L'environnement du sol auquel les populations naturelles de plantes sont exposées est assez complexe. Les bactéries représentent des acteurs majeurs dans le sol avec un nombre de cellules estimé proche de 1 × 10⁹ –1.5 × 10¹⁰ par gramme de sol constituant plus de 4000 génomes uniques. Ces bactéries participent fortement au cycle des nutriments, ainsi qu'à la diaphonie intime avec les racines des sporophytes. Les bactéries et les racines communiquent à la fois par des signaux chimiques et hormonaux, qui peuvent initier directement des changements dans le comportement et la morphologie des plantes. La diaphonie entre la racine de sporophyte et les bactéries et entre les racines de sporophyte elles-mêmes est bien étudiée. Moins explorées sont les relations potentielles entre les gamétophytes libres et les bactéries du sol.

Dans un article récent publié dans AoBP, Fois et al. identifier une bactérie du sol et explorer ses effets sur le développement sexuel et rhizoïde de la fougère Ceratopteris richardiiLa génération haploïde multicellulaire des plantes (gamétophyte) est responsable de la production des spermatozoïdes et des ovules. C.richardiiLes gamétophytes vivent librement dans le sol et peuvent se développer en mâles ou en hermaphrodites. Ce choix de développement n'est pas génétiquement programmé, mais déterminé par l'environnement. Une phéromone libérée par les hermaphrodites, appelée anthéridiogène, induit le développement des individus en mâles. La présence de la bactérie Pseudomonas nitroreducens Elle bloque l'induction de la masculinité et entraîne le développement d'un plus grand nombre d'individus hermaphrodites. La bactérie induit également le développement de rhizoïdes plus longs mais moins nombreux, aussi bien chez les mâles que chez les hermaphrodites.