Démêler les relations à l'intérieur Hordeum, l'un des plus grands genres de la tribu des Triticeae (Hordeae), est difficile, car de nombreux taxons, dont la plupart des polyploïdes, sont d'origine hybride. Cartographier les relations phylogénétiques, Cuadrado et al. étudier les origines et les affinités interspécifiques des allotétraploïdes Hordeum sécalinum et H.capense grâce au caryotypage moléculaire.
Des hybridations in situ ciblées multiples combinant la GISH, utilisant l'ADN de H. marinum subsp. gussoneanum comme sonde (gusDNA), et la FISH/ND-FISH ont été réalisées pour analyser la distribution chromosomique de diverses sondes d'ADN répétitives en tandem, comme indiqué dans les métaphases/chromosomes de quatre accessions de H. secalinum : (A, B) H231, (C–J) BCC2004, (L, M) H3121 et (N, O) GRA1147. Certaines images sont fusionnées afin de faciliter la visualisation des signaux in situ (vert ou rose/rouge) par rapport à la coloration au DAPI (bleu). (K) Caryotype de BCC004 pour pAs1 chez H. secalinum. Les chromosomes ont été sélectionnés à partir de la même métaphase que celle utilisée pour construire les caryotypes présentés dans la figure 2A. L'identité des chromosomes appartenant aux sous-génomes Xa et I est indiquée respectivement en jaune et en blanc. Les flèches en B, E, M et O pointent vers la paire de chromosomes présentant un signal interstitiel pSc119·2. Les pointes de flèches en I, J et N indiquent des loci d'ADNr polymorphes dans les accessions de *H. secalinum*. Les astérisques en C et O illustrent le polymorphisme observé pour la présence/absence de la sonde indiquée dans les accessions. Échelle : K = 10 µm.
L'hybridation génomique in situ distingue les sous-génomes Xa et I tandis que FISH/ND-FISH détermine la distribution de dix séquences d'ADN répétitives. L'identification de chaque paire de chromosomes dans les six accessions analysées révèle un schéma complexe de relations homologues et putatives homéologues entre les espèces d'orge porteuses du génome Xa.
