est le point clé de l'article. Dans la discussion, les auteurs montrent un certain nombre de façons simples -omique  les approches manquent des éléments clés du fonctionnement de la communauté bactérienne.

« Nos résultats soulignent la nécessité d'intégrer la dynamique des communautés et les interactions entre les espèces dans les études plantes-microbes. Néanmoins, la récente vague d'articles qui ont démontré la capacité des endophytes végétaux à contrôler l'expression des gènes végétaux, la réponse immunitaire et le fonctionnement global a été menée dans des systèmes à microbe unique et a ignoré le rôle des interactions entre espèces dans diverses communautés. " ont déclaré Henning et ses collègues dans le journal. "Notre étude met en évidence une direction potentielle pour étudier le lien entre la parenté phylogénétique et la fonction dans les communautés microbiennes."

"L'application d'approches basées sur les traits pour comprendre l'écologie et l'évolution des communautés de microbiomes offre une opportunité passionnante de passer de la description de la variation des modèles de diversité au sein et entre les individus à enfin comprendre les conséquences de la diversité des microbiomes et prédire les changements dans le fonctionnement des communautés de microbiomes .”