L'élevage du bétail prend des terres qui pourraient être utilisées d'autres manières. Si la terre pouvait être améliorée, il en faudrait moins pour nourrir le bétail, mais comment faire ? Steve Hanley et ses collègues proposent que l'amélioration de l'herbe des pâturages pourrait aider. S'ils pouvaient améliorer la digestibilité, le bétail n'aurait pas besoin de paître autant. Ils soutiennent également que l'amélioration de la teneur en lipides pourrait réduire les émissions de méthane du bétail. Dans un nouveau papier Annals of Botany les scientifiques montrent comment extraction d'allèles pourrait fournir la réponse.

L'équipe a examiné les gènes de la C₄Urochloa espèce (syn. Brachiaire) et Mégathyrse maximus (syn. Panique maximum). Ce sont des graminées utilisées comme pâturage en Afrique et en Amérique du Sud. Les allèles de perte de fonction (LOF) sont des cibles génétiques connues qui devraient améliorer les caractéristiques de ces graminées. Hanley et ses collègues ont recherché ces allèles, ou variantes de gènes, parmi les accessions de Urochloa espèces et Mégathyrse maximus dans la collection de la banque de gènes conservée au CIAT.

"Nous avons développé une nouvelle méthodologie pour la découverte d'allèles de gènes candidats dans une collection d'accessions diploïdes et polyploïdes avec seulement un projet de séquence génomique pour une espèce diploïde comme référence", écrivent Hanley et ses collègues. "Notre approche consistant à combiner RNAseq et capture d'appâts fournit un moyen d'éviter les pseudogènes et de résoudre les complexités. Dans le cadre du processus, nous avons amélioré les modèles de gènes pour 18 gènes clés et confirmé deux autres aussi précis dans le U. ruziziensis génome v1. Notre approche pourrait être adaptée pour la découverte d'allèles dans d'autres collections ou populations de plantes.

« À l'avenir, l'approche d'extraction d'allèles que nous décrivons ici pourrait être appliquée à d'autres gènes et ne doit pas être limitée aux allèles préjudiciables à la fonction moléculaire. Par exemple, des gènes candidats sous-jacents à l'apomixie… et à la résistance aux cercopes… ont récemment été identifiés dans Urochloa; avec l'amélioration de la capacité à prédire les conséquences des variantes de ceux-ci, une approche d'extraction d'allèles pourrait être utile. En outre, pour les gènes cibles tels que ceux-ci où les allèles dominants peuvent affecter le phénotype, la génétique d'association de gènes candidats pourrait être une approche utile, telle qu'appliquée avec succès pour le gène FT et la période de floraison chez Lolium Perenne… À mesure que la connaissance des gènes s'améliore, l'extraction d'allèles de divers germoplasmes deviendra un outil de plus en plus puissant pour identifier les lignées qui pourraient être intégrées de manière bénéfique dans de nombreux programmes de sélection des cultures.